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- PDB-6vi7: Probing extradiol dioxygenase mechanism in NAD(+) biosynthesis by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vi7
タイトルProbing extradiol dioxygenase mechanism in NAD(+) biosynthesis by viewing reaction cycle intermediates - a substrate bidentately bound structure
要素3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / In crystallo reaction / Extradiol dioxygenase / NAD+ biosynthesis / Intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase activity / anthranilate metabolic process / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / quinolinate biosynthetic process / L-tryptophan catabolic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXYANTHRANILIC ACID / : / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.617 Å
データ登録者Wang, Y. / Liu, F. / Yang, Y. / Liu, A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM108988 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R21MH107985 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1623856 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM107529 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Observing 3-hydroxyanthranilate-3,4-dioxygenase in action through a crystalline lens.
著者: Wang, Y. / Liu, K.F. / Yang, Y. / Davis, I. / Liu, A.
履歴
登録2020年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9775
ポリマ－22,5901
非ポリマー3874
水1,35175
1
A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,95510
ポリマ－45,1812
非ポリマー7748
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_775-y+2,-x+2,-z+1/61
Buried area5130 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.040, 58.040, 231.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate oxygenase / 3-HAO / 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / HAD


分子量: 22590.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus metallidurans (strain ATCC 43123 / DSM 2839 / NBRC 102507 / CH34) (バクテリア)
株: ATCC 43123 / DSM 2839 / NBRC 102507 / CH34 / 遺伝子: nbaC, Rmet_5193 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q1LCS4, 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-3HA / 3-HYDROXYANTHRANILIC ACID / 2-AMINO-3-HYDROXYBENZOIC ACID / 3-ヒドロキシアントラニル酸


分子量: 153.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M magnesium chloride, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→50 Å / Num. obs: 7721 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 25.5 % / Biso Wilson estimate: 22.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.221 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.226 / Χ2: 1.365 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 196633
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.61-2.6626.31.2243740.9840.2411.2480.756100
2.66-2.727.10.8473540.9780.1650.8631.395100
2.7-2.7627.10.8363850.9930.1630.8530.656100
2.76-2.8126.70.5993630.9930.1170.6110.698100
2.81-2.8727.10.5893750.9930.1140.60.71100
2.87-2.9426.60.6053760.9880.1190.6170.724100
2.94-3.01270.4913670.9920.0960.50.819100
3.01-3.0926.70.3923640.9950.0770.40.929100
3.09-3.1926.70.3363800.9960.0660.3421.06100
3.19-3.2926.20.2993760.9940.0590.3051.199100
3.29-3.4126.50.2823950.9930.0560.2881.385100
3.41-3.5425.80.2833630.9970.0570.2892.159100
3.54-3.725.60.2523870.9950.0510.2571.88599.7
3.7-3.925.30.2213860.9990.0460.2262.057100
3.9-4.1425.20.2033980.9970.0420.2072.122100
4.14-4.4624.80.1743830.9960.0360.1782.159100
4.46-4.9123.90.1673930.9960.0350.1712.223100
4.91-5.6224.30.164110.9950.0320.1631.855100
5.62-7.0823.50.1364200.9980.0280.1391.515100
7.08-5019.20.1064710.9880.0250.1091.15195.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YFU

1yfu


解像度: 2.617→37.955 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2895 693 10 %
Rwork0.1987 --
obs0.2077 6930 90.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.21 Å2 / Biso mean: 21.9238 Å2 / Biso min: 1.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.617→37.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1396 0 21 75 1492
Biso mean--29.04 18.61 -
残基数----173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.291991
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008267
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.433849
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6173-2.81930.3521760.260268152
2.8193-3.10290.34671470.25751326100
3.1029-3.55160.3241510.21371355100
3.5516-4.47350.29261530.1698138099
4.4735-37.9550.21731660.1703149599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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