PDB-6vdu: Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vdu

タイトル

Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor Iron(III) Deuteroporphyrin IX and Substrate Trichlorophenol

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / McGuire, A. / Malewschik, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nonnative Heme Incorporation into Multifunctional Globin Increases Peroxygenase Activity an Order and Magnitude Compared to Native Enzyme
著者: McGuire, A.H. / Petit, A.R. / Kang, J. / Malewschik, T. / de Serrano, V. / Carey, L.M. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2019年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vdu.cif.gz	127.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vdu.ent.gz	96.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vdu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vdu_validation.pdf.gz	504 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vdu_full_validation.pdf.gz	512.9 KB	表示
XML形式データ	6vdu_validation.xml.gz	3.3 KB	表示
CIF形式データ	6vdu_validation.cif.gz	7.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vdu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vd3C 6vd4C 6vd5C 6vd6C 6vdrC 6vdsC 6vdtC 6vdvC 6vdwC 6vdxC 6vdyC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6onx-1 6vd4-1 4kmw-1 6h64-3 6vd6-1 6vdy-1 4kmv-2 6ch5-2 6vdt-2 6vd3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.174, 67.901, 67.905
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Gold(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 6種, 98分子

#2: 化合物	ChemComp-FDE / FE(III) DEUTEROPORPHYRIN IX 分子量: 564.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₂₈FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-T6C / 2,4,6-trichlorophenol / 2,4,6-トリクロロフェノ-ル分子量: 197.446 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₃Cl₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Sulphate MPEG 2000, 29-33%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→44.65 Å / Num. obs: 19407 / % possible obs: 98.47 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 20.8
反射シェル	解像度: 1.98→2.03 Å / Num. unique obs: 1254 / CC_1/2: 0.777

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.98→44.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 9.92 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.198 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2608	1040	5.359 %
R_work	0.1971	-	-
all	0.201	-	-
obs	-	19407	98.473 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.948 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.639 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.309 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→44.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2066	0	131	87	2284

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.328	1.701	3566
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.554	1.617	5351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.329	5	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.373	22.836	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.053	15	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.921	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	640
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.175	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.665	2.226	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.65	2.224	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.606	3.309	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.609	3.31	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.333	2.836	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.317	2.834	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.602	4.249	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.578	4.243	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.044	28.718	3155
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.017	28.658	3147

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.029	0.29	80	0.252	1254	X-RAY DIFFRACTION	93.352
2.029-2.085	0.308	64	0.231	1318	X-RAY DIFFRACTION	99.2103
2.085-2.145	0.235	61	0.209	1302	X-RAY DIFFRACTION	99.7074
2.145-2.211	0.255	75	0.2	1231	X-RAY DIFFRACTION	99.6947
2.211-2.283	0.255	51	0.203	1216	X-RAY DIFFRACTION	99.3726
2.283-2.363	0.332	84	0.206	1151	X-RAY DIFFRACTION	99.5165
2.363-2.452	0.276	72	0.177	1115	X-RAY DIFFRACTION	99.5805
2.452-2.552	0.202	59	0.161	1090	X-RAY DIFFRACTION	99.5667
2.552-2.665	0.183	45	0.179	1071	X-RAY DIFFRACTION	99.3767
2.665-2.795	0.377	48	0.197	1007	X-RAY DIFFRACTION	99.7164
2.795-2.946	0.284	71	0.19	943	X-RAY DIFFRACTION	99.5093
2.946-3.124	0.238	36	0.213	921	X-RAY DIFFRACTION	99.2739
3.124-3.338	0.336	43	0.211	855	X-RAY DIFFRACTION	98.7899
3.338-3.604	0.234	53	0.213	791	X-RAY DIFFRACTION	98.5981
3.604-3.946	0.234	57	0.188	715	X-RAY DIFFRACTION	98.3439
3.946-4.408	0.284	39	0.165	667	X-RAY DIFFRACTION	98.7413
4.408-5.083	0.258	33	0.171	601	X-RAY DIFFRACTION	97.9907
5.083-6.208	0.167	37	0.236	498	X-RAY DIFFRACTION	96.5704
6.208-8.707	0.316	19	0.213	398	X-RAY DIFFRACTION	93.7079
8.707-44.65	0.355	13	0.2	223	X-RAY DIFFRACTION	87.0849

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1282	-0.2135	0.2326	1.5063	0.4136	1.0035	-0.0188	-0.0345	-0.0004	-0.128	0.0655	-0.0248	-0.1183	-0.0455	-0.0467	0.0545	-0.0179	0.0058	0.0521	-0.0194	0.0513	-11.0246	-2.204	15.6024
2	0.4816	0.5862	-0.571	1.3165	-0.7506	2.7116	-0.0067	0.0061	-0.1983	0.008	0.2993	-0.2361	-0.1803	0.0472	-0.2926	0.0173	-0.0007	0.0501	0.1464	-0.021	0.2177	-4.6754	-10.0746	13.3516
3	0.1147	-0.165	0.2647	0.7401	0.2451	1.4211	-0.0061	0.0038	0.0403	0.0878	-0.054	-0.0704	0.1087	-0.0145	0.0601	0.0427	-0.0119	0.0134	0.0625	-0.0155	0.0507	-33.3391	-1.3705	14.5952
4	0.2973	0.3124	0.2446	2.2136	-0.406	1.1082	0.0482	0.0704	0.0877	0.1812	-0.2919	0.082	0.0257	-0.1077	0.2437	0.0352	-0.0272	0.0342	0.2149	-0.0523	0.0783	-39.847	-3.6693	7.1172

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	91 - 137
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	1 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B	88 - 137

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