PDB-6vgs: Alpha-ketoisovalerate decarboxylase (KivD) from Lactococcus lacti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vgs

タイトル

Alpha-ketoisovalerate decarboxylase (KivD) from Lactococcus lactis, thermostable mutant

要素

Alpha-keto acid decarboxylase

キーワード

LYASE / THIAMINE PYROPHOSPHATE

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxy-lyase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chan, S. / Korman, T.P. / Sawaya, M.R. / Bowie, J.U.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Isobutanol production freed from biological limits using synthetic biochemistry.
著者: Sherkhanov, S. / Korman, T.P. / Chan, S. / Faham, S. / Liu, H. / Sawaya, M.R. / Hsu, W.T. / Vikram, E. / Cheng, T. / Bowie, J.U.

履歴

登録	2020年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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-
関連構造データ

関連構造データ	2vbfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cok-d 2vk1-1 6a50-d 2q5q-d 3iae-d 3sip-d 2q5j-d 6qsi-d 2vk1-2 5ydw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (9) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Alpha-keto acid decarboxylase

BBB: Alpha-keto acid decarboxylase

CCC: Alpha-keto acid decarboxylase

DDD: Alpha-keto acid decarboxylase

ヘテロ分子

255 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Alpha-keto acid decarboxylase

BBB: Alpha-keto acid decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Alpha-keto acid decarboxylase

DDD: Alpha-keto acid decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.195, 128.268, 147.737
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains AAA BBB
2	2	Chains AAA CCC
3	3	Chains AAA DDD
4	4	Chains BBB CCC
5	5	Chains BBB DDD
6	6	Chains CCC DDD

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Alpha-keto acid decarboxylase / Pyruvate decarboxylase and related thiamine pyrophosphate-requiring enzymes 分子量: 63280.695 Da / 分子数: 4 / 変異: Q34H, A290V, S386P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) 遺伝子: JCM5805K_1329 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B8QZ66
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.2 % / 解説: Plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20mM MES pH6.8, 2.5mM MgSO4, 0.1mM TPP(ThDP), 1mM DTT, 20% PEG3000, 0.2M NaCl, 0.1M HEPES/NaOH pH7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 223094 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.151 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.16 / Χ²: 1.144 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 1972306

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.86	7.9	1.055	21668	0.698	0.379	1.124	1.03	97.2
1.86-1.94	8.6	0.84	22077	0.809	0.292	0.891	1.08	99.3
1.94-2.03	8.6	0.623	22213	0.879	0.218	0.661	1.188	99.8
2.03-2.13	8.6	0.448	22221	0.926	0.156	0.475	1.35	99.6
2.13-2.27	9.2	0.334	22280	0.959	0.113	0.353	1.462	99.9
2.27-2.44	8.9	0.265	22295	0.967	0.091	0.281	1.346	99.8
2.44-2.69	9	0.212	22311	0.974	0.072	0.224	1.186	99.6
2.69-3.08	9.3	0.173	22437	0.982	0.058	0.182	0.97	99.8
3.08-3.88	9.2	0.139	22560	0.988	0.046	0.146	0.965	99.6
3.88-100	9	0.122	23032	0.989	0.042	0.13	0.869	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.7 Å	64.72 Å
Translation	4.7 Å	64.72 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VBF

2vbf

解像度: 1.8→96.856 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 5.345 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2104	11416	5.119 %
R_work	0.1828	-	-
all	0.184	-	-
obs	-	222993	99.235 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.974 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.482 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.524 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.042 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→96.856 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16647	0	108	1181	17936

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	17139
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.017	15647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.423	1.633	23290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.394	1.567	36350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.958	5	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.848	24.103	814
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.783	15	2844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.125	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	19207
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3363
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	3538
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	14766
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	8544
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	6853
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.095	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.021	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.144	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.605	3.372	8660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.603	3.371	8659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.327	5.041	10811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.327	5.041	10812
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.34	3.59	8479
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.341	3.591	8472
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.599	5.278	12472
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.599	5.277	12473
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.637	40.482	19404
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.576	40.153	19166
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.057	0.05	17781
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.052	0.05	17908
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.056	0.05	17873
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.051	0.05	17785
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.049	0.05	17942
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.057	0.05	17802

