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- PDB-6vsu: Arginase from Arabidopsis thaliana in Complex with Ornithine -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vsu

タイトル

Arginase from Arabidopsis thaliana in Complex with Ornithine

要素

Arginase 1, mitochondrial

キーワード

HYDROLASE / arginine amidinohydrolase / ureohydrolase / agmatinase / agmatine amidinohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

agmatinase / putrescine biosynthetic process from arginine, via agmatine / agmatinase activity / arginase / arginase activity / urea cycle / protein hexamerization / cobalt ion binding / L-arginine catabolic process / magnesium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Sekula, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2020
タイトル: The Neighboring Subunit Is Engaged to Stabilize the Substrate in the Active Site of Plant Arginases.
著者: Sekula, B.

履歴

登録	2020年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vsu.cif.gz	2.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vsu.ent.gz	2.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vsu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vsu_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vsu_full_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示
XML形式データ	6vsu_validation.xml.gz	4.7 KB	表示
CIF形式データ	6vsu_validation.cif.gz	99.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vsu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vssSC 6vstC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vst-2 6vss-d 6vst-1 3fz3-d 5wxu-d 1i33-2 6v6h-d 3pkj-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: Arginase 1, mitochondrial

B: Arginase 1, mitochondrial

C: Arginase 1, mitochondrial

D: Arginase 1, mitochondrial

E: Arginase 1, mitochondrial

F: Arginase 1, mitochondrial

G: Arginase 1, mitochondrial

H: Arginase 1, mitochondrial

I: Arginase 1, mitochondrial

J: Arginase 1, mitochondrial

K: Arginase 1, mitochondrial

L: Arginase 1, mitochondrial

M: Arginase 1, mitochondrial

N: Arginase 1, mitochondrial

O: Arginase 1, mitochondrial

P: Arginase 1, mitochondrial

Q: Arginase 1, mitochondrial

R: Arginase 1, mitochondrial

S: Arginase 1, mitochondrial

T: Arginase 1, mitochondrial

U: Arginase 1, mitochondrial

V: Arginase 1, mitochondrial

W: Arginase 1, mitochondrial

X: Arginase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

847 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Arginase 1, mitochondrial

B: Arginase 1, mitochondrial

C: Arginase 1, mitochondrial

D: Arginase 1, mitochondrial

E: Arginase 1, mitochondrial

F: Arginase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
212 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

G: Arginase 1, mitochondrial

H: Arginase 1, mitochondrial

I: Arginase 1, mitochondrial

J: Arginase 1, mitochondrial

K: Arginase 1, mitochondrial

L: Arginase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
212 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

M: Arginase 1, mitochondrial

N: Arginase 1, mitochondrial

O: Arginase 1, mitochondrial

P: Arginase 1, mitochondrial

Q: Arginase 1, mitochondrial

R: Arginase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
211 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

S: Arginase 1, mitochondrial

T: Arginase 1, mitochondrial

U: Arginase 1, mitochondrial

V: Arginase 1, mitochondrial

W: Arginase 1, mitochondrial

X: Arginase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
211 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	267.322, 267.322, 262.894
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 24分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWX

#1: タンパク質	... Arginase 1, mitochondrial / Agmatinase ARGAH1 / Arginine amidohydrolase 1 分子量: 34958.746 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 組織: leaves / 遺伝子: ARGAH1, At4g08900, T3H13.7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P46637, arginase, agmatinase

#1: タンパク質

...
Arginase 1, mitochondrial / Agmatinase ARGAH1 / Arginine amidohydrolase 1

分子量: 34958.746 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組織: leaves / 遺伝子: ARGAH1, At4g08900, T3H13.7 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P46637, arginase, agmatinase

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非ポリマー , 6種, 5067分子

#2: 化合物	... ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-ORN / L-ornithine / オルニチンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4951 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.05 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 50 mM L-arginine, 50 mM L-glutamic acid, 22% PEG Smear Broad, 5% glycerol

