PDB-6vdv: Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vdv

タイトル

Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor Manganese(III)- Porphyrin and Substrate 4-bromophenol

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / McGuire, A. / Malewschik, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nonnative Heme Incorporation into Multifunctional Globin Increases Peroxygenase Activity an Order and Magnitude Compared to Native Enzyme
著者: McGuire, A.H. / Petit, A.R. / Kang, J. / Malewschik, T. / de Serrano, V. / Carey, L.M. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2019年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vdv.cif.gz	173.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vdv.ent.gz	114.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vdv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vdv_validation.pdf.gz	469.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vdv_full_validation.pdf.gz	494.3 KB	表示
XML形式データ	6vdv_validation.xml.gz	2.9 KB	表示
CIF形式データ	6vdv_validation.cif.gz	7.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vdv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vd3C 6vd4C 6vd5C 6vd6C 6vdrC 6vdsC 6vdtC 6vduC 6vdwC 6vdxC 6vdyC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vd6-1 6onr-1 6oo8-1 4kmv-2 6vd4-1 6oo6-1 3myn-2 6ch5-2 6vd4-2 3q7q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (1)
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グロビンの進化 (Globin Evolution)
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ヘモグロビン (Hemoglobin)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.496, 67.662, 67.681
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Gold(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 182分子

#2: 化合物	ChemComp-MNR / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING MN 分子量: 615.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂MnN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BML / 4-BROMOPHENOL 分子量: 173.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅BrO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Sulphate MPEG 2000, 29-33%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→47.85 Å / Num. obs: 21273 / % possible obs: 91.01 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.34 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.88→1.92 Å / Num. unique obs: 1003 / CC_1/2: 0.922

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3714	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.88→47.85 Å / SU ML: 0.1846 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.7956
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2221	1130	5.31 %
R_work	0.1731	20143	-
obs	0.1757	21273	91.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→47.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2143	0	126	173	2442

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	2725
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7485	3763
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0464	374
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	502
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.074	419

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.96	0.3047	78	0.2169	1810	X-RAY DIFFRACTION	66.39
1.96-2.06	0.2703	134	0.1987	2125	X-RAY DIFFRACTION	78.33
2.06-2.19	0.2475	136	0.1887	2368	X-RAY DIFFRACTION	87.28
2.19-2.36	0.2373	186	0.179	2596	X-RAY DIFFRACTION	95.63
2.36-2.6	0.2308	143	0.1605	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.6-2.98	0.2142	141	0.167	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.98-3.75	0.2256	149	0.166	2809	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.75-47.85	0.1879	163	0.1688	2929	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.32882934317	0.523420227351	-0.774489867485	1.37477475023	-0.853550541836	1.79178232333	0.0816735943405	0.0104252035655	0.071635714452	0.224863666533	0.0190069365179	-0.0563398120131	-0.272810984289	-0.04235655967	-0.118969481832	0.176640669386	-0.0073107398071	0.0151120462687	0.112725557581	0.0103860047899	0.126486198651	-0.407141440226	1.83369919807	23.9607463032
2	2.40398448842	-0.533358121291	-0.2700598822	3.33528512157	3.08119708436	8.30143136356	-0.122321415777	0.302079973595	-0.288126530219	-0.226270662763	0.011838842171	-0.485677868263	0.176359310576	0.468286915711	0.115121798862	0.279020703666	-0.0375424041912	0.0269354112866	0.179159684604	0.0511949803103	0.232656504545	16.7385152206	3.89936865146	15.3278726388
3	4.22315272743	-1.71363913768	1.29348701581	6.59762658182	-3.5328230938	7.06637623066	-0.320524984335	0.299079556192	-0.36347966129	-0.161127258658	-0.338312801555	0.115625554872	-0.00839012612741	-0.00593486823939	0.520905772232	0.422907948732	-0.0708412189745	0.0950411784741	0.186192833744	-0.0814646652667	0.279288382643	11.3065170127	1.01997749652	7.70099995822
4	0.853562629007	0.405280882455	0.647637789866	2.81686432576	-0.49270947003	0.905804789215	-0.0983718473502	0.112252294922	0.0415480821237	-0.184564540397	0.144545026489	0.229312122048	-0.041769568399	0.000257513321402	-0.0458616575249	0.208684855902	0.00880172592625	-0.016191808771	0.150827778595	-0.0100233640397	0.146791040969	2.14574536357	5.50091598415	10.7000090139
5	1.20810013771	-0.153403133569	-0.23210604379	1.18883588429	0.19299183406	1.48997596813	-0.115761839323	-0.131945938981	-0.0172993877416	0.203605575366	0.00852944470246	0.0246465673887	0.214119419803	0.0465407762638	0.107987677202	0.239917082983	-0.00871201811733	0.0193417684871	0.136324029956	-0.00477892737285	0.132804478976	2.25695816295	-12.8299970717	25.6057121525
6	2.00787878806	-1.6615734455	0.914640264965	4.31049231577	-1.64202723495	3.2860866709	-0.298809947127	-0.0819974582127	-0.297767357619	-0.4246517215	-0.34210110203	-0.452282766413	0.363113305814	-0.0296547879201	0.359573538113	0.198396711538	0.0662586123452	0.125231232585	0.242491353713	0.0441152699819	0.235104158178	9.12722891596	-12.9089548977	11.5375418379
7	3.16303203643	0.0533704363649	-0.308338948958	4.20730219681	-0.205488835566	0.0402509118527	-0.0627294603012	0.0647138751216	-0.191969616055	0.0737816327027	-0.107609526329	-0.625879948414	0.147033841392	0.359407623667	0.192965874454	0.327420012359	-0.0249753183515	0.0475370546269	0.228496091879	0.0837915787751	0.245474042337	15.6245839782	-5.53688582188	20.3320560023
8	2.49146932471	-0.523722124505	-0.225067755342	2.55682614529	0.854714808812	2.08711873612	0.100711086151	-0.23150891006	0.173017594882	0.114692133556	-0.136621168872	0.0134604133213	-0.395287455417	-0.0718625325495	0.0136889297718	0.344591467273	-0.0636805045896	-0.0410013683296	0.133245495079	-0.0128143799377	0.149329731145	8.01522740364	4.54029522112	29.1768028044
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:26)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 27:33)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 34:37)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 38:60)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 61:83)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 84:90)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 91:99)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 100:111)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 112:128)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 129:137)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 1:30)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 31:39)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 40:50)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 51:60)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 61:77)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 78:86)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 87:94)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 95:111)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 112:128)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 129:137)

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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