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- PDB-6vs5: Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vs5
タイトルMycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase in complex with 5-methyl-1-phenyl-1H-pyrazole-4-carboxylic acid (fragment 1)
要素Dihydrofolate reductase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / folate pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-methyl-1-phenyl-pyrazole-4-carboxylic acid / : / Chem-NDP / PHOSPHATE ION / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.758 Å
データ登録者Ribeiro, J.A. / Tyrakis, P. / Blundell, T. / Dias, M.V.B.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/00351-1 ブラジル
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Using a Fragment-Based Approach to Identify Alternative Chemical Scaffolds Targeting Dihydrofolate Reductase fromMycobacterium tuberculosis.
著者: Ribeiro, J.A. / Hammer, A. / Libreros-Zuniga, G.A. / Chavez-Pacheco, S.M. / Tyrakis, P. / de Oliveira, G.S. / Kirkman, T. / El Bakali, J. / Rocco, S.A. / Sforca, M.L. / Parise-Filho, R. / ...著者: Ribeiro, J.A. / Hammer, A. / Libreros-Zuniga, G.A. / Chavez-Pacheco, S.M. / Tyrakis, P. / de Oliveira, G.S. / Kirkman, T. / El Bakali, J. / Rocco, S.A. / Sforca, M.L. / Parise-Filho, R. / Coyne, A.G. / Blundell, T.L. / Abell, C. / Dias, M.V.B.
履歴
登録2020年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,48913
ポリマ－35,7872
非ポリマー2,70211
水5,242291
1
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2927
ポリマ－17,8931
非ポリマー1,3996
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1976
ポリマ－17,8931
非ポリマー1,3045
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area14460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.477, 70.453, 71.876
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 17893.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: folA, ERS023446_01268, ERS027651_02380, SAMEA2682864_02011, SAMEA2683035_01637
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: A0A0E8UVJ4, UniProt: P9WNX1*PLUS, dihydrofolate reductase

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非ポリマー , 5種, 302分子

#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物
ChemComp-9FH / 5-methyl-1-phenyl-pyrazole-4-carboxylic acid / 1-フェニル-5-メチル-1H-ピラゾ-ル-4-カルボン酸


分子量: 202.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 100 mM MES (2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid), pH 6.5, 10 mM CoCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.45868 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45868 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,l,k / Fraction: 0.11
反射解像度: 1.7→46.72 Å / Num. obs: 31632 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.76-1.798.60.9511422016520.7160.3371.0122.293.8
8.96-46.72100.04729292940.9980.0150.0549.999.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SADABSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DF7

1df7


解像度: 1.758→35.227 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 1632 5.2 %
Rwork0.2003 --
obs0.2029 31369 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.42 Å2 / Biso mean: 28.4649 Å2 / Biso min: 12.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.758→35.227 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2480 0 173 291 2944
Biso mean--25.61 37.54 -
残基数----318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1243734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9921522
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7592-1.8160.32721590.3011259192
1.816-1.88090.33191500.2801266394
1.8809-1.95620.31161170.2648271095
1.9562-2.04520.26451400.2677269195
2.0452-2.1530.28351400.2517269195
2.153-2.28790.30021510.2353270394
2.2879-2.46450.27831610.2299268394
2.4645-2.71240.25291340.2138267694
2.7124-3.10470.24411220.1893272394
3.1047-3.91080.21781500.158274194
3.9108-350.23091770.1528286694
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.9058 Å / Origin y: 0.2709 Å / Origin z: 17.9497 Å
111213212223313233
T0.1652 Å2-0.012 Å2-0.0266 Å2-0.1385 Å2-0.0252 Å2--0.1523 Å2
L1.2968 °2-0.4956 °2-0.3171 °2-0.5036 °2-0.1282 °2--0.2745 °2
S0.0063 Å °0.0125 Å °0.0439 Å °0.0052 Å °-0.013 Å °-0.0666 Å °-0.001 Å °0.0187 Å °-0.0017 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 159
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 159
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 3
5X-RAY DIFFRACTION1allD4
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 2
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 292
8X-RAY DIFFRACTION1allS293 - 298
9X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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