PDB-6vst: Arginase from Medicago truncatula in complex with ornithine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vst

タイトル

Arginase from Medicago truncatula in complex with ornithine

要素

Arginase

キーワード

HYDROLASE / arginine amidinohydrolase / ureohydrolase / agmatinase / agmatine amidinohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

agmatinase / putrescine biosynthetic process from arginine, via agmatine / agmatinase activity / arginase / arginase activity / : / urea cycle / protein hexamerization / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Sekula, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2020
タイトル: The Neighboring Subunit Is Engaged to Stabilize the Substrate in the Active Site of Plant Arginases.
著者: Sekula, B.

履歴

登録	2020年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vst.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vst.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vst.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vst	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vssSC 6vsuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vss-d 6vsu-1 6vsu-3 6vsu-4 6vsu-2 1i33-2 3fz3-d 5wxu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arginase

B: Arginase

C: Arginase

D: Arginase

E: Arginase

F: Arginase

G: Arginase

H: Arginase

I: Arginase

J: Arginase

K: Arginase

L: Arginase

ヘテロ分子

453 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arginase

B: Arginase

C: Arginase

D: Arginase

E: Arginase

F: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
226 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Arginase

H: Arginase

I: Arginase

J: Arginase

K: Arginase

L: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
226 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.672, 166.074, 150.875
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.500, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Arginase / Arginase family protein / Putative arginase 分子量: 37523.488 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 組織: leaves / 遺伝子: 11420737, MTR_4g024960, MtrunA17_Chr4g0011501 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G7JFU5, arginase
#2: 化合物	... ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ORN / L-ornithine / オルニチンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 55 mM CaCl2, 55 mM MgCl2, 80 mM HEPES/MOPS buffer at pH 7.5, 30% ethylene glycol, 15 % polyethylene glycol 8000; cocrystallization with 50 mM L-arginine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月3日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→41.52 Å / Num. obs: 231608 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.12→2.25 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.714 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 36997 / CC_1/2: 0.746 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XSCALE	VERSION Jan 26, 2018	データスケーリング
XDS	VERSION Jan 26, 2018	データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VSS

6vss

解像度: 2.12→41.52 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.58

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1991	1019	0.44 %
R_work	0.1597	-	-
obs	0.1599	231541	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 148.35 Å² / B_iso mean: 51.8951 Å² / B_iso min: 20.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.12→41.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29519	0	78	1331	30928
B_iso mean	-	-	57.54	49.98	-
残基数	-	-	-	-	3825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	30190
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.851	40892
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	4612
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5418
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.619	18367

