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- PDB-6vmy: Structure of the B. subtilis cobalamin riboswitch -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vmy
タイトルStructure of the B. subtilis cobalamin riboswitch
要素B. subtilis cobalamin riboswitch
キーワードRNA / riboswitch / cobalamin / gene regulation
機能・相同性Adenosylcobalamin / COBALT HEXAMMINE(III) / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Chan, C.W. / Mondragon, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM058443 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118108 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008382 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of an atypical cobalamin riboswitch reveals RNA structural adaptability as basis for promiscuous ligand binding.
著者: Chan, C.W. / Mondragon, A.
履歴
登録2020年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B. subtilis cobalamin riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,05321
ポリマ－48,0531
非ポリマー3,00020
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.282, 118.282, 261.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: RNA鎖 B. subtilis cobalamin riboswitch


分子量: 48052.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
詳細 (発現宿主): RNA was produced by in vitro transcription using T7 RNA polymerase. The recombinant T7 polymerase was purified from E. coli.
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: CP046047.1
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 化合物 ChemComp-B1Z / Adenosylcobalamin / Cobamamide


分子量: 1580.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C72H101CoN18O17P / コメント: 薬剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.69 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Purified RNA was incubated at room temperature for 30 minutes in 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 50 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride, 0.5 mM adenosylcobalamin prior to crystallization ...詳細: Purified RNA was incubated at room temperature for 30 minutes in 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 50 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride, 0.5 mM adenosylcobalamin prior to crystallization in 50 mM sodium cacodylate, 15% (v/v) PEG 400, 0.2 mM cobalt hexamine, 80 mM magnesium acetate, 1 mM spermine between pH 6.0 to pH 6.5 at 14C by vapor diffusion in a hanging drop format
PH範囲: 6.0 - 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月3日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Kohzu monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.253→39.213 Å / Num. obs: 15338 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 47 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 3.28→3.46 Å / 冗長度: 54 % / Rmerge(I) obs: 4.129 / Num. unique obs: 41046 / CC1/2: 0.598 / Rpim(I) all: 0.561 / Rrim(I) all: 4.168 / % possible all: 43.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHARP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.25→39.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.731 / ESU R Free: 0.47 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 785 5.118 %
Rwork0.263 --
obs-15338 86.3 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 129.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.693 Å20.347 Å20 Å2
2--0.693 Å20 Å2
3----2.248 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→39.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3174 179 48 3401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0113776
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0191681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8071.3735974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.16533993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0135.0731374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg1.7365116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2611
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0330.0342509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02832
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1480.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2530.21257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.260
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84713.6553776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.84713.6553771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.11720.5395974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.11820.5395965
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.34 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.612 4 -
Rwork0.376 124 -
obs--9.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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