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- PDB-6vk5: Crystal Structure of Methylosinus trichosporium OB3b Soluble Meth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vk5
タイトルCrystal Structure of Methylosinus trichosporium OB3b Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase and Regulatory Component Complex
要素
  • (Methane monooxygenase ...) x 2
  • (Methane monooxygenase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Methane Monooxygenase Hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / methane metabolic process / methane monooxygenase (soluble) / : / : / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / : / monooxygenase activity / one-carbon metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase ...Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / : / Methane monooxygenase / Methane monooxygenase regulatory protein B / Methane monooxygenase component A alpha chain / Methane monooxygenase / Methane monooxygenase component A alpha chain / Methane monooxygenase regulatory protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Jones, J.C. / Banerjee, R. / Shi, K. / Aihara, H. / Lipscomb, J.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118030, GM08347 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118000, GM118047 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Studies of theMethylosinus trichosporiumOB3b Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase and Regulatory Component Complex Reveal a Transient Substrate Tunnel.
著者: Jones, J.C. / Banerjee, R. / Shi, K. / Aihara, H. / Lipscomb, J.D.
履歴
登録2020年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methane monooxygenase component A alpha chain
B: Methane monooxygenase
C: Methane monooxygenase
D: Methane monooxygenase regulatory protein B
E: Methane monooxygenase component A alpha chain
F: Methane monooxygenase
G: Methane monooxygenase
H: Methane monooxygenase regulatory protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,70145
ポリマ－279,3368
非ポリマー2,36537
水25,4731414
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area62070 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area66120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.615, 105.459, 299.421
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPGLYGLY(chain 'A' and (resid 12 through 315 or resid 317 through 526 or resid 801 through 802))AA12 - 31412 - 314
121TRPTRPPHEPHE(chain 'A' and (resid 12 through 315 or resid 317 through 526 or resid 801 through 802))AA317 - 526317 - 526
211ASPASPGLYGLY(chain 'E' and (resid 12 through 315 or resid 317 through 526 or resid 801 through 802))EE12 - 31412 - 314
221TRPTRPPHEPHE(chain 'E' and (resid 12 through 315 or resid 317 through 526 or resid 801 through 802))EE317 - 526317 - 526
112PROPROASPASP(chain 'B' and (resid 4 through 212 or resid 214 through 320 or resid 322 through 395))BB4 - 2114 - 211
122THRTHRLEULEU(chain 'B' and (resid 4 through 212 or resid 214 through 320 or resid 322 through 395))BB214 - 320214 - 320
132ALAALAASNASN(chain 'B' and (resid 4 through 212 or resid 214 through 320 or resid 322 through 395))BB322 - 395322 - 395
212PROPROASPASP(chain 'F' and (resid 4 through 212 or resid 214 through 320 or resid 322 through 395))FF4 - 2114 - 211
222THRTHRLEULEU(chain 'F' and (resid 4 through 212 or resid 214 through 320 or resid 322 through 395))FF214 - 320214 - 320
232ALAALAASNASN(chain 'F' and (resid 4 through 212 or resid 214 through 320 or resid 322 through 395))FF322 - 395322 - 395
113ALAALAGLNGLNchain 'C'CC2 - 1682 - 168
213ALAALAGLNGLNchain 'G'GG2 - 1682 - 168
114SERSERARGARGchain 'D'DD2 - 1332 - 133
214SERSERARGARG(chain 'H' and resid 2 through 133)HH2 - 1332 - 133

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

-
Methane monooxygenase ... , 2種, 4分子 AEDH

#1: タンパク質 Methane monooxygenase component A alpha chain


分子量: 60031.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2D2D5X0, UniProt: P27353*PLUS
#4: タンパク質 Methane monooxygenase regulatory protein B


分子量: 14896.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2D2D0T8, UniProt: P27356*PLUS

-
タンパク質 , 2種, 4分子 BFCG

#2: タンパク質 Methane monooxygenase


分子量: 45295.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2D2D5X7
#3: タンパク質 Methane monooxygenase


分子量: 19444.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2D2D0T0

-
非ポリマー , 5種, 1451分子

#5: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tacsimate, 20% w/v PEG3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→105.46 Å / Num. obs: 271196 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 28.14 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / Num. unique obs: 13328 / Rpim(I) all: 0.816 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PHENIXdata processing
PHENIXデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MHY, 2MOB

1mhy

2mob


解像度: 1.86→73.54 Å / SU ML: 0.204 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.002
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1931 13530 4.99 %
Rwork0.1699 --
obs0.1711 270925 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→73.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19486 0 143 1414 21043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007320149
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.856727299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05022860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00583521
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.07117225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.880.31734130.30438504X-RAY DIFFRACTION99.15
1.88-1.90.31844450.29438436X-RAY DIFFRACTION99.31
1.9-1.930.30224780.29128422X-RAY DIFFRACTION99.32
1.93-1.950.28944580.27368513X-RAY DIFFRACTION99.66
1.95-1.980.284710.25358462X-RAY DIFFRACTION99.68
1.98-20.28124580.24918482X-RAY DIFFRACTION99.72
2-2.030.25794370.23548553X-RAY DIFFRACTION99.76
2.03-2.060.24464280.23338547X-RAY DIFFRACTION99.72
2.06-2.090.25754620.2318480X-RAY DIFFRACTION99.29
2.09-2.130.2394590.21648471X-RAY DIFFRACTION99.6
2.13-2.170.22535030.20228487X-RAY DIFFRACTION99.79
2.17-2.210.23264360.19368535X-RAY DIFFRACTION99.84
2.21-2.250.21794290.1858597X-RAY DIFFRACTION99.83
2.25-2.290.2294310.1888571X-RAY DIFFRACTION99.81
2.29-2.340.19474660.17118531X-RAY DIFFRACTION99.84
2.34-2.40.19544440.16038561X-RAY DIFFRACTION99.84
2.4-2.460.19094790.16288550X-RAY DIFFRACTION99.82
2.46-2.520.18874630.16038514X-RAY DIFFRACTION99.87
2.52-2.60.18894630.15938548X-RAY DIFFRACTION99.87
2.6-2.680.18244210.16078651X-RAY DIFFRACTION99.85
2.68-2.780.18834340.16518659X-RAY DIFFRACTION99.82
2.78-2.890.19254420.16048546X-RAY DIFFRACTION99.84
2.89-3.020.20114000.16728615X-RAY DIFFRACTION99.08
3.02-3.180.19964900.17028557X-RAY DIFFRACTION99.55
3.18-3.380.20654620.17278601X-RAY DIFFRACTION99.79
3.38-3.640.19444350.1638702X-RAY DIFFRACTION99.83
3.64-4.010.15724490.14248677X-RAY DIFFRACTION99.71
4.01-4.590.13264860.12798715X-RAY DIFFRACTION99.6
4.59-5.780.13714760.12738742X-RAY DIFFRACTION99.41
5.78-73.540.18454120.16049166X-RAY DIFFRACTION99.48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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