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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vt5 | ||||||
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タイトル | Naegleria gruberi RNA ligase R4a K121A mutant apo | ||||||
![]() | RNA Ligase | ||||||
![]() | LIGASE / RNA repair / adenylyltransferase | ||||||
機能・相同性 | RNA ligase, DRB0094 / PHA02142 OB-fold domain / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / ATP binding / metal ion binding / Predicted protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Caveat mutator: alanine substitutions for conserved amino acids in RNA ligase elicit unexpected rearrangements of the active site for lysine adenylylation. 著者: Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 247.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 247.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6vt0C ![]() 6vt1C ![]() 6vt3C ![]() 6vt4C ![]() 6vt6C ![]() 6vt8C ![]() 6vt9C ![]() 6vtbC ![]() 6vtdC ![]() 6vteC ![]() 6vtfC ![]() 6vtgC ![]() 5cotS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38517.613 Da / 分子数: 1 / 変異: R4A, K121A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: NAEGRDRAFT_82186 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: The NgrRnlR4A-K121A protein sample (10.2 mg/ml) was mixed with equal volume (1 ul) of 0.1 M HEPES pH 6.5, 30% PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 58945 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 3.524 / Net I/σ(I): 9.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5COT 解像度: 1.8→27.49 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.97
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.61 Å2 / Biso mean: 38.7682 Å2 / Biso min: 18.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→27.49 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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