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月27日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 429624 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 43258 / CC_1/2: 0.747 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VSS

6vss

解像度: 2.25→29.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 11.042 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.173
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1968	2236	0.5 %	RANDOM
R_work	0.1592	-	-	-
obs	0.1594	424973	98.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.12 Å² / B_iso mean: 41.31 Å² / B_iso min: 14.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.05 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→29.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	58150	0	362	4951	63463
B_iso mean	-	-	53.9	40.71	-
残基数	-	-	-	-	7594

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	59384
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	56927
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.783	1.638	80143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.412	1.581	131992
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.05	5	7583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.173	21.589	3172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.846	15	10506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.451	15	529
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	7514
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	67014
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	11973

LS精密化シェル

解像度: 2.251→2.309 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	130	-
R_work	0.237	29865	-
all	-	29995	-
obs	-	-	93.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1665	0.7858	-0.0998	2.216	0.6041	3.1699	-0.3454	1.0934	-0.627	-0.4866	0.0164	-0.0416	0.5489	-0.7866	0.329	0.3913	-0.218	0.1421	0.8492	-0.349	0.4343	106.383	143.433	127.59
2	4.6907	-1.4799	0.2081	2.3432	0.6819	0.3828	0.0986	0.677	-0.1951	-0.4427	-0.0346	0.1046	-0.1085	-0.1519	-0.064	0.3257	-0.1809	-0.0223	1.0104	0.1657	0.0841	100.668	160.202	130.077
3	4.8053	0.0711	0.1585	4.0247	-0.0361	3.5679	-0.0771	1.0979	-1.4809	-0.4689	0.1725	-0.2606	0.5697	-0.0998	-0.0953	0.3662	-0.1111	0.0532	0.4586	-0.2955	0.5896	111.334	142.067	131.133
4	2.1235	0.7134	-0.7817	2.2323	0.2418	3.0582	-0.295	1.1861	-0.6918	-0.4005	0.2691	-0.4176	0.344	-0.1888	0.0259	0.2934	-0.1265	0.173	0.7379	-0.3285	0.4247	118.959	152.87	128.123
5	5.5418	1.9909	-2.0974	3.5838	-1.1992	1.0834	-0.0517	0.5146	-0.6507	-0.2637	0.1244	-0.4289	0.1502	0.153	-0.0727	0.3064	0.1335	0.0531	0.6708	-0.4938	0.7688	127.04	150.755	133.655
6	3.4641	-0.4053	-1.4206	1.5435	0.9495	2.6702	0.021	0.8959	-0.029	-0.4326	0.1921	-0.5257	-0.1591	-0.0219	-0.2131	0.2131	-0.0653	0.1588	0.4227	-0.0121	0.2689	123.065	166.101	133.719
7	3.1283	0.1702	-2.1341	1.8441	0.0308	5.2012	0.0007	0.934	-0.1297	-0.3983	0.1367	-0.0891	-0.0667	-0.5922	-0.1373	0.1905	-0.0628	0.0184	0.4711	0.0417	0.1207	109.181	161.887	132.628
