PDB-6vds: Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vds

タイトル

Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor Iron(III) Deuteroporphyrin IX and Substrate 4-bromo-ortho-cresol

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / McGuire, A. / Malewschik, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nonnative Heme Incorporation into Multifunctional Globin Increases Peroxygenase Activity an Order and Magnitude Compared to Native Enzyme
著者: McGuire, A.H. / Petit, A.R. / Kang, J. / Malewschik, T. / de Serrano, V. / Carey, L.M. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2019年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月30日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_reflns_twin Item: _pdbx_reflns_twin.crystal_id / _pdbx_reflns_twin.diffrn_id
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vds.cif.gz	129.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vds.ent.gz	98.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vd3C 6vd4C 6vd5C 6vd6C 6vdrC 6vdtC 6vduC 6vdvC 6vdwC 6vdxC 6vdyC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ong-1 6oo6-1 6vdr-1 6vdy-1 6onk-1 6onx-2 6onz-1 6ch6-1 6vdt-1 6vd4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

33 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.562, 67.491, 67.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Gold(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 90分子

#2: 化合物	ChemComp-FDE / FE(III) DEUTEROPORPHYRIN IX 分子量: 564.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₂₈FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MWJ / 4-bromo-2-methylphenol / 2-メチル-4-ブロモフェノ-ル分子量: 187.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇BrO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Sulphate MPEG 2000, 29-33%

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.6947
pseudo-merohedral	1	1	-H, L, K	2	0.3053

反射

解像度: 1.97→47.89 Å / Num. obs: 19237 / % possible obs: 96.42 % / 冗長度: 9.1 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 22.3

反射シェル

解像度: 1.97→2.02 Å / Num. unique obs: 930 / CC_1/2: 0.646

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.97→47.885 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 7.46 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.043 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2558	1021	5.307 %
R_work	0.2154	-	-
all	0.218	-	-
obs	-	19237	96.416 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.946 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.818 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.33 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.488 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→47.885 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2118	0	138	76	2332

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2749
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.363	1.73	3790
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.335	1.63	5648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.801	5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.355	22.329	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.866	15	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.895	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.164	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	650
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	765
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.106	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.259	2.653	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.258	2.653	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.895	3.973	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.894	3.974	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.291	2.922	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.274	2.914	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.849	4.383	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.836	4.37	2101
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.386	32.732	3410
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.343	32.719	3404

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-2.022	0.305	49	0.289	930	X-RAY DIFFRACTION	68.2706
2.022-2.077	0.489	67	0.268	1300	X-RAY DIFFRACTION	96.6761
2.077-2.137	0.356	63	0.291	1290	X-RAY DIFFRACTION	97.9725
2.137-2.203	0.307	76	0.23	1241	X-RAY DIFFRACTION	97.5556
2.203-2.275	0.208	43	0.258	1222	X-RAY DIFFRACTION	98.4436
2.275-2.354	0.28	83	0.25	1165	X-RAY DIFFRACTION	99.601
2.354-2.443	0.325	73	0.24	1114	X-RAY DIFFRACTION	97.0564
2.443-2.542	0.229	61	0.225	1085	X-RAY DIFFRACTION	99.2208
2.542-2.655	0.289	46	0.207	1055	X-RAY DIFFRACTION	97.8667
2.655-2.784	0.278	48	0.227	1016	X-RAY DIFFRACTION	99.5323
2.784-2.934	0.343	75	0.215	958	X-RAY DIFFRACTION	99.4225
2.934-3.112	0.232	31	0.233	954	X-RAY DIFFRACTION	99.5956
3.112-3.325	0.258	46	0.219	859	X-RAY DIFFRACTION	99.0153
3.325-3.59	0.28	56	0.217	812	X-RAY DIFFRACTION	100.6961
3.59-3.931	0.228	50	0.2	719	X-RAY DIFFRACTION	96.3659
3.931-4.391	0.199	44	0.174	676	X-RAY DIFFRACTION	99.5851
4.391-5.063	0.219	31	0.179	623	X-RAY DIFFRACTION	99.2413
5.063-6.184	0.182	40	0.217	517	X-RAY DIFFRACTION	100.1798
6.184-8.674	0.187	20	0.192	429	X-RAY DIFFRACTION	100.2232
8.674-47.885	0.254	19	0.181	251	X-RAY DIFFRACTION	98.1818

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0669	-0.1609	-0.0835	0.5663	0.0304	0.2706	-0.0182	0.0009	-0.0095	0.0683	-0.0256	-0.0143	-0.0084	0.0092	0.0438	0.0203	-0.0104	-0.0017	0.079	0.0144	0.0108	3.7144	1.8438	-18.5194
2	0.596	0.6121	0.6089	1.3365	0.3723	0.9003	-0.0384	0.0976	0.1044	0.0332	-0.207	0.0145	0.0491	0.2231	0.2454	0.0743	-0.0274	0.0483	0.1483	0.0653	0.0927	9.6415	3.8014	-26.9947
3	0.1536	-0.1803	-0.0834	0.2874	-0.0547	0.3933	0.007	-0.0081	-0.0098	-0.0476	-0.0196	0.01	0.0753	0.0159	0.0126	0.034	0.0029	-0.0103	0.0657	0.0011	0.0097	-18.6159	2.5448	-18.438
4	0.7407	-0.0429	0.5053	0.3019	-0.2505	0.5184	0.0567	0.0417	0.0344	0.0104	0.0205	0.1194	0.0552	0.0089	-0.0771	0.0656	-0.0054	-0.0084	0.0592	0.0103	0.056	-25.1374	9.5972	-20.8097

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	91 - 137
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	1 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B	88 - 137

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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