PDB-6vss: Arginase from Medicago truncatula

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vss

タイトル

Arginase from Medicago truncatula

要素

Arginase

キーワード

HYDROLASE / arginine amidinohydrolase / ureohydrolase / agmatinase / agmatine amidinohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

agmatinase / putrescine biosynthetic process from arginine, using agmatinase / agmatinase activity / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / protein hexamerization / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Sekula, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2020
タイトル: The Neighboring Subunit Is Engaged to Stabilize the Substrate in the Active Site of Plant Arginases.
著者: Sekula, B.

履歴

登録	2020年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vss.cif.gz	724.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vss.ent.gz	605 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vss.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vss	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vstC 6vsuC 3lhlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vst-2 6vst-1 6vsu-3 6vsu-2 6vsu-1 6vsu-4 5wxu-d 7c8z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arginase

B: Arginase

C: Arginase

D: Arginase

E: Arginase

F: Arginase

ヘテロ分子

226 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.331, 142.907, 90.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.900, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Arginase / Arginase family protein / Putative arginase 分子量: 37523.488 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 組織: leaves / 遺伝子: 11420737, MTR_4g024960, MtrunA17_Chr4g0011501 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G7JFU5, arginase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.69 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 55 mM CaCl2, 55 mM MgCl2, 80 mM HEPES/MOPS buffer at pH 7.5, 30% ethylene glycol, 15 % polyethylene glycol 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月6日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→44.55 Å / Num. obs: 130001 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.93→2.04 Å / R_merge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 20449 / CC_1/2: 0.744 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS	VERSION May 1, 2016	データ削減
XSCALE	VERSION May 1, 2016	データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LHL

3lhl

解像度: 1.93→44.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 11.17 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.147
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2184	1040	0.8 %	RANDOM
R_work	0.1822	-	-	-
obs	0.1825	128959	95.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.14 Å² / B_iso mean: 33.82 Å² / B_iso min: 13.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.47 Å²	-0 Å²	-0.6 Å²
2-	-	4.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.93→44.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14709	0	12	550	15271
B_iso mean	-	-	32.38	39.09	-
残基数	-	-	-	-	1905

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	15069
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	14238
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.893	1.638	20321
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.433	1.58	32937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.029	5	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.793	21.13	832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.687	15	2574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.435	15	141
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	17012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3151

