PDB-6vmh: Crystal structure of transcriptional regulator from bacteriophage 186

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vmh

タイトル

Crystal structure of transcriptional regulator from bacteriophage 186

要素

Regulatory protein CII

キーワード

GENE REGULATION / DNA binding transcriptional regulator from bacteriophage 186

機能・相同性

Bacteriophage 186, CII-like / Phage regulatory protein CII (CP76) / DNA binding / Regulatory protein CII

機能・相同性情報

生物種

Escherichia phage 186 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Truong, J.Q. / Panjikar, S. / Bruning, J.B. / Shearwin, K.E.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a transcriptional regulator from bacteriophage 186
著者: Truong, J.Q. / Pukala, T. / Panjikar, S. / Bruning, J.B. / Shearwin, K.S.

履歴

登録	2020年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vmh.cif.gz	85.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vmh.ent.gz	62.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vmh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vmh_validation.pdf.gz	252 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vmh_full_validation.pdf.gz	252 KB	表示
XML形式データ	6vmh_validation.xml.gz	939 B	表示
CIF形式データ	6vmh_validation.cif.gz	2.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/6vmh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/6vmh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vliSC 6vpeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yvt-2 5m4h-d 5nbo-2 6ms8-4 6ms8-7 4l94-d 4lwf-d 2xdl-d 5ejn-1 1jpl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Regulatory protein CII

C: Regulatory protein CII

35 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.860, 59.860, 112.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Regulatory protein CII 分子量: 17484.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage 186 (ファージ) / 遺伝子: CII, CP76 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21678
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.67 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.95 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→29.93 Å / Num. obs: 6506 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.948 / R_merge(I) obs: 0.48 / R_pim(I) all: 0.141 / R_rim(I) all: 0.501 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 80395 / Scaling rejects: 41

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.75-2.9	12.8	1.312	11988	939	0.753	0.376	1.366	2.5	100
8.7-29.93	9.7	0.228	2282	236	0.916	0.077	0.242	7.7	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless	0.5.25	データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VLI

6vli

解像度: 2.75→29.93 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.46 / 位相誤差: 21.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2653	1092	16.85 %
R_work	0.2122	5389	-
obs	0.2209	6481	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 110 Å² / B_iso mean: 33.5902 Å² / B_iso min: 13.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.75→29.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1338	0	0	64	1402
B_iso mean	-	-	-	26.69	-
残基数	-	-	-	-	167

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.75-2.88	0.3002	154	0.2761	636	790
2.88-3.03	0.3267	116	0.2616	667	783
3.03-3.22	0.3256	140	0.2344	655	795
3.22-3.46	0.2879	135	0.2354	671	806
3.46-3.81	0.2898	117	0.2004	677	794
3.81-4.36	0.2162	132	0.1798	679	811
4.36-5.49	0.2334	135	0.179	694	829
5.49-29.93	0.2258	163	0.2059	710	873

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8005	-2.0134	-0.5061	1.917	1.2079	5.6681	-0.1055	0.0895	1.3857	0.042	0.1567	-1.2712	-1.392	0.9063	0.2866	0.6297	-0.0193	-0.1062	0.4787	-0.0239	0.7513	11.1925	38.8805	18.9171
2	2.0811	-0.2428	-1.3678	1.7238	-0.0962	1.7202	-0.0686	0.6986	-0.0778	-0.2695	0.1537	0.3528	-0.1597	-0.4426	-0.0223	0.0666	-0.0001	-0.0144	0.2688	-0.031	0.2181	-0.3359	25.2511	6.0489
3	1.6807	0.9656	-0.6637	2.1838	1.0103	2.5728	-0.126	0.061	-0.0196	0.0262	0.3071	-0.3245	0.2205	0.4012	0.042	0.0997	0.0014	0.0746	0.388	-0.0638	0.188	12.4025	23.3454	12.0538
4	4.417	0.0285	-1.5611	3.5595	0.2086	1.8653	0.2549	0.0739	-0.8894	-0.5469	0.205	-0.8492	0.7041	0.6076	0.1039	0.5344	-0.0558	-0.0269	0.7439	0.109	1.3359	13.5777	12.0375	17.1555
5	3.87	-1.5661	2.6708	4.7471	2.2875	4.5906	-0.038	-1.2574	-0.2816	0.6256	0.267	-0.106	0.388	0.0579	-0.1142	0.1084	-0.0526	-0.0635	0.5449	0.1081	0.2848	10.2147	19.1743	30.3723
6	3.2771	0.6506	-0.3991	4.6954	1.0477	2.648	0.3773	-0.4756	0.1767	0.6988	-0.1359	0.3583	0.0484	0.1403	-0.1015	0.2124	-0.0833	-0.0224	0.3766	0.0187	0.2513	0.2211	24.7921	31.5017
7	0.5112	-0.2542	-0.181	1.0213	-0.2829	0.217	-0.0738	-0.343	0.4199	0.1913	-0.1368	-0.1729	-0.1623	0.2059	0.0467	-0.0363	-0.0308	-0.128	0.4153	0.0059	0.193	6.2653	31.9247	24.5893
8	5.0731	-0.4874	-0.136	1.011	1.1346	3.4566	-0.2101	-0.2875	0.2756	-0.063	-0.0999	0.2848	-0.1128	0.0994	-0.2592	0.0407	-0.072	0.0067	0.4659	0.0924	0.3951	13.5214	23.8369	22.9975
9	8.5104	0.1244	-0.616	4.8916	1.752	7.9136	-0.1663	0.1755	0.8574	-0.3215	0.2899	0.0126	-0.5972	0.0931	-0.0178	0.0705	-0.0591	-0.0168	0.3466	-0.1583	0.4968	20.3505	29.8517	17.9911

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 23 through 30 )	B	23 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 31 through 72 )	B	31 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 73 through 106 )	B	73 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 24 through 30 )	C	24 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 31 through 42 )	C	31 - 42
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 43 through 72 )	C	43 - 72
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 73 through 83 )	C	73 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 84 through 96 )	C	84 - 96
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 97 through 106 )	C	97 - 106

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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