+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vss | ||||||
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Title | Arginase from Medicago truncatula | ||||||
Components | Arginase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / arginine amidinohydrolase / ureohydrolase / agmatinase / agmatine amidinohydrolase | ||||||
Function / homology | Function and homology information agmatinase / putrescine biosynthetic process from arginine, using agmatinase / agmatinase activity / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / protein hexamerization / mitochondrion / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Medicago truncatula (barrel medic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.93 Å | ||||||
Authors | Sekula, B. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Front Plant Sci / Year: 2020 Title: The Neighboring Subunit Is Engaged to Stabilize the Substrate in the Active Site of Plant Arginases. Authors: Sekula, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vss.cif.gz | 724.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vss.ent.gz | 605 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vss.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vss_validation.pdf.gz | 251.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6vss_full_validation.pdf.gz | 251.1 KB | Display | |
Data in XML | 6vss_validation.xml.gz | 1.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6vss_validation.cif.gz | 20.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vss | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6vstC 6vsuC 3lhlS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37523.488 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Medicago truncatula (barrel medic) / Tissue: leaves / Gene: 11420737, MTR_4g024960, MtrunA17_Chr4g0011501 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: G7JFU5, arginase #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 55 mM CaCl2, 55 mM MgCl2, 80 mM HEPES/MOPS buffer at pH 7.5, 30% ethylene glycol, 15 % polyethylene glycol 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 6, 2017 |
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.93→44.55 Å / Num. obs: 130001 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.93→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 20449 / CC1/2: 0.744 / % possible all: 93.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3LHL Resolution: 1.93→44.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 11.17 / SU ML: 0.148 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.147 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 102.14 Å2 / Biso mean: 33.82 Å2 / Biso min: 13.65 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.93→44.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.93→1.978 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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