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- PDB-6vjv: Crystal structure of the Prochlorococcus phage (myovirus P-SSM2) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vjv
タイトルCrystal structure of the Prochlorococcus phage (myovirus P-SSM2) ferredoxin at 1.6 Angstroms
要素Ferredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Iron Sulfur Cluster Binding / myovirus P-SSM2 / Prochlorococcus phage / ferredoxin / 2 Iron 2 Sulfur
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Prochlorococcus phage P-SSM2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Olmos Jr., J.L. / Campbell, I.J. / Miller, M.D. / Xu, W. / Kahanda, D. / Atkinson, J.T. / Sparks, N. / Bennett, G.N. / Silberg, J.J. / Phillips Jr., G.N.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0014462 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
National Aeronautic Space Administration (NASA, United States)80NSSC18M0093 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Prochlorococcusphage ferredoxin: structural characterization and electron transfer to cyanobacterial sulfite reductases.
著者: Campbell, I.J. / Olmos Jr., J.L. / Xu, W. / Kahanda, D. / Atkinson, J.T. / Sparks, O.N. / Miller, M.D. / Phillips Jr., G.N. / Bennett, G.N. / Silberg, J.J.
履歴
登録2020年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年8月12日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin
B: Ferredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,26622
ポリマ－20,7632
非ポリマー1,50420
水3,783210
1
A: Ferredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,13311
ポリマ－10,3811
非ポリマー75210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ferredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,13311
ポリマ－10,3811
非ポリマー75210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.619, 31.446, 61.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.480, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin


分子量: 10381.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prochlorococcus phage P-SSM2 (ファージ)
遺伝子: PCMG_00283, PSSM2_281 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58M74
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 10% (w/v) PEG 3000, 200 mM zinc acetate, and 100 mM sodium acetate/acetic acid pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo-stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月7日 / 詳細: Adjustable focus K-B pair
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.589→52.57 Å / Num. obs: 27020 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.589-1.6175.11.881111780.3190.9142.10786.1
4.314-52.576.30.06321.514570.9950.0270.06999.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSJan 26, 2018データ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H57

5h57


解像度: 1.59→39.06 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.12
詳細: In chain B, the iron-sulfur cluster site was disrupted. The density surrounding the cluster in chain B is consistent with a mixture of zinc bound and an intact 2Fe-2S cluster. To account for ...詳細: In chain B, the iron-sulfur cluster site was disrupted. The density surrounding the cluster in chain B is consistent with a mixture of zinc bound and an intact 2Fe-2S cluster. To account for the poor density and the anomalous data, chain B has been modeled as a grouped occupancy, where the model is partially comprised of intact cysteine-coordinated iron-sulfur cluster, and a zinc ion with a hydration shell.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2134 1244 4.61 %
Rwork0.1783 --
obs0.1799 26984 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.9 Å2 / Biso mean: 33.7873 Å2 / Biso min: 11.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.59→39.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1440 0 51 212 1703
Biso mean--39.87 40.94 -
残基数----192
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.59-1.650.32961330.2882592272590
1.65-1.730.23661160.24192829294599
1.73-1.820.26491360.20342866300299
1.82-1.930.22981460.18012848299499
1.93-2.080.21711720.17472858303099
2.08-2.290.19721270.156128923019100
2.29-2.620.22211290.162629233052100
2.62-3.310.19381580.171628973055100
3.31-39.060.20261270.175230353162100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.92671.2087-4.32394.2066-2.13945.45580.049-0.31240.1666-0.01110.1754-0.3702-0.03460.4697-0.16920.1272-0.0092-0.00430.1223-0.04990.14822.48811.26535.0069
26.7668-3.808-6.42912.04343.56997.43-0.4503-0.3007-0.39620.1210.2034-0.04170.60140.17530.28160.14790.0065-0.00310.12070.02930.132418.20917.62939.8792
35.7348-1.61150.40834.6415-0.18884.9729-0.0171-0.0087-0.1723-0.03320.08870.0059-0.1481-0.0604-0.02250.19730.00050.00780.105-0.00970.178219.38894.221-1.3942
46.2882.97541.11886.80853.95616.53250.00210.2879-0.1798-0.0038-0.17170.22180.1193-0.38190.14880.16110.02030.00730.13080.01570.14169.03289.8916-0.9273
56.0046-0.59610.71252.67740.23113.52920.2950.75220.1119-0.2863-0.2744-0.155-0.1205-0.1205-0.04950.22590.04790.02920.17640.04910.145112.679116.0485-7.1379
66.3513-0.10792.86617.5818-0.71456.70410.00480.02630.77440.07030.0146-0.0698-0.6348-0.19490.00180.20530.02710.0460.17440.04830.24158.896520.5213-2.3519
75.7689-0.5293-0.25931.0790.14392.0321-0.001-0.02420.1634-0.06810.0016-0.0944-0.0817-0.0202-0.0090.18180.00560.01510.0840.00740.156616.707912.48621.1712
83.425-4.14090.78255.0716-1.03592.50860.05880.198-0.115-0.2629-0.22750.4514-0.1983-0.87470.32450.20620.0523-0.00130.2278-0.0210.25191.559216.3733.5851
93.25971.95693.70483.38772.73826.39770.2848-0.89470.09540.4854-0.36350.27190.3578-1.3339-0.04410.3168-0.06510.02320.48830.0220.19912.459714.544329.4778
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 8 )A2 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 9 through 19 )A9 - 19
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 20 through 36 )A20 - 36
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 37 through 54 )A37 - 54
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 55 through 66 )A55 - 66
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 67 through 76 )A67 - 76
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 77 through 92 )A77 - 92
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 93 through 97 )A93 - 97
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 97 )B2 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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