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- PDB-6vkl: Negative stain reconstruction of the yeast exocyst octameric complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vkl
タイトルNegative stain reconstruction of the yeast exocyst octameric complex.
要素(Exocyst complex component ...) x 8
キーワードEXOCYTOSIS / EXOCYST / COILED-COIL
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle tethering involved in exocytosis / exocyst assembly / exocyst localization / negative regulation of SNARE complex assembly / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / prospore membrane / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip ...vesicle tethering involved in exocytosis / exocyst assembly / exocyst localization / negative regulation of SNARE complex assembly / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / prospore membrane / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis / spliceosomal complex assembly / exocytosis / Rho protein signal transduction / transport vesicle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / SNARE binding / cell periphery / intracellular protein transport / small GTPase binding / protein localization / protein transport / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exocyst complex component EXOC6/Sec15 / Exocyst complex component Sec10-like / Exocyst complex component EXOC6/Sec15, C-terminal, domain 1 / Exocyst complex subunit Sec15, C-terminal / : / : / : / Exocyst complex subunit Sec15 C-terminal / Exocyst complex component Sec10-like, alpha-helical bundle / Exocyst complex component EXOC6/Sec15, N-terminal ...Exocyst complex component EXOC6/Sec15 / Exocyst complex component Sec10-like / Exocyst complex component EXOC6/Sec15, C-terminal, domain 1 / Exocyst complex subunit Sec15, C-terminal / : / : / : / Exocyst complex subunit Sec15 C-terminal / Exocyst complex component Sec10-like, alpha-helical bundle / Exocyst complex component EXOC6/Sec15, N-terminal / Exocyst complex component Sec10, N-terminal / Exocyst complex component Sec8, N-terminal / Exocyst complex component EXOC3/Sec6 / Exocyst complex component EXOC2/Sec5 / Exocyst complex component EXOC2/Sec5, N-terminal domain / Exocyst complex component Sec8/EXOC4 / Exocyst complex component EXOC3/Sec6, C-terminal domain / : / Exocyst complex component Sec8 N-terminal / Exocyst complex component Sec6 / Exocyst complex component Sec5 / Exocyst complex component Sec8 C-terminal / Exocyst component Exo84, C-terminal / Exocyst complex component Exo84 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 2 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 1 / Exocyst component 84 C-terminal / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component Sec3, PIP2-binding N-terminal domain / : / Exocyst complex component Sec3, coiled-coil / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Exocyst complex component Exo70 / EXOC6/PINT-1/Sec15/Tip20, C-terminal, domain 2 / Exocyst complex subunit Exo70, C-terminal / Exo70 exocyst complex subunit C-terminal / Vps51/EXO84/COG1 N-terminal / Exocyst complex component Exo70 N-terminal / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Exocyst complex component EXO70 / Exocyst complex component SEC15 / Exocyst complex component SEC6 / Exocyst complex component SEC8 / Exocyst complex component SEC3 / Exocyst complex component EXO84 / Exocyst complex component SEC5 / Exocyst complex component SEC10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15 Å
データ登録者Frost, A. / Munson, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2R01GM068803 米国
引用
ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2020
タイトル: Exocyst structural changes associated with activation of tethering downstream of Rho/Cdc42 GTPases.
著者: Guendalina Rossi / Dante Lepore / Lillian Kenner / Alexander B Czuchra / Melissa Plooster / Adam Frost / Mary Munson / Patrick Brennwald /
要旨: The exocyst complex plays a critical role in determining both temporal and spatial dynamics of exocytic vesicle tethering and fusion with the plasma membrane. However, the mechanism by which the ...The exocyst complex plays a critical role in determining both temporal and spatial dynamics of exocytic vesicle tethering and fusion with the plasma membrane. However, the mechanism by which the exocyst functions and how it is regulated remain poorly understood. Here we describe a novel biochemical assay for the examination of exocyst function in vesicle tethering. Importantly, the assay is stimulated by gain-of-function mutations in the Exo70 component of the exocyst, selected for their ability to bypass Rho/Cdc42 activation in vivo. Single-particle electron microscopy and 3D reconstructions of negatively stained exocyst complexes reveal a structural change in the mutant exocyst that exposes a binding site for the v-SNARE. We demonstrate a v-SNARE requirement in our tethering assay and increased v-SNARE binding to exocyst gain-of-function complexes. Together, these data suggest an allosteric mechanism for activation involving a conformational change in one subunit of the complex, which is relayed through the complex to regulate its biochemical activity in vitro, as well as overall function in vivo.
#1: ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the exocyst complex.
著者: Kunrong Mei / Yan Li / Shaoxiao Wang / Guangcan Shao / Jia Wang / Yuehe Ding / Guangzuo Luo / Peng Yue / Jun-Jie Liu / Xinquan Wang / Meng-Qiu Dong / Hong-Wei Wang / Wei Guo /
要旨: The exocyst is an evolutionarily conserved octameric protein complex that mediates the tethering of post-Golgi secretory vesicles to the plasma membrane during exocytosis and is implicated in many ...The exocyst is an evolutionarily conserved octameric protein complex that mediates the tethering of post-Golgi secretory vesicles to the plasma membrane during exocytosis and is implicated in many cellular processes such as cell polarization, cytokinesis, ciliogenesis and tumor invasion. Using cryo-EM and chemical cross-linking MS (CXMS), we solved the structure of the Saccharomyces cerevisiae exocyst complex at an average resolution of 4.4 Å. Our model revealed the architecture of the exocyst and led to the identification of the helical bundles that mediate the assembly of the complex at its core. Sequence analysis suggests that these regions are evolutionarily conserved across eukaryotic systems. Additional cell biological data suggest a mechanism for exocyst assembly that leads to vesicle tethering at the plasma membrane.
#2: ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Subunit connectivity, assembly determinants and architecture of the yeast exocyst complex.
著者: Margaret R Heider / Mingyu Gu / Caroline M Duffy / Anne M Mirza / Laura L Marcotte / Alexandra C Walls / Nicholas Farrall / Zhanna Hakhverdyan / Mark C Field / Michael P Rout / Adam Frost / Mary Munson /
要旨: The exocyst is a hetero-octameric complex that has been proposed to serve as the tethering complex for exocytosis, although it remains poorly understood at the molecular level. Here, we purified ...The exocyst is a hetero-octameric complex that has been proposed to serve as the tethering complex for exocytosis, although it remains poorly understood at the molecular level. Here, we purified endogenous exocyst complexes from Saccharomyces cerevisiae and showed that they are stable and consist of all eight subunits with equal stoichiometry. Using a combination of biochemical and auxin induced-degradation experiments in yeast, we mapped the subunit connectivity, identified two stable four-subunit modules within the octamer and demonstrated that several known exocyst-binding partners are not necessary for exocyst assembly and stability. Furthermore, we visualized the structure of the yeast complex by using negative-stain electron microscopy; our results indicate that the exocyst exists predominantly as a stable, octameric complex with an elongated architecture that suggests that the subunits are contiguous helical bundles packed together into a bundle of long rods.
履歴
登録2020年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_single_particle_entity / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_single_particle_entity.point_symmetry / _refine.ls_d_res_high