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.304	823	0.278	14893	0.279	16493	0.821	0.827	95.2889	0.257
1.847-1.897	0.264	845	0.237	14999	0.238	16051	0.862	0.879	98.7104	0.212
1.897-1.952	0.242	753	0.204	14802	0.206	15620	0.9	0.911	99.5839	0.178
1.952-2.012	0.232	813	0.192	14315	0.194	15158	0.912	0.924	99.8021	0.167
2.012-2.078	0.228	768	0.188	13937	0.19	14775	0.92	0.93	99.5262	0.164
2.078-2.151	0.21	747	0.168	13436	0.17	14215	0.935	0.947	99.7749	0.148
2.151-2.232	0.212	666	0.161	13038	0.164	13724	0.939	0.951	99.8543	0.145
2.232-2.324	0.197	628	0.156	12651	0.158	13296	0.944	0.955	99.8721	0.145
2.324-2.427	0.187	665	0.155	12058	0.157	12753	0.95	0.957	99.7648	0.148
2.427-2.545	0.202	612	0.163	11453	0.165	12141	0.945	0.952	99.374	0.163
2.545-2.683	0.203	565	0.159	11051	0.161	11635	0.943	0.957	99.8367	0.162
2.683-2.845	0.207	560	0.163	10391	0.165	10973	0.941	0.954	99.7995	0.173
2.845-3.042	0.21	547	0.181	9753	0.182	10321	0.932	0.94	99.7965	0.195
3.042-3.285	0.217	470	0.186	9128	0.188	9672	0.932	0.939	99.2349	0.205
3.285-3.598	0.223	421	0.186	8457	0.187	8888	0.935	0.944	99.8875	0.208
3.598-4.022	0.2	414	0.18	7646	0.181	8083	0.943	0.949	99.7155	0.205
4.022-4.643	0.194	400	0.177	6743	0.178	7169	0.947	0.953	99.6373	0.2
4.643-5.683	0.205	335	0.189	5692	0.19	6106	0.952	0.954	98.7062	0.209
5.683-8.024	0.211	248	0.212	4544	0.212	4793	0.935	0.936	99.9791	0.237
8.024-96.856	0.223	136	0.218	2590	0.219	2781	0.938	0.938	98.0223	0.248

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1585	-0.0732	-0.0987	0.176	0.0774	0.0834	-0.0191	-0.0409	0.0093	-0.0094	0.0392	0.0277	-0.0088	0.0244	-0.0201	0.0243	0.0082	0.017	0.0173	0.0084	0.0403	31.2863	38.3688	47.7639
2	0.1758	-0.0982	-0.1435	0.1506	0.0517	0.1838	-0.0797	-0.0925	-0.034	0.017	0.0424	0.0145	0.0411	0.093	0.0372	0.0558	0.0354	0.0106	0.0578	0.0183	0.0136	55.9	12.7577	50.0622
3	0.3059	0.1128	-0.0015	0.1279	0.0016	0.0565	0.0679	-0.0379	-0.0373	0.0284	-0.0629	-0.0204	-0.0066	-0.026	-0.005	0.0243	-0.0074	-0.0096	0.0418	0.0109	0.0253	53.7256	62.7718	84.0335
4	0.3818	0.2299	-0.0511	0.1484	-0.0418	0.0664	0.0675	-0.0873	0.0058	0.0463	-0.0731	-0.0052	-0.0514	0.0311	0.0056	0.0571	-0.0266	-0.004	0.0451	0.0128	0.0103	79.0078	87.8933	85.6103

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 602
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	1 - 602
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	1 - 602
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	1 - 602

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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