LS精密化シェル

解像度: 1.93→1.978 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	72	-
R_work	0.333	9047	-
obs	-	-	91.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8593	-1.4812	-2.9222	0.486	0.7424	2.7665	-0.0512	-0.2883	-0.2623	-0.0004	0.1038	0.0692	0.0301	0.0125	-0.0527	0.2208	0.0603	0.0107	0.058	0.0564	0.2006	0.8508	20.5083	72.7975
2	0.7305	0.1591	0.2088	0.2424	0.0802	0.4976	-0.077	0.0461	-0.1212	-0.0179	0.0091	0.1353	0.0987	0.04	0.0679	0.1432	0.0275	-0.0052	0.1058	-0.0022	0.1747	8.1864	31.8264	58.8251
3	0.3406	0.3131	-0.1042	0.4605	-0.0057	0.3941	-0.0069	-0.0949	-0.0008	0.0424	0.0734	-0.0328	0.0378	0.1052	-0.0665	0.0997	0.0416	-0.0455	0.1915	0.01	0.112	15.9199	40.3762	72.275
4	1.1434	-0.2032	0.221	0.8561	0.0778	0.0784	-0.0463	0.0081	-0.0377	-0.1383	0.0722	0.0263	-0.0231	0.0609	-0.0259	0.1319	0.0127	-0.0069	0.1727	0.0068	0.0951	12.9903	42.3739	57.4449
5	3.2846	-1.8271	2.3158	1.308	-1.7915	2.5123	0.1609	-0.1047	0.2154	0.0759	0.0007	0.0775	-0.1415	0.083	-0.1617	0.2261	-0.0238	0.0288	0.0398	-0.0624	0.2223	-5.3886	88.6089	69.1153
6	0.6326	0.0073	0.0236	0.0805	0.0333	1.0516	0.0257	-0.0679	0.0492	0.0598	0.0035	0.0754	-0.0205	-0.0179	-0.0293	0.1611	-0.0143	-0.0157	0.0833	-0.0269	0.1454	4.3806	71.7091	65.8535
7	0.7598	0.0275	-0.1312	0.1011	-0.0372	0.7502	0.0118	0.0623	0.1545	-0.0098	0.0103	0.0176	-0.131	0.0716	-0.0221	0.1658	-0.0593	-0.0063	0.0378	-0.002	0.1958	6.6648	85.0657	55.4013
8	0.0972	0.0857	-0.096	0.4093	0.2857	0.584	-0.0025	-0.0157	0.0496	-0.005	0.0243	0.0265	0.0297	0.135	-0.0219	0.122	-0.0335	-0.0021	0.1427	-0.0035	0.1568	15.1185	71.182	52.924
9	0.5693	0.5239	0.1667	0.4927	0.1091	0.447	0.0182	0.0803	-0.092	-0.017	0.0593	-0.0809	0.0044	0.1268	-0.0776	0.1348	0.0198	-0.0101	0.1835	-0.0111	0.1099	0.6846	52.051	14.7518
10	0.4097	0.3473	-0.1235	0.6346	0.0416	0.5834	0.0203	0.0022	-0.0228	-0.0586	-0.0182	0.0894	-0.128	0.0007	-0.0021	0.0989	-0.0199	0.003	0.1865	0.012	0.1193	4.967	63.5317	28.0978
11	0.5625	0.15	0.5979	0.3218	0.1443	0.651	0.1037	0.0638	-0.0818	-0.0095	-0.0124	-0.0002	0.0658	0.0798	-0.0913	0.1123	0.0177	0.0066	0.209	-0.0231	0.102	6.8354	47.6073	17.0816
12	0.1848	0.0042	0.2568	0.0236	0.012	1.0579	0.0874	0.0409	-0.0424	0.0296	-0.0059	0.028	0.0504	0.1913	-0.0816	0.0873	0.0121	0.0002	0.2279	-0.0117	0.1184	16.9195	48.2206	32.8205
13	0.7217	-0.3539	-0.0606	0.3003	-0.1478	0.3771	-0.0078	-0.0796	-0.0557	-0.0005	0.0623	-0.0027	0.0676	-0.0046	-0.0545	0.1775	0.0049	-0.0162	0.0895	0.031	0.1342	-12.3602	25.7083	65.7873
14	0.1982	-0.0664	0.0617	0.4597	-0.3145	0.5918	0.0142	-0.0007	-0.0457	-0.0526	0.0327	0.0286	0.0637	-0.1047	-0.0469	0.1367	-0.0453	-0.0295	0.1121	0.0257	0.1632	-25.9296	30.6043	53.537
15	0.555	0.2872	-0.2401	0.1494	-0.1186	0.2415	0.0763	0.0003	0.1542	0.0375	0.0065	0.0708	-0.0008	0.0327	-0.0827	0.1457	0.0168	0.0319	0.0507	-0.0394	0.1866	-17.3377	78.5152	66.7739
16	0.3737	0.3475	-0.1967	0.5382	-0.1113	0.2791	0.024	-0.043	0.0644	-0.0311	0.0304	0.0463	0.024	-0.0559	-0.0544	0.1035	0.0074	0.0165	0.1543	-0.0096	0.1407	-29.17	63.6478	66.5895
17	0.271	0.121	-0.1265	0.0611	-0.0973	0.4849	0.0771	0.0905	0.0864	0.0248	0.0159	0.048	0.0211	-0.0383	-0.093	0.1285	0.0153	0.004	0.1822	-0.0027	0.1156	-13.2543	54.3526	14.8639
18	1.0903	1.4058	0.4103	2.1763	0.5348	0.7045	0.0392	0.0949	-0.045	0.0095	0.0295	-0.1699	0.0809	0.0256	-0.0687	0.1092	0.0014	-0.0128	0.1693	-0.0038	0.1129	-15.7398	44.6182	31.8081
19	0.4294	0.3664	-0.4523	0.5657	-0.1818	0.7309	0.0635	0.0493	0.0144	-0.0022	-0.0006	-0.032	-0.0128	-0.0426	-0.063	0.121	0.0168	-0.0055	0.1754	0.0102	0.1087	-16.3569	54.2356	18.2971
20	0.3196	-0.0333	-0.1995	0.254	0.099	0.8433	0.0934	0.0553	0.0568	0.0052	-0.0374	-0.0258	-0.1163	-0.1903	-0.056	0.0763	0.0384	-0.0058	0.2168	0.0295	0.1257	-31.3722	61.2188	28.2421
21	0.4452	-0.0313	-0.0826	0.1988	-0.0667	0.5095	0.0074	0.0013	-0.0117	0.047	0.0143	-0.0236	0.0169	-0.0648	-0.0218	0.0972	-0.0077	-0.0293	0.1808	0.0053	0.1257	-23.7891	50.7037	35.8569

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	55 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	117 - 269
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	270 - 338
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	20 - 54
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	55 - 116
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	117 - 212
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	213 - 338
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	21 - 76
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	77 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	117 - 171
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	172 - 338
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	21 - 143
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	144 - 338
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	21 - 144
16	X-RAY DIFFRACTION	16	E	145 - 338
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	21 - 76
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	77 - 101
19	X-RAY DIFFRACTION	19	F	102 - 143
20	X-RAY DIFFRACTION	20	F	144 - 269
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	270 - 338

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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