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万見
- PDB-6vre: Structure of ASK1 bound to BIO-1772961 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vre
タイトルStructure of ASK1 bound to BIO-1772961
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
キーワードTRANSFERASE / ASK1 / Kinase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / JUN kinase kinase kinase activity / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress ...cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / JUN kinase kinase kinase activity / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / : / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / MAP kinase kinase kinase activity / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of myoblast differentiation / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of JUN kinase activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / JNK cascade / response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to amino acid starvation / apoptotic signaling pathway / response to ischemia / positive regulation of JNK cascade / cellular response to hydrogen peroxide / cellular senescence / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / neuron apoptotic process / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RFG / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Chodaparambil, J.V. / Marcotte, D.J.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery of CNS-Penetrant Apoptosis Signal-Regulating Kinase 1 (ASK1) Inhibitors.
著者: Xin, Z. / Himmelbauer, M.K. / Jones, J.H. / Enyedy, I. / Gilfillan, R. / Hesson, T. / King, K. / Marcotte, D.J. / Murugan, P. / Santoro, J.C. / Gonzalez-Lopez de Turiso, F.
履歴
登録2020年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4165
ポリマ－65,5272
非ポリマー8893
水1,38777
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2473
ポリマ－32,7631
非ポリマー4842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1692
ポリマ－32,7631
非ポリマー4051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.050, 77.050, 419.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 / Apoptosis signal-regulating kinase 1 / ASK-1 / MAPK/ERK kinase kinase 5 / MEKK 5


分子量: 32763.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K5, ASK1, MAPKKK5, MEKK5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99683, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-RFG / 3-methoxy-N-{6-[4-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]pyridin-2-yl}-1-(pyrazin-2-yl)-1H-pyrazole-4-carboxamide


分子量: 405.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N9O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M BisTRIS pH 5.5, 0.2M ammonium acetate, 3% sorbitol and 12% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 34321 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 18.9 % / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.29→2.44 Å / Num. unique obs: 5344 / CC1/2: 0.63 / Rrim(I) all: 1.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bf2

4bf2


解像度: 2.29→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 --random
Rwork0.19 ---
obs-34330 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 159.51 Å2 / Biso mean: 68.3043 Å2 / Biso min: 37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3967 0 64 77 4108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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