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.12-2.23	0.2821	144	0.2475	32449	99
2.23-2.37	0.2141	146	0.2053	32946	100
2.37-2.55	0.2527	145	0.1879	32957	100
2.55-2.81	0.24	146	0.1886	32969	100
2.81-3.21	0.2589	146	0.1855	32973	100
3.22-4.05	0.1968	146	0.1462	33023	100
4.05-41.5	0.1465	146	0.1293	33205	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0024	-1.6176	0.3735	3.1318	-0.2903	1.761	0.0627	-0.1132	-0.2825	-0.0515	0.0035	-0.1977	0.4775	0.0233	0.0128	0.4587	0.0058	-0.0189	0.2578	0.0433	0.4092	30.6137	58.2758	100.483
2	1.1772	0.5429	0.0017	2.557	-0.6164	2.5954	0.0236	-0.0712	-0.0928	0.0038	-0.0518	-0.247	0.0279	0.2213	0.0353	0.2849	0.0438	0.0239	0.2426	0.0103	0.2941	36.8065	73.7686	98.5258
3	5.311	0.6178	5.6111	0.654	1.1747	9.1876	-0.3654	0.0668	0.6837	-0.0148	-0.2176	0.098	-1.0107	-0.3934	0.6078	0.6128	0.117	0.0677	0.3179	0.035	0.5171	16.7711	109.4135	66.497
4	1.6258	0.4445	0.5849	1.5058	0.9469	3.387	0.0338	-0.1852	0.1676	0.1541	-0.1434	0.1559	-0.263	-0.2932	0.1211	0.3213	0.031	0.0392	0.2405	-0.0164	0.3811	26.7562	94.7552	76.3532
5	3.5114	-0.4128	1.9777	1.1634	1.4455	6.0698	0.1574	0.378	0.0952	-0.3747	-0.0516	0.2148	-0.6991	-0.1828	-0.0568	0.4937	0.1348	0.0403	0.3191	0.0621	0.4863	21.6711	102.7967	59.2473
6	1.51	-0.3856	-0.3781	2.4522	-0.1056	1.8195	0.0586	0.0582	0.2576	-0.1162	0.001	-0.3211	-0.3217	0.2184	-0.0541	0.2514	-0.0328	0.0264	0.2206	0.0025	0.3443	39.2434	92.8666	66.5019
7	1.5715	0.5273	-0.8314	2.9091	0.2061	2.6661	-0.1731	0.0107	-0.3406	-0.194	0.1088	-0.0081	0.5209	-0.0278	0.1008	0.3004	0.0548	0.021	0.244	-0.0137	0.3982	40.2163	50.5841	47.9168
8	1.4027	0.1848	-0.7099	2.6287	-0.1737	2.1995	0.0876	0.0414	0.0672	-0.1563	-0.0228	0.091	-0.2294	-0.0615	-0.102	0.2665	0.0172	0.0031	0.2972	-0.0068	0.3275	39.6444	68.3468	52.5068
9	4.5501	3.282	-0.5514	6.249	-1.208	3.6775	0.1595	0.1041	-0.4479	0.059	-0.0207	-0.201	0.8011	-0.0015	-0.0295	0.5198	0.0679	-0.0013	0.2412	-0.047	0.4346	40.1374	44.6015	53.0016
10	2.7751	-0.7008	1.0245	2.3006	1.6299	2.8677	0.051	-0.3815	-0.5972	0.5491	0.1315	-0.1253	1.0519	0.4106	-0.1274	0.5068	0.1531	-0.0286	0.4078	0.0513	0.5878	50.9133	51.3557	65.9143
11	5.153	2.3727	-3.2838	2.784	0.3497	4.3602	0.0668	-0.7837	0.0703	0.2918	0.2761	-0.1754	0.1646	0.8995	-0.3859	0.2799	0.1253	-0.0988	0.7037	-0.0291	0.5512	57.1374	65.893	75.8686
12	1.69	0.1043	-0.3531	2.2456	0.3381	3.277	-0.0368	-0.1424	-0.0896	0.0476	0.0859	-0.1573	0.0357	0.2403	-0.0194	0.162	0.0515	-0.021	0.2455	-0.0003	0.3423	45.5444	65.1799	64.3955
13	9.1425	-6.2947	0.5561	4.431	0.1551	2.1869	-0.3051	-0.796	-0.1764	0.4138	0.401	-0.0189	0.5707	-0.2498	-0.0917	0.5895	-0.1028	0.0384	0.3929	0.1264	0.4544	16.7191	50.4376	108.0239
14	3.2328	-0.6386	0.0023	3.6094	0.49	2.748	0.1474	-0.2362	-0.0627	-0.143	0.0108	-0.0933	0.094	-0.3819	-0.1331	0.3436	-0.0558	0.0148	0.3572	0.0639	0.3342	10.3179	60.1014	90.5219
15	1.3996	0.4759	0.6899	1.6186	0.4237	2.2542	0.1956	-0.1908	-0.4245	0.2154	0.012	0.0275	0.6036	-0.3867	-0.1598	0.5266	-0.1407	-0.008	0.4009	0.1271	0.4875	8.7708	46.2174	92.7996
16	2.4891	1.0757	-0.3704	6.9663	-1.1461	4.6538	0.1416	0.1267	-0.6676	-0.6682	-0.1457	-0.1741	0.9007	-0.5861	-0.0297	0.6133	-0.1874	-0.0709	0.4288	0.0085	0.6341	3.5807	38.5603	75.0359
17	8.4934	0.5973	-1.6165	1.9145	-0.2329	4.6165	-0.0902	0.6153	0.4086	0.0422	-0.035	0.2534	0.0918	-1.09	0.1085	0.5816	-0.1315	-0.1235	0.7715	0.059	0.7255	-6.1937	48.6071	72.362
18	1.9918	1.1266	-2.0218	8.211	-4.4696	3.5204	0.4102	-0.0136	-0.5931	0.182	-0.1535	0.7472	0.2034	-1.0735	-0.1438	0.5546	-0.2451	-0.011	0.6685	0.0536	0.5315	-2.6481	47.7624	86.9809
19	2.0939	-0.6081	0.9323	1.6209	0.7422	3.3553	-0.0411	-0.0772	-0.1748	-0.2499	0.0332	0.1316	0.0051	-0.4246	-0.0027	0.4461	0.0012	0.0175	0.3354	0.0599	0.4104	5.3291	58.6695	82.0654
20	4.9183	3.3034	4.9736	5.3157	4.9303	8.5095	-0.1975	0.0906	0.7302	0.0001	-0.0276	0.3757	-0.8595	-0.0608	0.3493	0.4919	0.1392	0.0967	0.34	0.0569	0.5916	7.2388	106.8438	67.775
21	1.4723	0.2905	0.5421	1.4455	0.2065	3.9116	0.0684	0.1577	0.2339	-0.1875	-0.0893	0.0848	0.0389	0.0301	0.0146	0.2743	0.0707	-0.0122	0.415	0.0437	0.4416	6.0911	87.06	62.4807
22	1.7522	0.2854	-0.29	2.1757	-0.2191	1.4359	0.2161	-0.1571	0.3539	0.2816	-0.0037	0.4475	-0.2691	-0.2986	-0.1724	0.2646	0.092	0.0633	0.4425	-0.0147	0.5244	-3.9409	90.3658	78.1312
23	2.3327	0.0472	0.6014	2.2568	-0.1424	2.5774	-0.0221	-0.0093	-0.336	0.0193	0.173	0.579	-0.0123	-0.4252	-0.053	0.2425	-0.0474	-0.0198	0.5936	0.0147	0.648	-12.8799	69.9867	73.4046
24	1.3487	-1.1613	-0.5188	2.4246	-0.0345	1.2929	0.1727	0.3004	0.1653	-0.1406	-0.0487	0.7029	0.0572	-0.5207	-0.0951	0.2156	0.065	-0.0033	0.5874	0.0712	0.6301	-10.1978	84.0675	69.26
25	1.5071	0.6028	-0.4029	2.5512	-0.1876	2.0387	-0.0003	0.0537	0.0552	-0.1182	0.0249	0.1468	0.0169	-0.2524	-0.0214	0.199	0.0299	-0.0138	0.3869	0.0077	0.3861	2.0161	77.7075	67.3478
26	7.7061	4.5632	-5.6112	4.0772	-5.2873	7.2947	-0.3398	0.2482	-0.5282	-0.4124	0.0244	-0.304	0.3867	-0.2436	0.2811	0.4381	0.0062	-0.0079	0.2359	-0.0857	0.3353	30.9659	48.2554	39.0007
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精密化 TLSグループ

