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- PDB-6vo4: Crystal Structure Analysis of BFL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vo4
タイトルCrystal Structure Analysis of BFL1
要素Bcl-2-related protein A1
キーワードAPOPTOSIS / BFL-1/A1 / BCL-2 family / disulfide tethering / small molecule / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


channel activity / mitochondrial fusion / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of apoptotic process ...channel activity / mitochondrial fusion / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-related protein A1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 ...Bcl-2-related protein A1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-related protein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Identification of a Covalent Molecular Inhibitor of Anti-apoptotic BFL-1 by Disulfide Tethering.
著者: Harvey, E.P. / Hauseman, Z.J. / Cohen, D.T. / Rettenmaier, T.J. / Lee, S. / Huhn, A.J. / Wales, T.E. / Seo, H.S. / Luccarelli, J. / Newman, C.E. / Guerra, R.M. / Bird, G.H. / Dhe-Paganon, S. ...著者: Harvey, E.P. / Hauseman, Z.J. / Cohen, D.T. / Rettenmaier, T.J. / Lee, S. / Huhn, A.J. / Wales, T.E. / Seo, H.S. / Luccarelli, J. / Newman, C.E. / Guerra, R.M. / Bird, G.H. / Dhe-Paganon, S. / Engen, J.R. / Wells, J.A. / Walensky, L.D.
履歴
登録2020年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-related protein A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5961
ポリマ－18,5961
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomeric
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.550, 43.240, 43.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-related protein A1 / Bcl-2-like protein 5 / Bcl2-L-5 / Hemopoietic-specific early response protein / Protein BFL-1 / Protein GRS


分子量: 18596.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2A1, BCL2L5, BFL1, GRS, HBPA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16548
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5M Sodium formate, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→38.22 Å / Num. obs: 13579 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 36.743 Å2 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 43051
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.74-1.773.40.721906531.0681.9992.9
4.72-38.233.130.720906680.0240.04287.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WHH

5whh


解像度: 1.74→38.22 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 43.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2831 686 5.07 %
Rwork0.2386 --
obs0.2409 13520 91.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.55 Å2 / Biso mean: 60.0618 Å2 / Biso min: 30.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→38.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1069 0 0 20 1089
Biso mean---58.45 -
残基数----138
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.74-1.870.50861330.42672521265491
1.87-2.060.33241160.31262636275295
2.06-2.360.31821500.25082627277795
2.36-2.970.32561450.27822539268492
2.98-38.220.24531420.20442511265388
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0192-3.43121.7095.2076-1.08567.6480.09160.13920.55920.27810.1956-0.9802-1.47610.5374-0.38160.5944-0.07810.01080.2756-0.04450.4565.769512.5565-11.5575
24.06651.19833.48625.46661.12856.7246-0.14310.7389-0.7175-0.47340.44060.27780.99050.669-0.19490.7358-0.11340.02230.30190.02230.37620.34534.1026-19.7762
37.32494.7221.28723.51211.9292.7962-0.69581.7084-0.404-1.6171.3354-0.6525-1.0595-2.407-0.0291.03-0.05690.11480.94830.13810.6667-12.768719.1734-24.3573
43.5085-1.0517-1.2247.7029-4.25365.35220.14320.22690.40850.35930.64311.1054-0.5892-1.5242-0.62880.51110.08170.040.5440.05810.3895-8.396312.1952-14.9209
53.0964-0.47830.00351.6511.41394.53550.3508-0.02990.08540.1988-0.50960.4795-0.509-0.28470.09920.57180.06290.1460.3255-0.00270.3433-4.54279.9147-4.4658
68.506-3.7508-4.1868.54385.35553.84410.3879-0.06490.22580.65320.1131-0.4930.39610.2875-0.36090.8335-0.00060.00290.36920.00390.36374.2185-3.2404-7.6571
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 31 )A4 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 51 )A32 - 51
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 52 through 63 )A52 - 63
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 64 through 114 )A64 - 114
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 115 through 137 )A115 - 137
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 138 through 150 )A138 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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