PDB-6vpe: Crystal structure of transcriptional regulator from bacteriophage 186

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vpe

タイトル

Crystal structure of transcriptional regulator from bacteriophage 186

要素

Regulatory protein CII

キーワード

GENE REGULATION / DNA binding transcriptional regulator from bacteriophage 186

機能・相同性

Bacteriophage 186, CII-like / Phage regulatory protein CII (CP76) / DNA binding / IODIDE ION / Regulatory protein CII

機能・相同性情報

生物種

Escherichia phage 186 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.211 Å

データ登録者

Truong, J.Q. / Panjikar, S. / Bruning, J.B. / Shearwin, K.E.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a transcriptional regulator from bacteriophage 186
著者: Truong, J.Q. / Pukala, T. / Panjikar, S. / Bruning, J.B. / Shearwin, K.S.

履歴

登録	2020年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vpe.cif.gz	128.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vpe.ent.gz	99.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vpe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vpe_validation.pdf.gz	252.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vpe_full_validation.pdf.gz	252.9 KB	表示
XML形式データ	6vpe_validation.xml.gz	1 KB	表示
CIF形式データ	6vpe_validation.cif.gz	4.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/6vpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/6vpe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vliSC 6vmhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5e7r-d 4nkt-2 3soc-1 4e80-2 4e8f-2 1nv3-d 1cnq-d 3rc2-d 3soc-2 2glx-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Regulatory protein CII

B: Regulatory protein CII

ヘテロ分子

37.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.860, 46.140, 38.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.420, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Regulatory protein CII 分子量: 18507.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage 186 (ファージ) / 遺伝子: CII, CP76 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21678
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.79 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris:HCl, pH 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 1.4586 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.4586 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.21→44.45 Å / Num. obs: 14298 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 26.16 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.144 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 99947 / Scaling rejects: 81

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.21-2.28	6.8	0.854	8094	1197	0.775	0.352	0.926	3.4	95.5
9.12-44.45	6.5	0.096	1502	232	0.992	0.04	0.105	21	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MR-Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VLI

6vli

解像度: 2.211→44.447 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2829	1421	9.94 %
R_work	0.2274	12875	-
obs	0.233	14296	97.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 178.34 Å² / B_iso mean: 43.2087 Å² / B_iso min: 6.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.211→44.447 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2191	0	6	143	2340
B_iso mean	-	-	64.02	36.79	-
残基数	-	-	-	-	285

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2235
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.653	3033
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	349
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	397
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.604	1379

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2111-2.2902	0.3243	139	0.2656	1256	95
2.2902-2.3819	0.3579	138	0.262	1249	97
2.3819-2.4903	0.3197	137	0.239	1277	97
2.4903-2.6215	0.2686	148	0.2331	1249	97
2.6215-2.7858	0.2939	140	0.2411	1284	97
2.7858-3.0008	0.269	135	0.2451	1312	98
3.0008-3.3027	0.2868	139	0.2332	1282	98
3.3027-3.7804	0.2642	153	0.205	1303	98
3.7804-4.762	0.2442	146	0.1885	1305	98
4.762-44.447	0.3077	146	0.2455	1358	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2111	-2.5533	-0.0427	8.0593	-2.4527	4.4293	-0.1241	-0.4071	0.3085	0.1975	0.2968	-0.1312	-0.5077	-0.008	-0.1091	0.2771	-0.0327	0.0406	0.163	-0.0579	0.1907	34.2914	33.5668	5.8865
2	3.2389	-0.9596	-0.4629	1.125	-1.111	1.5392	-0.2315	-0.1446	0.015	0.0806	0.1199	-0.0887	0.1329	0.0866	0.0463	0.2515	-0.0011	0.0615	0.1143	-0.0385	0.1725	41.305	22.8163	5.4115
3	3.3067	0.4214	0.1459	2.9491	-0.4185	2.1105	-0.0585	0.0703	-0.7984	-0.2185	0.6519	0.3021	0.5701	-0.122	-0.0747	0.3963	0.062	0.0981	0.324	0.1518	0.3297	18.9808	16.7994	7.4854
4	0.7642	-2.0684	-0.758	8.8422	3.9495	4.4622	0.3819	-0.8029	-1.1433	0.4739	-0.9244	1.2969	0.287	-0.2911	0.1158	0.3269	-0.0262	-0.0719	0.2666	0.1118	0.6046	2.264	18.4067	5.7544
5	1.732	-1.0539	-1.1583	4.2039	0.0209	0.9712	0.3119	0.2724	0.0386	-0.5326	-0.2487	0.3977	-0.2711	-0.153	0.1338	1.4568	1.1094	-0.4856	0.5245	-1.0506	1.2503	-0.914	37.5447	13.5715
6	3.4276	1.264	1.3592	5.6766	-0.7507	5.1605	0.0169	-0.6979	-1.0121	0.2651	-0.179	0.2645	0.3685	-0.5194	0.0005	0.1399	-0.0217	-0.0266	0.2693	0.0407	0.371	9.8815	18.0118	8.2228
7	7.3496	1.9996	2.6678	3.1828	3.1605	3.2816	0.1792	-0.9098	-1.0017	1.286	-0.1953	-0.0302	1.3019	-0.5104	-0.0973	0.5161	-0.0029	0.1302	0.2483	0.0241	0.3313	28.5731	10.7914	4.9124
8	3.2543	0.0973	-1.8808	2.9663	0.2567	4.2838	-0.014	0.1387	-0.1538	-0.1978	0.1294	-0.2086	0.1486	0.0969	-0.101	0.2513	-0.0038	0.0218	0.1355	-0.0291	0.1456	30.7095	24.0216	-13.1909
9	3.1844	-1.833	-0.6316	1.0012	-0.1911	1.5848	0.3487	0.2785	0.26	-0.301	-0.171	0.083	-0.2203	-0.1391	-0.1329	0.2392	0.0222	0.02	0.1596	-0.006	0.2932	14.8049	25.9576	-0.4584
10	4.7994	0.5833	0.8144	6.12	1.9043	6.0881	0.2177	0.8477	-0.5844	-0.6755	-0.0903	-0.2955	0.2898	-0.2511	-0.1528	0.2922	-0.0065	0.0329	0.3823	-0.0889	0.3122	12.2906	19.6898	-2.7086

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 42 )	A	23 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 96 )	A	43 - 96
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 97 through 111 )	A	97 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 112 through 131 )	A	112 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 132 through 137 )	A	132 - 137
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 138 through 165 )	A	138 - 165
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 22 through 30 )	B	22 - 30
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 31 through 83 )	B	31 - 83
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 84 through 130 )	B	84 - 130
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 131 through 163 )	B	131 - 163

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