8	9.4871	-3.6673	-8.0823	2.9281	3.8414	11.5878	0.109	-0.4561	0.1392	0.0661	0.1425	-0.1417	-0.1277	0.3918	-0.2515	0.1686	-0.0852	-0.0533	0.1442	0.0355	0.2525	133.561	171.048	179.6
9	3.052	-0.8346	-0.871	1.781	0.7414	2.8809	0.0756	0.0383	-0.0842	0.0567	0.0762	-0.2375	-0.0281	0.189	-0.1518	0.071	-0.0168	-0.0007	0.054	0.0433	0.2085	126.871	169.501	161.687
10	1.6089	0.3049	-0.3213	1.4145	-0.4251	2.2695	0.2296	-0.0954	0.4122	0.2346	0.0385	0.0458	-0.626	0.0494	-0.2681	0.3027	-0.0629	0.1296	0.05	0.0168	0.2822	124.907	186.802	166.897
11	2.615	-1.2326	0.6628	1.5033	0.6442	3.5419	0.3065	0.6747	0.8267	-0.4578	0.0749	-0.2823	-0.6837	0.3679	-0.3814	0.3989	-0.0199	0.218	0.3517	0.3182	0.4916	121.836	191.258	144.779
12	2.2342	0.8905	0.4183	0.8097	0.1843	2.0382	0.0994	0.2518	0.1039	-0.0331	0.0978	-0.1208	-0.3151	0.1494	-0.1972	0.1452	-0.0071	0.0896	0.0705	0.065	0.203	123.499	178.125	154.099
13	2.2798	-0.6515	-0.9684	3.5814	0.1147	1.4045	0.1077	0.596	0.597	0.4606	0.2944	0.5833	-0.4909	-0.8537	-0.4021	0.4493	0.3568	0.1487	0.7548	0.4654	0.4521	79.894	192.266	149.076
14	1.778	-0.8056	0.0453	1.7077	1.888	4.3735	0.318	0.1813	0.7457	-0.0071	-0.0681	-0.2554	-0.4569	-0.4473	-0.2499	0.3603	0.1706	0.2383	0.2492	0.294	0.5272	97.424	190.386	154.188
15	0.4549	-0.0616	0.2973	0.8123	-0.0196	3.8565	0.0165	0.2381	0.3582	-0.2129	0.1068	0.2746	-0.476	-1.0119	-0.1232	0.3349	0.294	0.058	0.7752	0.4447	0.4813	83.235	190.803	141.32
16	3.0767	-1.8457	0.7768	1.5467	-1.6494	3.7752	0.2945	0.5126	-0.0009	-0.3939	-0.232	0.084	0.3131	-0.1558	-0.0626	0.4729	0.1355	-0.0716	0.9371	0.3471	0.3061	90.251	182.042	128.882
17	2.3237	-1.3595	0.6771	1.8221	-0.1055	1.542	0.193	0.7587	0.4787	-0.5432	0.0146	-0.1542	-0.3683	-0.3336	-0.2076	0.3648	0.0848	0.1424	0.8415	0.4631	0.2838	101.916	184.76	132.376
18	1.5055	-0.0401	0.855	4.113	-1.308	3.3006	0.0576	0.3342	0.4333	-0.1384	0.0177	-0.1868	-0.484	-0.465	-0.0753	0.1939	0.175	0.136	0.3768	0.3047	0.2866	98.309	186.819	145.816
19	1.63	-0.4596	0.1905	1.9878	-0.1816	1.4843	0.0162	0.4603	-0.2504	-0.3965	0.101	-0.2229	0.2691	0.0358	-0.1171	0.2369	-0.1199	0.001	0.2358	-0.0511	0.1381	98.813	135.881	144.174
20	2.1464	-0.1205	-0.1924	1.6883	0.4786	1.6068	0.002	0.5525	-0.2119	-0.4414	0.092	0.0242	0.1243	-0.1315	-0.094	0.221	-0.1381	-0.0615	0.2815	0.0048	0.0591	86.505	136.682	142.311
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45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	302 - 342
46	X-RAY DIFFRACTION	46	H	26 - 58
47	X-RAY DIFFRACTION	47	H	59 - 113
48	X-RAY DIFFRACTION	48	H	114 - 193
49	X-RAY DIFFRACTION	49	H	194 - 216
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	217 - 342
51	X-RAY DIFFRACTION	51	I	27 - 148
52	X-RAY DIFFRACTION	52	I	149 - 342
53	X-RAY DIFFRACTION	53	J	26 - 58
54	X-RAY DIFFRACTION	54	J	59 - 148
55	X-RAY DIFFRACTION	55	J	149 - 342
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112	X-RAY DIFFRACTION	112	T	25 - 58
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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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