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- PDB-6vqz: HLA-B*27:05 presenting an HIV-1 6mer peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vqz
タイトルHLA-B*27:05 presenting an HIV-1 6mer peptide
要素
  • 6-mer peptide
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / Human Leukocyte Antigen / Human Immunodeficiency Virus
機能・相同性
機能・相同性情報


integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Early Phase of HIV Life Cycle ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / Assembly Of The HIV Virion / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Budding and maturation of HIV virion / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / HIV-1 retropepsin / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / exoribonuclease H activity / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / host multivesicular body / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / protein processing / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / RNA stem-loop binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / RNA-directed DNA polymerase activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / MHC class II protein complex binding / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / peptidase activity / ER-Phagosome pathway / host cell / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / viral nucleocapsid / early endosome membrane / DNA recombination / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / intracellular iron ion homeostasis / DNA-directed DNA polymerase activity / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / symbiont-mediated suppression of host gene expression / endoplasmic reticulum lumen / viral translational frameshifting
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / : / Reverse transcriptase thumb / MHC class I-like antigen recognition-like ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / : / Reverse transcriptase thumb / MHC class I-like antigen recognition-like / Reverse transcriptase thumb domain / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / : / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / MHC class I antigen / Gag-Pol polyprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Pymm, P. / Tenzer, S. / Wee, E. / Weimershaus, M. / Burgevin, A. / Kollnberger, S. / Gerstoft, J. / Josephs, T.M. / Ladell, K. / Mclaren, J.E. ...Pymm, P. / Tenzer, S. / Wee, E. / Weimershaus, M. / Burgevin, A. / Kollnberger, S. / Gerstoft, J. / Josephs, T.M. / Ladell, K. / Mclaren, J.E. / Appay, V. / Price, D.A. / Fugger, L. / Bell, J.I. / Hansjorg, S. / Van Endert, P. / Harkiolaki, M. / Iversen, A.K.N.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Epitope length variants balance protective immune responses and viral escape in HIV-1 infection
著者: Pymm, P. / Tenzer, S. / Wee, E. / Weimershaus, M. / Burgevin, A. / Kollnberger, S. / Gerstoft, J. / Josephs, T.M. / Ladell, K. / McLaren, J.E. / Appay, V. / Price, D.A. / Fugger, L. / Bell, J. ...著者: Pymm, P. / Tenzer, S. / Wee, E. / Weimershaus, M. / Burgevin, A. / Kollnberger, S. / Gerstoft, J. / Josephs, T.M. / Ladell, K. / McLaren, J.E. / Appay, V. / Price, D.A. / Fugger, L. / Bell, J.I. / Schild, H. / van Endert, P. / Harkiolaki, M. / Iversen, A.K.
履歴
登録2020年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: MHC class I antigen
D: Beta-2-microglobulin
G: 6-mer peptide
F: 6-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3638
ポリマ－89,0136
非ポリマー3502
水2,072115
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
F: 6-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6824
ポリマ－44,5063
非ポリマー1751
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
2
C: MHC class I antigen
D: Beta-2-microglobulin
G: 6-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6824
ポリマ－44,5063
非ポリマー1751
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.495, 130.516, 90.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.410, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12chain B
22chain D
13chain F
23chain G
14chain C
24chain A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLUGLUchain AAA1 - 2751 - 275
21GLYGLYGLUGLUchain CCC1 - 2751 - 275
12ILEILEMETMETchain BBB1 - 991 - 99
22ILEILEMETMETchain DDD1 - 991 - 99
13LYSLYSLEULEUchain FFF1 - 61 - 6
23LYSLYSLEULEUchain GGE1 - 61 - 6
14GLYGLYGLYGLYchain XCC11
24HISHISHISHISchain YAA33

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31928.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O78189
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド 6-mer peptide


分子量: 830.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04585*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30 %w/v Polyethylene Glycol Monomethyl Ether 5000, 0.2 M Ammonium Sulphate, 0.1 M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.44
反射解像度: 2.25→130.49 Å / Num. obs: 47317 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2% possible all
2.25-2.372.60.4092.368300.84397.1
7.12-130.492.50.02913.715580.99898.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W0V

1w0v


解像度: 2.25→87.333 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.88 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 2305 4.88 %
Rwork0.2006 44999 -
obs0.2037 47275 97.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 192.77 Å2 / Biso mean: 38.2333 Å2 / Biso min: 11.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→87.333 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6262 0 49 115 6426
Biso mean--35 31.25 -
残基数----760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7868955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034914
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1392477
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2493X-RAY DIFFRACTION7.446TORSIONAL
12C2493X-RAY DIFFRACTION7.446TORSIONAL
21B918X-RAY DIFFRACTION7.446TORSIONAL
22D918X-RAY DIFFRACTION7.446TORSIONAL
31F84X-RAY DIFFRACTION7.446TORSIONAL
32G84X-RAY DIFFRACTION7.446TORSIONAL
41C4X-RAY DIFFRACTION7.446TORSIONAL
42A4X-RAY DIFFRACTION7.446TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.29890.35271520.29682731288391
2.2989-2.35240.32141560.29852764292093
2.3524-2.41120.31511320.29672776290891
2.4112-2.47640.30191430.28052795293893
2.4764-2.54930.2831390.2772775291492
2.5493-2.63150.31691600.27482809296993
2.6315-2.72550.32571150.26462819293494
2.7255-2.83460.27991420.25092835297793
2.8346-2.96350.32331460.24912760290694
2.9635-3.11970.24581280.21692857298594
3.1197-3.3150.23361380.21122812295094
3.315-3.57070.28181440.20122829297393
3.5707-3.92960.22751500.17022824297494
3.9296-4.49720.21610.14342841300294
4.4972-5.6620.15141310.13722874300595
5.662-34.62670.18131230.15392898302194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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