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- PDB-6vgj: N-terminal variant of CXCL13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vgj
タイトルN-terminal variant of CXCL13
要素C-X-C motif chemokine 13
キーワードCYTOKINE / Chemokine / Agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / lymphocyte chemotaxis across high endothelial venule / CXCR5 chemokine receptor binding / endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / CCR10 chemokine receptor binding / CXCR3 chemokine receptor binding / B cell chemotaxis / regulation of humoral immune response / chronic inflammatory response / regulation of Rap protein signal transduction ...negative regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / lymphocyte chemotaxis across high endothelial venule / CXCR5 chemokine receptor binding / endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / CCR10 chemokine receptor binding / CXCR3 chemokine receptor binding / B cell chemotaxis / regulation of humoral immune response / chronic inflammatory response / regulation of Rap protein signal transduction / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of integrin activation / chemokine-mediated signaling pathway / germinal center formation / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / fibroblast growth factor binding / regulation of angiogenesis / neutrophil chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to lipopolysaccharide / G alpha (i) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / receptor ligand activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like
類似検索 - ドメイン・相同性
C-X-C motif chemokine 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Rosenberg Jr., E.M. / Lolis, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F31CA220854 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: The N-terminal length and side-chain composition of CXCL13 affect crystallization, structure and functional activity.
著者: Rosenberg Jr., E.M. / Herrington, J. / Rajasekaran, D. / Murphy, J.W. / Pantouris, G. / Lolis, E.J.
履歴
登録2020年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: C-X-C motif chemokine 13
B: C-X-C motif chemokine 13
C: C-X-C motif chemokine 13
D: C-X-C motif chemokine 13
E: C-X-C motif chemokine 13
F: C-X-C motif chemokine 13
G: C-X-C motif chemokine 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7807
ポリマ－71,7807
非ポリマー00
水52229
1
A: C-X-C motif chemokine 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2541
ポリマ－10,2541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: C-X-C motif chemokine 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2541
ポリマ－10,2541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: C-X-C motif chemokine 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2541
ポリマ－10,2541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: C-X-C motif chemokine 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2541
ポリマ－10,2541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: C-X-C motif chemokine 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2541
ポリマ－10,2541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: C-X-C motif chemokine 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2541
ポリマ－10,2541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: C-X-C motif chemokine 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2541
ポリマ－10,2541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.761, 41.567, 111.769
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 3 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 3 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 3 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 3 and (name N or name...
51(chain E and (resid 3 through 8 or (resid 9...
61(chain F and ((resid 3 and (name N or name...
71(chain G and ((resid 3 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA32
12METMETLYSLYS(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA2 - 831 - 82
13METMETLYSLYS(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA2 - 831 - 82
14METMETLYSLYS(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA2 - 831 - 82
