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万見
- PDB-6vf5: DNA Polymerase Mu, 8-oxorGTP:At Product State Ternary Complex, 50... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vf5
タイトルDNA Polymerase Mu, 8-oxorGTP:At Product State Ternary Complex, 50 mM Mn2+ (120 min)
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*(8GM))-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
  • DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
キーワードREPLICATION / Time-Lapse Crystallography / Oxidized Ribonucleotide Insertion / DNA Polymerase Mu / Double Strand Break Repair
機能・相同性
機能・相同性情報


Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family ...DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / : / OXALATE ION / DNA / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Jamsen, J.A. / Wilson, S.H.
資金援助 米国, 日本, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01-ES050158 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01-10ES050161 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1K99ES029572-01 米国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16K16195 日本
引用ジャーナル: To be published
タイトル: DNA Polymerase Mu, 8-oxorGTP:At Product State Ternary Complex, 50 mM Mn2+ (120 min)
著者: Jamsen, J.A. / Sassa, A. / Shock, D.D. / Beard, W.A. / Wilson, S.H.
履歴
登録2020年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*(8GM))-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,64919
ポリマ－45,5394
非ポリマー1,11015
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.982, 68.718, 110.413
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Pol Mu / Terminal transferase


分子量: 40054.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLM, polmu / プラスミド: pGEXM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 2740.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*(8GM))-3')


分子量: 1552.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 8種, 361分子

#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#9: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#11: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 % / Mosaicity: 0.356 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 85-90mM HEPES pH 7.5, 17-18% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 60365 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.064 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 310821
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.634.50.87729530.6220.4560.9921.05398.1
1.63-1.664.70.74529630.7480.3810.841.02499.5
1.66-1.694.90.67229870.7720.3370.7551.04599.6
1.69-1.724.90.53930140.850.2690.6041.05199.6
1.72-1.764.90.46429990.8950.2320.521.07199.5
1.76-1.84.70.38329660.9020.1960.4331.08799.2
1.8-1.854.50.30129920.9330.1540.341.10199.5
1.85-1.95.50.26130210.9610.1240.291.119100
1.9-1.955.40.21330030.9730.1020.2371.106100
1.95-2.025.60.17230340.980.0810.1911.131100
2.02-2.095.50.13730280.9870.0640.1511.14299.9
2.09-2.175.50.11130350.990.0520.1231.11399.7
2.17-2.275.30.09630200.9920.0460.1071.1299.7
2.27-2.395.30.07930400.9930.0380.0881.05399.7
2.39-2.544.80.0730000.9940.0350.0781.06798.6
2.54-2.745.20.06830200.9940.0320.0750.98999
2.74-3.015.70.06330510.9950.0290.070.99698.9
3.01-3.455.60.05930420.9950.0280.0650.95498.5
3.45-4.345.30.05230520.9950.0250.0580.9997
4.34-505.10.0531450.9960.0240.0551.07495.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M04

4m04


解像度: 1.6→40.62 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 3011 4.99 %
Rwork0.1648 --
obs0.1661 60306 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.5 Å2 / Biso mean: 26.751 Å2 / Biso min: 8.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→40.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2514 368 33 352 3267
Biso mean--30.87 34.71 -
残基数----344
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6001-1.62510.27691330.2487249095
1.6251-1.65170.25651340.2261255399
1.6517-1.68020.21071370.21652581100
1.6802-1.71080.23591360.20652589100
1.7108-1.74370.22251360.1963257399
1.7437-1.77930.20291370.1966259899
1.7793-1.8180.21271370.1799258899
1.818-1.86020.21281360.17142603100
1.8602-1.90680.18871360.16392599100
1.9068-1.95830.20441380.16662603100
1.9583-2.01590.17941350.15582617100
2.0159-2.0810.18371420.15852618100
2.081-2.15540.16191360.14762606100
2.1554-2.24170.17961390.1462620100
2.2417-2.34370.16471340.14872613100
2.3437-2.46720.18271420.14662619100
2.4672-2.62180.16821360.1557259198
2.6218-2.82420.19541360.1669263199
2.8242-3.10830.19361400.1684262399
3.1083-3.55780.17831360.1568262598
3.5578-4.48160.17611360.1471263097
4.4816-40.620.21711390.1843272596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7399-0.4266-0.19831.01150.18160.7240.10350.12920.1166-0.0276-0.0559-0.07430.00560.02770.01550.16170.00750.00860.15710.01670.11933.6047-3.4685-9.8534
20.61010.0714-0.22930.0453-0.08180.16690.1760.4451-0.0324-0.4817-0.12880.0018-0.1133-0.0777-0.0130.27120.052-0.01330.3102-0.01430.1077-3.0004-6.2776-24.2469
30.01520.016-0.00010.01670.00020.06860.09210.2210.216-0.13-0.10330.004-0.06750.08620.00030.22760.01180.02770.22520.05920.17432.60953.4614-16.4022
40.57090.00310.80881.4087-0.93451.78590.09270.0038-0.0416-0.4052-0.06460.26990.3498-0.5150.50290.29340.0279-0.0660.4064-0.14050.18713.3188-22.1245-25.9463
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 137 through 494)A137 - 494
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'T' and resid 1 through 9)T1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'P' and resid 1 through 5)P1 - 5
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 4)D1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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