PDB-6vs1: protein C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vs1

タイトル

protein C

要素

Multidrug transporter MdfA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / regulation of cellular pH / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Lu, M. / Lu, M.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of a redesigned multidrug transporter from the Major Facilitator Superfamily.
著者: Wu, H.H. / Symersky, J. / Lu, M.

履歴

登録	2020年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vs1.cif.gz	88 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vs1.ent.gz	64.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vs1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vs1_validation.pdf.gz	780.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vs1_full_validation.pdf.gz	795.3 KB	表示
XML形式データ	6vs1_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	6vs1_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vs1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vs1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vrzC 6vs0C 6vs2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ooq-d 6vs2-d 6oom-d 6euq-d 4zow-d 6vrz-d 5jqw-d 1yta-1 4k0a-d 6kkk-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (6) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Multidrug transporter MdfA

ヘテロ分子

42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.728, 70.405, 112.898
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.290, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Multidrug transporter MdfA / Chloramphenicol resistance pump Cmr 分子量: 41923.020 Da / 分子数: 1 / 変異: E26T/D34M/A150E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mdfA, cmlA, cmr, b0842, JW0826 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEY8
#2: 化合物	ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION 分子量: 140.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#3: 化合物	ChemComp-DXC / (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / DEOXYCHOLIC ACID 分子量: 392.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG, salts, etc

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→100 Å / Num. obs: 12474 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 12 % / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.12 / Net I/σ(I): 36
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / Num. unique obs: 300 / CC_1/2: 0.43 / R_sym value: 0.7 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	2.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	-	-
R_work	0.28	-	-
obs	0.28	12474	90 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 398.86 Å² / B_iso mean: 185.9271 Å² / B_iso min: 69.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2885	0	29	0	2914

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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