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- PDB-6vhr: Structure of PE5-PPE4-EspG3 complex from the type VII (ESX-3) sec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vhr
タイトルStructure of PE5-PPE4-EspG3 complex from the type VII (ESX-3) secretion system, space group I422
要素
  • ESX-3 secretion-associated protein EspG3
  • PE family immunomodulator PE5
  • PPE family protein PPE4
キーワードPROTEIN TRANSPORT / chaperone (シャペロン) / protein secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to host immune response / 細胞膜 / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PPE-PPW subfamily, C-terminal / PPE-PPW subfamily C-terminal region / PPE family / PPE family / PE-PGRS family, N-terminal / PE family / PPE superfamily / EspG family / EspG family
類似検索 - ドメイン・相同性
Conserved protein / PE family immunomodulator PE5 / PPE family protein PPE4
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Mycobacterium marinum (マイコバクテリウム・マリナム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Williamson, Z.A. / Korotkov, K.V.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI119022 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103486 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM110787 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: PE5-PPE4-EspG3heterotrimer structure from mycobacterial ESX-3 secretion system gives insight into cognate substrate recognition by ESX systems.
著者: Williamson, Z.A. / Chaton, C.T. / Ciocca, W.A. / Korotkova, N. / Korotkov, K.V.
履歴
登録2020年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PE family immunomodulator PE5
B: PPE family protein PPE4
C: ESX-3 secretion-associated protein EspG3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2043
ポリマ－58,2043
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area23560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)219.090, 219.090, 104.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 PE family immunomodulator PE5


分子量: 9228.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: PE5, Rv0285, LH57_01560 / プラスミド: pRSF-NT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: L7N695
#2: タンパク質 PPE family protein PPE4


分子量: 18099.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fragment residues 1-178
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: PPE4, Rv0286 / プラスミド: pRSF-NT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P9WI43
#3: タンパク質 ESX-3 secretion-associated protein EspG3


分子量: 30875.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fragment residues 5-290
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (strain ATCC BAA-535 / M) (マイコバクテリウム・マリナム)
株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: MMAR_0548 / プラスミド: pCDF-21d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: B2HNX0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2M sodium chloride, 0.1M BIS-TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月5日
詳細: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→35.727 Å / Num. obs: 19380 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.295 % / Biso Wilson estimate: 125.541 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.3-3.399.5332.1821.3113404140614060.5972.308100
3.39-3.4810.961.7921.815289139613950.7791.87999.9
3.48-3.5810.9761.1522.7614445131713160.8871.20899.9
3.58-3.6910.9610.8343.5814238129912990.940.875100
3.69-3.8110.8450.5495.0113751126912680.9730.57699.9
3.81-3.9410.7580.4156.3913125122012200.980.436100
3.94-4.0910.6470.2798.5912691119211920.9910.293100
4.09-4.2610.5410.20111.4811837112511230.9940.21299.8
4.26-4.4510.3150.15314.0911419110711070.9960.161100
4.45-4.6710.0160.12117.8310607105910590.9960.128100
4.67-4.928.9550.09919.6588219899850.9960.10699.6
4.92-5.2210.3480.09821.3298729549540.9970.103100
5.22-5.5810.8480.08724.5195908848840.9980.091100
5.58-6.0210.6880.08127.1590538478470.9980.085100
6.02-6.610.3960.06330.9180577757750.9990.066100
6.6-7.3810.1120.04936.8772207147140.9990.052100
7.38-8.529.3950.04144.1558816266260.9990.044100
8.52-10.448.2820.03446.2944895475420.9990.03699.1
10.44-14.769.1720.03450.3739354304290.9990.03799.8
14.76-35.7277.4980.03745.3317922652390.9990.0490.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180319データ削減
XSCALEVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180319データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2g38, 4l4w

2g38

4l4w


解像度: 3.3→35.727 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 33.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2662 1739 4.77 %
Rwork0.2476 --
obs0.2485 19335 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 330.77 Å2 / Biso mean: 190.6195 Å2 / Biso min: 80.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→35.727 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3643 0 0 0 3643
残基数----497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023729
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5035121
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7352176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004666
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3-3.3970.42731320.4028290999
3.397-3.50650.41491200.3546288799
3.5065-3.63170.36391370.32932904100
3.6317-3.7770.31461610.31832848100
3.777-3.94870.32131490.30682880100
3.9487-4.15660.28531290.2871291799
4.1566-4.41660.25871620.26232888100
4.4166-4.75680.27981560.24562869100
4.7568-5.23420.28221410.26222917100
5.2342-5.98850.26341290.28562889100
5.9885-7.53330.31221450.25032899100
7.5333-35.7270.21411780.1822875100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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