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- PDB-6vpa: Scabin (N110A) toxin from Streptomyces scabies -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vpa
タイトルScabin (N110A) toxin from Streptomyces scabies
要素Scabin
キーワードTOXIN / Transferase
機能・相同性: / : / Scabin-like / nucleotide binding / Putative secreted protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces scabiei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lyons, B. / Lidster, T. / Merrill, A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Toxins / 年: 2021
タイトル: Mapping the DNA-Binding Motif of Scabin Toxin, a Guanine Modifying Enzyme from Streptomyces scabies .
著者: Vatta, M. / Lyons, B. / Heney, K.A. / Lidster, T. / Merrill, A.R.
履歴
登録2020年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Scabin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8141
ポリマ－21,8141
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)88.370, 60.730, 37.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.430, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-333-

HOH

21A-370-

HOH

31A-415-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Scabin


分子量: 21814.145 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-200 / 変異: N110A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces scabiei (strain 87.22) (バクテリア)
株: 87.22 / 遺伝子: SCAB_27771 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9Z6T8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 14% PEG400, 0.1 M MES, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月13日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→43.59 Å / Num. obs: 31488 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 18.28 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0424 / Rpim(I) all: 0.02301 / Rrim(I) all: 0.04839 / Net I/σ(I): 20.16
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3464 / Mean I/σ(I) obs: 3.79 / Num. unique obs: 2954 / CC1/2: 0.925 / CC star: 0.98 / Rpim(I) all: 0.1989 / Rrim(I) all: 0.4019 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5DAZ

5daz


解像度: 1.5→43.588 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1715 1573 5 %
Rwork0.1439 29907 -
obs0.1453 31480 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.02 Å2 / Biso mean: 28.1323 Å2 / Biso min: 12.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→43.588 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1251 0 0 123 1374
Biso mean---37.06 -
残基数----163
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5-1.54840.20781330.164252192
1.5484-1.60380.18521420.13552710100
1.6038-1.6680.17321450.12582768100
1.668-1.74390.15641430.12262727100
1.7439-1.83580.18561420.11792705100
1.8358-1.95090.14931430.11742710100
1.9509-2.10150.15991450.12452757100
2.1015-2.31290.17021430.13322724100
2.3129-2.64760.15471450.13932745100
2.6476-3.33550.17841440.15822744100
3.3355-43.580.1781480.15842796100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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