PDB-6vli: Crystal structure of transcriptional regulator from bacteriophage 186

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vli

タイトル

Crystal structure of transcriptional regulator from bacteriophage 186

要素

Regulatory protein CII

キーワード

GENE REGULATION / DNA binding transcriptional regulator from bacteriophage 186

機能・相同性

Bacteriophage 186, CII-like / Phage regulatory protein CII (CP76) / DNA binding / ACETATE ION / ACETIC ACID / SUCCINIC ACID / Regulatory protein CII

機能・相同性情報

生物種

Escherichia phage 186 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.10002092231 Å

データ登録者

Truong, J.Q. / Panjikar, S. / Bruning, J.B. / Shearwin, K.E.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a transcriptional regulator from bacteriophage 186
著者: Truong, J.Q. / Pukala, T. / Panjikar, S. / Bruning, J.B. / Shearwin, K.S.

履歴

登録	2020年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vli.cif.gz	300 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vli.ent.gz	204 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vli.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vli_validation.pdf.gz	497.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vli_full_validation.pdf.gz	502.3 KB	表示
XML形式データ	6vli_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	6vli_validation.cif.gz	36 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/6vli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/6vli	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vmhC 6vpeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4we3-1 5w94-2 4hfm-d 2dm6-d 5h83-d 2azq-1 1u75-d 4j6f-d 1dlm-d 3ajx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Regulatory protein CII

B: Regulatory protein CII

C: Regulatory protein CII

D: Regulatory protein CII

ヘテロ分子

74.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.470, 53.510, 106.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.880, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Regulatory protein CII 分子量: 18507.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage 186 (ファージ) / 遺伝子: CII, CP76 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21678
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 8% Tascimate pH 8.0, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→54.4725150599 Å / Num. obs: 35935 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 26.5184551105 Å² / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.248 / R_pim(I) all: 0.105 / R_rim(I) all: 0.27 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.492 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2958 / CC_1/2: 0.528 / R_pim(I) all: 0.627 / R_rim(I) all: 1.622 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2689	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SAD model from previous experiments

解像度: 2.10002092231→54.4725150599 Å / SU ML: 0.260160637355 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34757867342 / 位相誤差: 26.6603394611
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.260676728826	1995	5.55741266923 %
R_work	0.220865737157	33903	-
obs	0.223080930671	35898	99.4046465262 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.7124248631 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.10002092231→54.4725150599 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4593	0	16	287	4896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00224163584342	4703
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.482998887594	6368
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0327882603414	721
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00375172934273	837
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.2992477611	1741

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.10002092231-2.1525	0.334149224306	138	0.29497585563	2450	X-RAY DIFFRACTION	99.5001922338
2.1525-2.2107	0.343091695416	147	0.286023684205	2391	X-RAY DIFFRACTION	99.6857816182
2.2107-2.2758	0.310507626317	130	0.269707632523	2399	X-RAY DIFFRACTION	99.8026835043
2.2758-2.3493	0.333910756504	151	0.26108197216	2397	X-RAY DIFFRACTION	99.8041519781
2.3493-2.4332	0.306213598368	152	0.2635475995	2433	X-RAY DIFFRACTION	99.5379283789
2.4332-2.5306	0.2474631464	125	0.246596343835	2408	X-RAY DIFFRACTION	99.606763665
2.5306-2.6458	0.266658520733	164	0.240880010102	2410	X-RAY DIFFRACTION	99.844840962
2.6458-2.7853	0.273168263511	130	0.2350893444	2430	X-RAY DIFFRACTION	99.8050682261
2.7853-2.9598	0.297774385815	143	0.240078370575	2416	X-RAY DIFFRACTION	99.7272018706
2.9598-3.1883	0.230521130244	135	0.22136018448	2404	X-RAY DIFFRACTION	99.6467817896
3.1883-3.5091	0.260201464491	153	0.21212300355	2443	X-RAY DIFFRACTION	99.5017247988
3.5091-4.0167	0.254937335768	143	0.189193358531	2412	X-RAY DIFFRACTION	98.9159891599
4.0167-5.0601	0.190361092205	136	0.178427197486	2432	X-RAY DIFFRACTION	98.5796545106
5.0601-54.4725150599	0.251052073158	148	0.199058400814	2478	X-RAY DIFFRACTION	97.875512486

