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万見
- PDB-6vhg: Crystal structure of phosphorylated RET tyrosine kinase domain co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vhg
タイトルCrystal structure of phosphorylated RET tyrosine kinase domain complexed with a pyrazolo[1,5-a]pyrimidine inhibitor
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Inhibitor / Complex / Tyrosine kinase / catalytic domain / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Peyer's patch morphogenesis / GDF15-GFRAL signaling pathway / positive regulation of metanephric glomerulus development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / posterior midgut development / membrane protein proteolysis / Formation of the ureteric bud ...Peyer's patch morphogenesis / GDF15-GFRAL signaling pathway / positive regulation of metanephric glomerulus development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / posterior midgut development / membrane protein proteolysis / Formation of the ureteric bud / positive regulation of neuron maturation / neuron cell-cell adhesion / Formation of the nephric duct / enteric nervous system development / plasma membrane protein complex / innervation / neuron maturation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / neural crest cell migration / ureteric bud development / regulation of axonogenesis / response to pain / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / RET signaling / positive regulation of cell size / regulation of cell adhesion / cellular response to retinoic acid / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / NPAS4 regulates expression of target genes / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / MAPK cascade / signaling receptor activity / retina development in camera-type eye / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / early endosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / : / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / RET, Cysteine Rich Domain / Cadherin domain ...Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / : / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / RET, Cysteine Rich Domain / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-QX1 / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Lee, C.C. / Spraggon, G.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Efficacy and Tolerability of Pyrazolo[1,5-a]pyrimidine RET Kinase Inhibitors for the Treatment of Lung Adenocarcinoma.
著者: Mathison, C.J.N. / Chianelli, D. / Rucker, P.V. / Nelson, J. / Roland, J. / Huang, Z. / Yang, Y. / Jiang, J. / Xie, Y.F. / Epple, R. / Bursulaya, B. / Lee, C. / Gao, M.Y. / Shaffer, J. / ...著者: Mathison, C.J.N. / Chianelli, D. / Rucker, P.V. / Nelson, J. / Roland, J. / Huang, Z. / Yang, Y. / Jiang, J. / Xie, Y.F. / Epple, R. / Bursulaya, B. / Lee, C. / Gao, M.Y. / Shaffer, J. / Briones, S. / Sarkisova, Y. / Galkin, A. / Li, L. / Li, N. / Li, C. / Hua, S. / Kasibhatla, S. / Kinyamu-Akunda, J. / Kikkawa, R. / Molteni, V. / Tellew, J.E.
履歴
登録2020年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5029
ポリマ－35,5291
非ポリマー9738
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.815, 97.815, 143.963
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / Cadherin family member 12 / Proto-oncogene c-Ret


分子量: 35528.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RET, CDHF12, CDHR16, PTC, RET51 / プラスミド: pFastBacHT
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07949, receptor protein-tyrosine kinase

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非ポリマー , 5種, 141分子

#2: 化合物 ChemComp-QX1 / 3-(3,4-dimethoxyphenyl)-N~5~-(1-methylpiperidin-4-yl)-6-phenylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-5,7-diamine


分子量: 458.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H30N6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→41 Å / Num. obs: 18806 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 45.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 / Num. unique obs: 1167

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (3-OCT-2019)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IVU

2ivu


解像度: 2.303→41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.274 / SU Rfree Blow DPI: 0.207 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.201
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2377 898 -RANDOM
Rwork0.2028 ---
obs0.2045 18144 97.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4301 Å20 Å20 Å2
2--0.4301 Å20 Å2
3----0.8602 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.303→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2216 0 60 133 2409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082330HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.963160HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d794SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes383HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2327HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion284SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2001SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.87
LS精密化 シェル解像度: 2.303→2.35 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2914 21 -
Rwork0.2301 --
obs--49.58 %
精密化 TLSOrigin x: 9.2876 Å / Origin y: -31.3083 Å / Origin z: 14.2645 Å
111213212223313233
T-0.0396 Å20.01 Å20.0917 Å2--0.191 Å20.0808 Å2---0.1292 Å2
L2.8562 °20.4329 °20.3394 °2-2.4124 °20.0574 °2--2.5987 °2
S0.0137 Å °0.4013 Å °0.0777 Å °0.4013 Å °-0.0074 Å °0.072 Å °0.0777 Å °0.072 Å °-0.0063 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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