15METMETLYSLYS(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA2 - 831 - 82
21GLUGLUGLUGLU(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB32
22METMETSERSER(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB2 - 731 - 72
23METMETSERSER(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB2 - 731 - 72
24METMETSERSER(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB2 - 731 - 72
25METMETSERSER(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB2 - 731 - 72
31GLUGLUGLUGLU(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC32
32METMETARGARG(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC2 - 721 - 71
33METMETARGARG(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC2 - 721 - 71
34METMETARGARG(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC2 - 721 - 71
35METMETARGARG(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC2 - 721 - 71
41GLUGLUGLUGLU(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD32
42METMETSERSER(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD2 - 731 - 72
43METMETSERSER(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD2 - 731 - 72
44METMETSERSER(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD2 - 731 - 72
45METMETSERSER(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD2 - 731 - 72
51GLUGLUSERSER(chain E and (resid 3 through 8 or (resid 9...EE3 - 82 - 7
52LEULEUARGARG(chain E and (resid 3 through 8 or (resid 9...EE9 - 108 - 9
53GLUGLUPROPRO(chain E and (resid 3 through 8 or (resid 9...EE3 - 802 - 79
54GLUGLUPROPRO(chain E and (resid 3 through 8 or (resid 9...EE3 - 802 - 79
55GLUGLUPROPRO(chain E and (resid 3 through 8 or (resid 9...EE3 - 802 - 79
56GLUGLUPROPRO(chain E and (resid 3 through 8 or (resid 9...EE3 - 802 - 79
61GLUGLUGLUGLU(chain F and ((resid 3 and (name N or name...FF32
62METMETVALVAL(chain F and ((resid 3 and (name N or name...FF2 - 811 - 80
63METMETVALVAL(chain F and ((resid 3 and (name N or name...FF2 - 811 - 80
64METMETVALVAL(chain F and ((resid 3 and (name N or name...FF2 - 811 - 80
65METMETVALVAL(chain F and ((resid 3 and (name N or name...FF2 - 811 - 80
71GLUGLUGLUGLU(chain G and ((resid 3 and (name N or name...GG32
72METMETSERSER(chain G and ((resid 3 and (name N or name...GG2 - 741 - 73
73METMETSERSER(chain G and ((resid 3 and (name N or name...GG2 - 741 - 73
74METMETSERSER(chain G and ((resid 3 and (name N or name...GG2 - 741 - 73
75METMETSERSER(chain G and ((resid 3 and (name N or name...GG2 - 741 - 73

-
要素

#1: タンパク質
C-X-C motif chemokine 13 / Angie / B cell-attracting chemokine 1 / BCA-1 / B lymphocyte chemoattractant / CXC chemokine BLC / ...Angie / B cell-attracting chemokine 1 / BCA-1 / B lymphocyte chemoattractant / CXC chemokine BLC / Small-inducible cytokine B13


分子量: 10254.282 Da / 分子数: 7 / 変異: L2M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL13, BCA1, BLC, SCYB13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43927
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1 M Citric acid pH 3.5, 14% w/v PEG 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→50 Å / Num. obs: 21429 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 12.39
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible all
2.52-2.562.69240.3560.9191.07986.5
2.56-2.61310440.4850.6930.99795.1
2.61-2.663.110220.6250.5330.98396
2.66-2.713.510360.6790.4951.03597
2.71-2.773.710740.7010.4231.01398.1
2.77-2.84410350.8120.3340.99499.1
2.84-2.914.410990.8680.2741.058100
2.91-2.995.110570.930.2051.045100
2.99-3.085.410600.9540.1671.022100
3.08-3.175.611140.9750.1161.047100
3.17-3.295.610660.9820.0911.069100
3.29-3.425.810680.990.0761.07100
3.42-3.585.810860.9930.061.061100
3.58-3.765.810950.9930.0491.054100
3.76-45.710860.9970.0431.047100
4-4.315.710850.9960.041.099100
4.31-4.745.610970.9970.0331.052100
4.74-5.435.611060.9960.0341.064100
5.43-6.835.511140.9940.0391.075100
6.83-504.811610.9930.0321.0499.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3946精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZAI

4zai
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.52→47.82 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 32.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2787 1999 9.27 %