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21226
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exocyst complex component SEC3
B: Exocyst complex component SEC5
C: Exocyst complex component SEC6
D: Exocyst complex component SEC8
E: Exocyst complex component SEC10
F: Exocyst complex component SEC15
G: Exocyst complex component EXO70
H: Exocyst complex component EXO84


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)845,6918
ポリマ－845,6918
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation, assay for oligomerization, microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Exocyst complex component ... , 8種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質 Exocyst complex component SEC3 / Protein PSL1


分子量: 154889.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33332
#2: タンパク質 Exocyst complex component SEC5


分子量: 112236.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P89102
#3: タンパク質 Exocyst complex component SEC6


分子量: 93539.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32844
#4: タンパク質 Exocyst complex component SEC8


分子量: 122367.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32855
#5: タンパク質 Exocyst complex component SEC10


分子量: 100459.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06245
#6: タンパク質 Exocyst complex component SEC15


分子量: 105166.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22224
#7: タンパク質 Exocyst complex component EXO70 / Exocyst complex protein of 70 kDa


分子量: 71382.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P19658
#8: タンパク質 Exocyst complex component EXO84 / Exocyst complex protein of 84 kDa / U1 SNP1-associating protein 3


分子量: 85649.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38261

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NEGATIVE STAIN MAP OF THE YEAST EXOCYST COMPLEX / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Acetate
試料支持詳細: unspecified

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 6466

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解析

EMソフトウェア名称: UCSF Chimera / カテゴリ: モデルフィッティング
画像処理
IDImage recording-ID
11
21
CTF補正
IDEM image processing-IDタイプ
11PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
22PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性
IDImage processing-IDEntry-ID点対称性
116VKLC1 (非対称)
226VKLC1 (非対称)
3次元再構成

アルゴリズム: FOURIER SPACE / Entry-ID: 6VKL / クラス平均像の数: 1 / 粒子像の数: 67509 / 解像度: 15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 対称性のタイプ: POINT

IDImage processing-ID
11
22
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5YFP

5yfp


Accession code: 5YFP / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 15 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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