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- PDB-6vgu: Crystal structure of FERM-folded talin head domain bound to the N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vgu
タイトルCrystal structure of FERM-folded talin head domain bound to the NPLY motif of beta3-integrin
要素Integrin beta-3,Talin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / talin / FERM-fold / NPLY motif / integrin
機能・相同性
機能・相同性情報


Elastic fibre formation / Syndecan interactions / C-X3-C chemokine binding / Signal transduction by L1 / Molecules associated with elastic fibres / PECAM1 interactions / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / cell projection morphogenesis / neuregulin binding / ECM proteoglycans ...Elastic fibre formation / Syndecan interactions / C-X3-C chemokine binding / Signal transduction by L1 / Molecules associated with elastic fibres / PECAM1 interactions / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / cell projection morphogenesis / neuregulin binding / ECM proteoglycans / integrin alpha9-beta1 complex / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Integrin cell surface interactions / LIM domain binding / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / Smooth Muscle Contraction / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / Platelet degranulation / maintenance of postsynaptic specialization structure / regulation of extracellular matrix organization / cortical microtubule organization / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / vinculin binding / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / integrin activation / fibrinogen binding / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / blood coagulation, fibrin clot formation / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / insulin-like growth factor I binding / negative regulation of lipid transport / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / glycinergic synapse / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of osteoclast differentiation / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / filopodium membrane / extracellular matrix binding / positive regulation of fibroblast migration / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / apoptotic cell clearance / heterotypic cell-cell adhesion / cortical actin cytoskeleton organization / smooth muscle cell migration / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of cell-matrix adhesion / negative chemotaxis / cell adhesion mediated by integrin / phosphatidylserine binding / microvillus membrane / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / protein disulfide isomerase activity / positive regulation of osteoblast proliferation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / fibroblast growth factor binding / lamellipodium membrane / fibronectin binding / positive regulation of bone resorption / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / positive regulation of T cell migration / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / ruffle / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / embryo implantation / phosphatidylinositol binding / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / protein kinase C binding / cell-matrix adhesion / response to activity / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / synaptic membrane / structural constituent of cytoskeleton / platelet aggregation / ruffle membrane / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of angiogenesis
類似検索 - 分子機能
Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain ...Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin, N-terminal F0 domain / : / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Talin IBS2B domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / FERM domain signature 2. / Integrin domain superfamily / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-3 / Talin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Zhang, P. / Sun, Y. / Wu, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM119560 米国
American Cancer SocietyRSG-15-167-01-DMC 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the FERM-folded talin head reveals the determinants for integrin binding.
著者: Zhang, P. / Azizi, L. / Kukkurainen, S. / Gao, T. / Baikoghli, M. / Jacquier, M.C. / Sun, Y. / Maatta, J.A.E. / Cheng, R.H. / Wehrle-Haller, B. / Hytonen, V.P. / Wu, J.
履歴
登録2020年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin beta-3,Talin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3831
ポリマ－50,3831
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.071, 66.825, 114.466
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Integrin beta-3,Talin-1 / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa


分子量: 50382.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Itgb3, Tln1, Tln / プラスミド: pET28a
詳細 (発現宿主): modified to include a TEV cleavage site
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O54890, UniProt: P26039
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 % / 解説: rod, 20um*10um*300um
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium chloride 0.1 M MES pH6.5 10 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月13日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.779→29.62 Å / Num. obs: 12141 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 63.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.78→2.85 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.655 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IVF

3ivf


解像度: 2.78→29.62 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 611 5.04 %
Rwork0.215 --
obs0.217 12117 91.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 69.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3050 0 0 34 3084
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.779-3.05840.35741410.27762878X-RAY DIFFRACTION93
3.0584-3.50030.30261530.24322868X-RAY DIFFRACTION92
3.5003-4.40770.24771720.19552874X-RAY DIFFRACTION92
4.4077-29.620.2421450.20292886X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.8421 Å / Origin y: -2.3246 Å / Origin z: 11.0096 Å
111213212223313233
T0.3529 Å2-0.0162 Å2-0.0782 Å2-0.3081 Å2-0.0346 Å2--0.4349 Å2
L2.5198 °20.4972 °2-0.7689 °2-1.0064 °2-0.5155 °2--0.876 °2
S-0.0703 Å °-0.2085 Å °-0.0998 Å °0.0386 Å °0.047 Å °-0.053 Å °0.0428 Å °-0.026 Å °0.0391 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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