Rwork0.249 35957 -
obs-21421 95.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.9 Å2 / Biso mean: 54.04 Å2 / Biso min: 21.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.52→47.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4220 0 0 29 4249
Biso mean---31.05 -
残基数----522
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2167X-RAY DIFFRACTION11.685TORSIONAL
12B2167X-RAY DIFFRACTION11.685TORSIONAL
13C2167X-RAY DIFFRACTION11.685TORSIONAL
14D2167X-RAY DIFFRACTION11.685TORSIONAL
15E2167X-RAY DIFFRACTION11.685TORSIONAL
16F2167X-RAY DIFFRACTION11.685TORSIONAL
17G2167X-RAY DIFFRACTION11.685TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.52-2.550.39461080.37381062117072
2.55-2.590.3781270.37191254138185
2.59-2.620.41011200.35191232135286
2.62-2.660.36451280.35651247137589
2.66-2.710.35991430.361355149891
2.71-2.750.33531390.35671327146692
2.75-2.80.40541370.36451376151394
2.8-2.850.39851370.35311360149795
2.85-2.90.34191490.35831420156996
2.9-2.960.34411490.3121391154098
2.96-3.030.38611450.33051439158499
3.03-3.10.35231470.28641400154799
3.1-3.170.33831490.28331461161099
3.17-3.260.31241390.26571400153999
3.26-3.360.29891440.28391413155799
3.36-3.460.3051550.24061477163299
3.46-3.590.27741410.24131396153799
3.59-3.730.23881530.220614981651100
3.73-3.90.27441450.21771385153099
3.9-4.110.24151500.21241459160999
4.11-4.360.18411500.18814191569100
4.36-4.70.22751470.15331442158999
4.7-5.170.22071460.177114561602100
5.18-5.920.21591420.212614521594100
5.92-7.450.28911430.239514291572100
7.45-47.820.28941410.24851407154897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2063-0.68910.26411.46490.14530.83270.29130.05530.66230.007-0.0415-0.02330.1737-0.1247-0.11220.3820.0001-0.00460.5598-0.14570.398910.9787-4.821628.6997
26.32271.6036-4.53592.9019-1.18553.4419-0.12950.19830.4584-0.0760.3019-0.66411.05070.8482-0.03750.32540.0567-0.07040.55230.04070.380925.9194-6.521430.7376
36.01170.0252-1.48043.5987-0.85282.8616-0.1123-0.49820.30050.2339-0.3115-0.02320.0196-0.31260.45350.52950.0412-0.04040.4716-0.10820.296118.0824-4.625233.3203
44.2139-1.31351.9191.9203-0.80081.1509-0.3171-0.4711-0.3389-0.37850.0543-0.15580.4898-0.66150.13630.4547-0.0060.11720.3659-0.08720.369720.9334-15.462827.2864
51.75420.8597-0.2480.89770.61691.29090.5441-0.46030.0829-0.2674-0.24470.1974-0.204-0.7982-0.23250.35920.18380.06040.57370.06330.527940.8959-25.123638.8053
61.53511.4319-0.24163.5458-0.29530.94160.23520.1311-0.19330.0522-0.1832-0.04140.15030.3165-0.05580.2743-0.0063-0.05130.3644-0.02470.307721.320416.95273.2398
74.09471.4738-1.76314.0251-1.24493.187-0.20290.57620.1965-0.40210.2340.1361-0.0175-0.39450.0150.33850.0055-0.02980.37890.10270.394815.048513.8268-4.7865
82.65841.46620.50953.4767-0.68153.5390.7872-0.32850.02860.3817-0.4945-0.0003-0.46030.0502-0.20740.28760.04240.02570.34170.05070.316313.679612.85130.9099
93.04892.51862.44693.04062.47346.2971-0.30230.59310.2047-0.0232-0.1085-0.1771-0.73120.44360.08880.56080.07520.14680.33740.01590.430115.75192.573-7.1322
101.688-0.0755-0.2911.40690.18653.22880.00830.35920.27920.0491-0.0565-0.0322-0.136-0.23430.15670.35060.0236-0.02460.35220.00830.331929.554-10.712341.3886
113.5731.4638-1.04674.123-2.07634.88640.1781-0.02450.42950.9085-0.0948-0.1072-0.48090.0893-0.08450.4133-0.0271-0.05190.27430.02550.432235.3884-9.375349.9474
121.7692-0.0924-0.58031.50170.22252.8031-0.0552-0.2610.26630.52330.1244-0.0235-0.20110.2292-0.03980.5264-0.02620.07240.3035-0.01880.421629.0927-7.837754.8402
132.0457-0.4842-0.09173.8231.52623.4049-0.0767-0.77930.2215-0.27770.10070.34770.11260.0889-0.05860.38670.1199-0.07310.4158-0.03820.4522-5.8008-9.538113.3108
144.36210.5175-1.43412.62130.73985.282-0.09380.05810.60590.51090.0406-0.17640.616-0.26520.13930.46380.0497-0.0380.3842-0.02880.3659-0.1093-8.118421.3922
151.33570.38250.80230.90371.13173.29-0.01091.22930.3159-0.47750.7175-0.3002-1.5010.4096-0.33440.67050.07950.01140.2271-0.03550.581-0.3393.067321.5446
163.876-1.19990.50971.6155-0.18756.539-0.25660.6799-0.7759-0.5219-0.19170.5339-0.21740.47880.32950.48160.0022-0.00150.606-0.15210.530340.752-33.66317.6473