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.59096806492	5.93480742979	3.86720283102	5.65936372519	3.95816463716	3.32803519492	0.483488787635	0.622691078139	1.47157835256	0.261755388991	-0.670197457996	0.772430365791	0.784729349291	-0.854507215762	0.207930827045	0.664108624935	0.296766819479	0.182895661913	0.886453935016	0.00862356379807	0.439062162925	8.7287042244	-15.9871996268	99.137049681
2	3.83559498736	-0.881509434531	-2.02304408189	3.54295992729	-1.02231338902	3.02353682633	-0.139278413821	-0.165422284725	-0.851268747421	0.0491286716518	0.0412496870347	0.317666570488	0.00177198087501	0.0288575846057	0.140413201191	0.194700937878	-0.0145729653767	-0.00482505848725	0.0984949644006	-0.0196539438315	0.230950999357	-9.59640929207	-5.24389571345	103.189782199
3	7.52257585546	1.21795618117	0.395521918318	6.64653944095	-4.74523898264	4.37684718974	-0.10613682132	-0.361983109387	0.392066206932	0.166656152643	0.606516153872	0.871422870608	-0.137110337619	-0.83816323902	-0.4263297451	0.238245877145	0.0912717103174	0.0120769186298	0.281528876505	-0.000799301070925	0.294134923254	-26.6648981329	7.91087555343	105.0218626
4	6.58836730196	-3.15657742511	-2.48928199437	5.7551156816	3.33134765059	4.69932372204	0.0242018684125	0.153620600551	-0.401830614892	-0.637900266024	0.066167965777	1.68912148617	0.329732082303	-1.82562022506	0.123216443167	0.190419270032	0.0156850862144	-0.0297649670047	0.421964801693	0.0318820931462	0.385934306593	-25.9517519188	2.64740365653	97.1115112937
5	1.93994054037	0.0763468991671	0.0992167505782	7.25131166156	-1.76368095412	5.23308629966	-0.474282510967	0.371797131562	-0.00362217708986	-0.687930830239	0.361080026761	-0.661649740128	0.880691731285	-0.920941540474	0.224662213358	0.28236926188	-0.114942716554	0.0561815237878	0.274155698749	0.0106313623451	0.234989137494	-19.3234239065	-2.81433194269	94.9717120514
6	2.31759000749	1.84018962814	1.08664796688	1.02069490614	0.45736190112	2.67794174804	-0.0903730254478	0.026850178635	0.383111670396	0.116995676736	-0.0770156349035	0.242397102633	-0.0492044638793	-0.111986491105	0.147932731494	0.12503830316	0.0240200318838	0.0176007339081	0.07537103231	0.0163352169231	0.146415839551	-8.59424416789	7.82383916307	106.650020022
7	7.63620779785	6.43673573136	-0.309490368674	5.4821640158	-0.199539998035	3.62868805815	0.280055900193	-0.446232643265	0.46789445023	0.487613171005	-0.278085345058	0.325264856759	-0.00614397620293	-0.31614634202	0.0731456971085	0.211156982004	0.0248665788684	0.0468536570036	0.296337544839	-0.043768346743	0.189465284959	-5.6303195654	3.33545847766	124.915056307
8	0.972860059927	-0.521557605425	1.81900167332	0.275523755265	-0.92647430357	9.80055548896	-0.0530122046084	-1.66116281922	0.417565849604	0.505266104576	-0.0510318998018	0.614950177464	1.25394429983	-3.17402614605	0.0488750377413	0.901579525139	-0.366146831845	-0.144715647831	1.32373491739	0.127041157692	0.477492283465	-15.9702001846	-13.9964881696	120.893320635
9	4.35705023813	4.06146908241	2.2655904358	6.38663396025	2.13045352316	4.16101523631	0.088301324967	-0.217048434441	0.553581501112	-0.0446599856535	-0.184808729474	0.843665063262	0.0216508404149	-0.243797309968	0.166250244395	0.198171176992	0.0499699165852	0.0223586306249	0.19852323036	-0.0110415772819	0.195751119338	-4.3722198392	3.75014863052	117.200744072
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1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 42 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 43 through 52 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 53 through 62 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 63 through 72 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 73 through 111 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 112 through 131 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 132 through 137 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 138 through 165 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 13 through 17 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 18 through 22 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 23 through 30 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 31 through 42 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 43 through 52 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 53 through 62 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 63 through 83 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 84 through 108 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 109 through 131 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 132 through 137 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 138 through 163 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 21 through 30 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 31 through 42 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 43 through 51 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 52 through 83 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 84 through 111 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 112 through 128 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 129 through 138 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 139 through 164 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 20 through 96 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 97 through 130 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 131 through 164 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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