PDB-6vij: Crystal structure of mouse RABL3 in complex with GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vij

タイトル

Crystal structure of mouse RABL3 in complex with GDP

要素

Rab-like protein 3

キーワード

IMMUNE SYSTEM / small GTPase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein lipidation / regulation of Ras protein signal transduction / natural killer cell differentiation / B cell differentiation / T cell differentiation in thymus / protein stabilization / GTP binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Su, L. / Tomchick, D.R. / Beutler, B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Genetic and structural studies of RABL3 reveal an essential role in lymphoid development and function.
著者: Zhong, X. / Su, L. / Yang, Y. / Nair-Gill, E. / Tang, M. / Anderton, P. / Li, X. / Wang, J. / Zhan, X. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Moresco, E.M.Y. / Choi, J.H. / Beutler, B.

履歴

登録	2020年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vij.cif.gz	175.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vij.ent.gz	135.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vij.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/6vij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/6vij	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vihC 6viiC 6vikC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sm8-d 4dte-1 2fyd-1 4gyo-2 5om6-1 1e04-1 3nyc-d 6p3q-1 3lx6-2 1uhg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Rab-like protein 3

A: Rab-like protein 3

ヘテロ分子

56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.910, 78.203, 118.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	(chain B and (resid 6 through 209 or resid 301 through 302))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	GDP	GDP	chain A	A	B - F	6 - 302	35
2	1	ARG	ARG	PHE	PHE	(chain B and (resid 6 through 209 or resid 301 through 302))	B	A	6 - 209	35 - 238
2	2	MG	MG	GDP	GDP	(chain B and (resid 6 through 209 or resid 301 through 302))	B	C - D	301 - 302

#1: タンパク質	Rab-like protein 3 分子量: 27726.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rabl3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D4V7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 12% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 1.007 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.007 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.947→50 Å / Num. obs: 37652 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 17.8 % / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 0.952 / Net I/σ(I): 6.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.95-1.98	15.8	2.132	1827	0.665	0.541	2.201	0.959	99.3
1.98-2.02	16.6	1.661	1862	0.785	0.413	1.713	0.952	99.5
2.02-2.06	17.2	1.428	1854	0.844	0.35	1.471	0.966	99.5
2.06-2.1	17.8	1.223	1857	0.873	0.296	1.259	1.037	99.2
2.1-2.15	18.1	0.941	1853	0.934	0.225	0.968	0.973	98.9
2.15-2.2	18	0.764	1855	0.951	0.183	0.786	0.953	99.4
2.2-2.25	17.7	0.595	1876	0.968	0.144	0.613	1.026	99.2
2.25-2.31	16.9	0.458	1872	0.979	0.113	0.472	1.008	98.8
2.31-2.38	17.3	0.395	1857	0.984	0.097	0.407	0.989	98.8
2.38-2.46	18.8	0.329	1882	0.991	0.077	0.338	0.975	99.8
2.46-2.54	18.7	0.27	1856	0.992	0.064	0.278	0.988	99.3
2.54-2.65	18.7	0.218	1882	0.994	0.051	0.224	0.973	99.1
2.65-2.77	18.5	0.164	1876	0.996	0.039	0.169	0.992	99.1
2.77-2.91	18	0.12	1895	0.998	0.029	0.124	0.971	99.1
2.91-3.1	17	0.084	1846	0.998	0.021	0.087	0.989	97.5
3.1-3.33	19.1	0.066	1899	0.999	0.015	0.068	0.953	99.9
3.33-3.67	18.7	0.051	1929	0.999	0.012	0.053	0.97	99.3
3.67-4.2	18.1	0.041	1889	0.999	0.01	0.042	0.906	98.1
4.2-5.29	17.5	0.035	1940	0.999	0.009	0.036	0.795	98.5
5.29-50	17	0.029	2045	1	0.007	0.03	0.69	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→42.02 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	2000	5.74 %
R_work	0.1936	-	-
obs	0.1955	34847	91.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.87 Å² / B_iso mean: 33.184 Å² / B_iso min: 5.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→42.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2974	0	58	208	3240
B_iso mean	-	-	21.1	35.9	-
残基数	-	-	-	-	377

