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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vfm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SpeG allosteric polyamine acetyltransferase from Bacillus thuringiensis | ||||||
![]() | Spermidine N1-acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SpeG / Allosteric enzyme / GNAT | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | Bacillus thuringiensis subsp. finitimus | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tsimbalyuk, S. / Shornikov, A. / Le, V.T.B. / Kuhn, M.L. / Forwood, J.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: SpeG polyamine acetyltransferase enzyme from Bacillus thuringiensis forms a dodecameric structure and exhibits high catalytic efficiency. 著者: Tsimbalyuk, S. / Shornikov, A. / Thi Bich Le, V. / Kuhn, M.L. / Forwood, J.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 249.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 249.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6|||||||||||||||||||||
単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 7 - 173 / Label seq-ID: 4 - 170
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20646.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: YBT-020 / 遺伝子: YBT020_25265 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.09 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: TRIS pH7.5, PEG4000, and 0.2 M Lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.67→63.74 Å / Num. obs: 23127 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.5 % / Biso Wilson estimate: 42.77 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.318 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.325 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 589520 / Scaling rejects: 51 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3WR7 解像度: 2.67→63.74 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.91 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 135.56 Å2 / Biso mean: 45.32 Å2 / Biso min: 10.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.67→63.74 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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