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5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 117 through 143 )	B	117 - 143
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8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 77 through 116 )	C	77 - 116
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 117 through 143 )	C	117 - 143
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 144 through 232 )	C	144 - 232
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 233 through 251 )	C	233 - 251
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 252 through 338 )	C	252 - 338
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 19 through 54 )	D	19 - 54
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 55 through 100 )	D	55 - 100
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 101 through 212 )	D	101 - 212
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 213 through 234 )	D	213 - 234
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 235 through 251 )	D	235 - 251
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 252 through 269 )	D	252 - 269
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 270 through 338 )	D	270 - 338
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 20 through 54 )	E	20 - 54
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 55 through 116 )	E	55 - 116
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 117 through 234 )	E	117 - 234
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 235 through 251 )	E	235 - 251
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 252 through 269 )	E	252 - 269
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 270 through 338 )	E	270 - 338
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 19 through 54 )	F	19 - 54
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 55 through 116 )	F	55 - 116
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 117 through 212 )	F	117 - 212
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 213 through 338 )	F	213 - 338
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 19 through 54 )	G	19 - 54
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 55 through 116 )	G	55 - 116
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 117 through 171 )	G	117 - 171
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 172 through 338 )	G	172 - 338
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 19 through 54 )	H	19 - 54
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 55 through 116 )	H	55 - 116
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 117 through 338 )	H	117 - 338
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'I' and (resid 22 through 54 )	I	22 - 54
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'I' and (resid 55 through 116 )	I	55 - 116
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'I' and (resid 117 through 143 )	I	117 - 143
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'I' and (resid 144 through 297 )	I	144 - 297
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'I' and (resid 298 through 319 )	I	298 - 319
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'I' and (resid 320 through 338 )	I	320 - 338
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'J' and (resid 21 through 54 )	J	21 - 54
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'J' and (resid 55 through 100 )	J	55 - 100
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'J' and (resid 101 through 127 )	J	101 - 127
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'J' and (resid 128 through 171 )	J	128 - 171
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'J' and (resid 172 through 269 )	J	172 - 269
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'J' and (resid 270 through 338 )	J	270 - 338
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'K' and (resid 21 through 54 )	K	21 - 54
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'K' and (resid 55 through 76 )	K	55 - 76
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'K' and (resid 77 through 100 )	K	77 - 100
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'K' and (resid 101 through 127 )	K	101 - 127
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'K' and (resid 128 through 171 )	K	128 - 171
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'K' and (resid 172 through 234 )	K	172 - 234
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56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'K' and (resid 252 through 269 )	K	252 - 269
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'K' and (resid 270 through 338 )	K	270 - 338
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'L' and (resid 20 through 100 )	L	20 - 100
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'L' and (resid 101 through 127 )	L	101 - 127
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'L' and (resid 128 through 338 )	L	128 - 338

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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