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1787	X-RAY DIFFRACTION	5.409	TORSIONAL
1	2	B	1787	X-RAY DIFFRACTION	5.409	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.95-1.9958	0.2389	83	0.2452	1370	54
1.9958-2.0497	0.2863	106	0.2258	1746	69
2.0497-2.11	0.272	124	0.2297	2023	80
2.11-2.1781	0.2444	136	0.2094	2245	89
2.1781-2.256	0.2558	149	0.2106	2433	97
2.256-2.3463	0.2479	151	0.2029	2477	97
2.3463-2.4531	0.2422	156	0.2021	2556	100
2.4531-2.5824	0.2486	153	0.193	2532	99
2.5824-2.7441	0.2537	154	0.2095	2527	99
2.7441-2.956	0.2222	154	0.2068	2524	99
2.956-3.2533	0.2318	155	0.1943	2551	99
3.2533-3.7239	0.228	157	0.1883	2582	99
3.7239-4.6907	0.1904	157	0.1602	2562	98
4.6907-42.02	0.1955	165	0.1826	2719	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5106	-1.2539	0.0896	3.5611	-0.8344	1.8939	-0.0055	0.1918	0.0509	0.1753	0.1707	0.5124	-0.106	-0.7253	-0.18	0.2736	0.2718	-0.0117	0.4973	0.0504	0.237	-38.7658	5.3293	-39.8935
2	5.2743	-2.768	1.6956	3.7889	-2.8178	6.0787	0.059	0.016	-0.7992	-0.2907	-0.0549	0.8027	0.5302	-0.8974	-0.4354	0.1665	-0.074	-0.0023	0.4828	-0.0527	0.2928	-40.1191	-6.3107	-31.1978
3	3.0652	-0.3879	-0.1722	3.4908	-0.3239	3.3912	-0.0802	0.3568	-0.1019	-0.0087	0.0948	-0.098	0.0984	0.0468	-0.0214	0.0679	0.002	-0.0365	0.1131	0.0088	0.0596	-14.4928	-0.4303	-18.4955
4	2.7361	-0.1204	0.4853	4.1573	-2.2404	3.3916	0.1205	1.1674	0.8286	-0.1383	-0.2727	-0.3861	-0.5645	0.3509	0.0891	0.2388	-0.0332	-0.0064	0.3405	0.072	0.2639	-10.5897	7.9607	-24.6714
5	2.5591	-2.4114	2.0386	4.1172	-3.7921	3.9447	0.0289	-0.0604	-0.1769	0.0254	-0.0833	-0.2851	0.0909	0.0668	0.1035	0.1503	0.0047	-0.009	-0.0003	0.0013	0.314	-13.0857	-8.3125	-19.948
6	2.0695	0.881	0.3496	2.3174	-0.0531	2.5303	0.0726	-0.4955	-0.1198	0.1709	-0.1589	-0.0302	-0.1853	-0.2886	0.0317	0.0916	-0.0015	-0.0199	0.1319	0.024	0.1184	-19.1895	-0.3383	-14.4007
7	6.3859	2.1517	-0.931	5.9794	0.6308	5.6177	0.0952	-0.731	0.4572	0.8628	-0.0957	0.142	-0.5475	-0.7583	0.1091	0.3478	0.1325	-0.0481	0.289	-0.0431	0.1604	-19.2302	10.1886	-4.9431
8	4.0105	-0.1731	-0.3222	3.5596	0.0212	3.4641	0.023	-0.7855	0.3854	0.8491	-0.1358	0.1967	-0.3242	-0.0747	-0.093	0.2421	-0.0798	-0.1092	0.3149	-0.0069	0.1173	-13.2707	3.397	-5.7007
9	7.0671	0.0597	1.2846	4.3005	0.795	6.0123	-0.2021	0.0678	0.3537	0.3987	0.2549	-0.6821	-0.4557	0.9178	0.1534	0.4193	-0.0148	-0.2022	0.5638	-0.0641	0.1677	-3.3544	7.6134	1.2814
10	3.9509	-1.2092	-1.2467	1.1809	0.5511	0.4436	-0.2806	-0.1412	-0.2011	0.3403	0.0105	-0.3805	-0.0162	0.2067	-0.0257	0.1174	-0.0783	-0.0622	0.2539	0.0578	0.267	-3.3843	-0.1199	-10.5319
11	5.0496	1.3523	0.2439	4.7795	0.5711	3.1293	-0.1213	-0.6382	-0.5733	0.3179	-0.1102	0.08	0.5335	-0.135	0.0373	0.1808	-0.0228	-0.0035	0.1528	0.0916	0.1715	-13.8541	-11.29	-9.3833
12	1.8529	-0.5964	-0.5183	2.8027	0.501	1.9184	-0.1149	-0.1312	0.0635	0.1645	-0.1622	-0.002	-0.3294	-0.5532	-0.0359	0.1584	0.2165	0.0424	0.1102	-0.0706	0.058	-28.4736	3.2954	-32.7421
13	4.9495	-2.7756	1.1448	5.3471	-1.9633	0.7293	0.1688	0.0711	0.8854	-0.4061	-0.4315	-0.5435	-0.96	-0.285	0.0484	0.5538	0.1808	0.0079	0.2741	-0.0258	0.2558	-24.5486	11.7366	-31.6823
14	7.2129	-0.2295	-1.1573	0.6109	0.117	0.2289	-0.0114	-0.2279	-0.1339	-0.0184	-0.0461	0.3144	0.2066	-0.468	0.006	0.0441	-0.0109	0.0179	0.3829	-0.0305	0.1524	-37.7259	-1.4547	-24.1295
15	0.3777	0.297	-0.0348	1.4511	-0.7657	1.9246	0.1399	0.4132	-0.2354	-0.5681	-0.3222	-0.603	0.6129	0.5024	-0.1248	0.3123	0.1568	0.1542	0.2955	-0.0375	0.0715	-21.0412	-3.4314	-40.4911
16	6.4069	2.202	-0.0107	5.1155	2.4233	5.0101	0.1077	1.0504	-1.8163	-0.6844	-0.1179	-0.3264	0.9447	-0.1794	0.0479	0.9528	0.0516	0.0511	0.2729	-0.1201	0.5963	-26.5585	-15.0603	-39.4808
17	1.5509	1.0845	-0.0617	2.746	-0.7415	3.1574	-0.0135	0.9921	0.0476	-1.0505	-0.0673	0.521	0.0673	-0.7675	-0.4787	0.4582	0.1631	-0.1158	0.6525	-0.0427	0.1713	-35.1643	3.1632	-50.1754

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 171 through 190 )	A	171 - 190
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 191 through 209 )	A	191 - 209
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 28 )	B	2 - 28
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 29 through 41 )	B	29 - 41
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 42 through 50 )	B	42 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 51 through 99 )	B	51 - 99
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 100 through 114 )	B	100 - 114
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 115 through 153 )	B	115 - 153
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 154 through 170 )	B	154 - 170
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 171 through 190 )	B	171 - 190
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 191 through 210 )	B	191 - 210
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 6 through 28 )	A	6 - 28
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 29 through 41 )	A	29 - 41
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 42 through 66 )	A	42 - 66
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 67 through 112 )	A	67 - 112
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 113 through 140 )	A	113 - 140
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 141 through 170 )	A	141 - 170

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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