172.85271.07010.89662.6591-0.33961.69720.0695-1.36531.0731-0.0816-1.2913-0.1051-0.0185-0.1330.36430.4290.0332-0.02910.4648-0.05670.493138.7131-20.880615.4446
183.33250.29380.19643.8218-1.89244.3137-0.0587-0.341-0.04140.4573-0.0223-0.34520.1745-1.0738-0.01280.3338-0.0534-0.0110.4751-0.06090.363831.1599-26.031210.9485
192.74880.5439-1.34921.6217-0.73844.3843-0.30560.02010.1423-0.2420.6154-0.23420.83040.1124-0.09540.4698-0.1377-0.05720.39710.05950.368334.5245-24.65939.0311
201.4784-1.21320.80333.1321-0.3651.6894-0.2661-0.41560.4718-0.0694-0.28340.0491-0.1851-0.17290.51420.3474-0.06810.00320.52050.01930.430536.408-21.843110.9467
213.8480.1543-0.24693.8857-0.46242.5402-0.4587-0.71910.25130.41050.33790.15910.224-0.5520.03920.33770.05960.01430.5291-0.10440.342123.7309-16.269213.6284
222.90750.0036-2.8690.21110.07352.8417-0.2633-0.4036-0.2686-0.62690.82720.3375-0.3836-0.2247-0.38340.47610.0874-0.1260.70950.15390.65679.2992-18.70475.9317
233.5445-1.57290.69891.0013-0.37481.49340.29551.3961-0.6584-0.3908-1.14790.9393-0.03891.2946-0.89940.46780.45960.06880.0437-0.66910.113.3266-27.773849.2428
241.2468-0.34030.49572.45320.44871.84350.53540.4184-0.2150.3517-0.1607-0.48360.4078-0.171-0.36340.44020.1076-0.08230.3335-0.00740.4935-5.1337-24.689145.3481
254.1555-0.35482.86091.1366-0.81451.99190.0323-0.28230.56990.0708-0.426-0.17770.3984-0.1820.28230.4133-0.03820.13930.38-0.04770.4253-19.8295-22.009447.6492
261.1918-0.5913-0.5512.6231.6072.4090.04290.09340.25490.1849-0.12950.0988-0.1358-0.3546-0.01980.44540.1831-0.08160.6509-0.07590.478253.0982-25.942937.2233
272.39711.15430.34873.19081.39152.02170.01850.0814-0.0205-0.2667-0.149-0.2917-0.294-0.36850.15140.33270.0439-0.00040.62820.00780.413448.1573-25.228927.9598
281.71850.28390.96832.4720.10233.765-0.1401-0.0458-0.2788-0.00980.3761-0.85610.2310.1793-0.06130.39920.0688-0.05190.5157-0.13110.486650.4449-31.031825.2634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 22 )A2 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 32 )A23 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 33 through 54 )A33 - 54
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 55 through 70 )A55 - 70
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 71 through 83 )A71 - 83
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 2 through 22 )B2 - 22
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 23 through 41 )B23 - 41
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 42 through 59 )B42 - 59
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 60 through 73 )B60 - 73
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 2 through 22 )C2 - 22
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 23 through 47 )C23 - 47
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 48 through 72 )C48 - 72
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 2 through 22 )D2 - 22
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 23 through 54 )D23 - 54
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 55 through 73 )D55 - 73
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 3 through 12 )E3 - 12
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 13 through 22 )E13 - 22
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 23 through 41 )E23 - 41
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 42 through 47 )E42 - 47
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 48 through 59 )E48 - 59
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 60 through 73 )E60 - 73
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 74 through 80 )E74 - 80
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 2 through 22 )F2 - 22
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 23 through 59 )F23 - 59
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 60 through 81 )F60 - 81
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 2 through 22 )G2 - 22
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 23 through 41 )G23 - 41
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 42 through 74 )G42 - 74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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