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- PDB-6vdd: POL domain of Pol1 from M. smegmatis complex with DNA primer-temp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vdd
タイトルPOL domain of Pol1 from M. smegmatis complex with DNA primer-template and dNTP
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*A*(DCT))-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
  • DNA polymerase I
キーワードTRANSFERASE/DNA / mycobacteria / DNA polymerase / apoenzyme / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 ...DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Shuman, S. / Goldgur, Y. / Ghosh, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30-CA008748 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Mycobacterial DNA polymerase I: activities and crystal structures of the POL domain as apoenzyme and in complex with a DNA primer-template and of the full-length FEN/EXO-POL enzyme.
著者: Ghosh, S. / Goldgur, Y. / Shuman, S.
履歴
登録2019年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*A*(DCT))-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA polymerase I
E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*A*(DCT))-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,92414
ポリマ－148,8766
非ポリマー1,0488
水14,628812
1
A: DNA polymerase I
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*A*(DCT))-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6658
ポリマ－74,1173
非ポリマー5485
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area26860 Å2
手法PISA
2
D: DNA polymerase I
E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*A*(DCT))-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2596
ポリマ－74,7593
非ポリマー5003
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area27190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.664, 233.805, 169.289
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 DNA polymerase I


分子量: 66477.562 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 304-908 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: polA, MSMEI_3749
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: I7G3P9, UniProt: A0QYZ2*PLUS, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 3種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*A*(DCT))-3')


分子量: 3358.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4280.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4923.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 820分子

#5: 化合物 ChemComp-DCT / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / ddCTP


タイプ: DNA linking / 分子量: 451.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 812 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M MES, 25% PEG4000 / Temp details: ambient

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月24日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 104295 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 34.17 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 35.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 5171 / CC1/2: 0.753 / Rpim(I) all: 0.414

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472+SVN精密化
PHENIX1.15.2_3472+SVN精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→48.53 Å / SU ML: 0.1915 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.3512
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 2000 1.92 %
Rwork0.1907 --
obs0.1916 104226 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8752 1025 6 812 10595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008610035
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.047513802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05411566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561637
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.01775882
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.30371380.28837077X-RAY DIFFRACTION97.84
1.95-20.29271420.26477235X-RAY DIFFRACTION99.88
2-2.060.2661410.24567239X-RAY DIFFRACTION99.88
2.06-2.120.3041420.22817224X-RAY DIFFRACTION99.86
2.12-2.20.27041420.22547263X-RAY DIFFRACTION99.74
2.2-2.290.27751430.21737296X-RAY DIFFRACTION99.99
2.29-2.390.25721420.21187268X-RAY DIFFRACTION99.96
2.39-2.520.24051420.21567261X-RAY DIFFRACTION99.97
2.52-2.680.25721440.2197327X-RAY DIFFRACTION99.99
2.68-2.880.27061420.21727284X-RAY DIFFRACTION99.68
2.88-3.170.24671430.21167350X-RAY DIFFRACTION99.97
3.17-3.630.2491440.18497352X-RAY DIFFRACTION99.99
3.63-4.570.21111460.14947404X-RAY DIFFRACTION99.64
4.57-48.50.18971490.16057646X-RAY DIFFRACTION99.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.319229167231.08685204926-0.7403816227522.041394051740.431262085493.217206910780.301375690755-0.180481965859-0.2006185872220.13416711197-0.0339960315480.1921970541770.446013898889-0.836493169499-0.2140965290670.300173572509-0.156954833369-0.09383313595570.4352048744540.1038295382940.274665284526-48.4157962187-52.7644985498-20.4384674745
21.24808114402-0.05805685831450.2797480492891.194487233130.02207984775880.942865837280.0479881059094-0.04616728355750.3404785972210.05197447576550.054846279239-0.0982105545737-0.298202553027-0.101019018983-0.09039965674490.264860008481-0.02408336586350.09971977726070.2285152224590.003043027486740.271329112403-36.1328142223-21.8227708562-17.6049369828
31.275815715410.2162672573940.6090240300331.028709656190.08728404574962.12385313346-0.1686761114810.214673658827-0.000432049342323-0.1922309975330.118213488037-0.367998847094-0.4953747930170.3354476044270.05372239047110.35019597344-0.1169555450750.07812855726850.255715123465-0.0361540555410.267193892714-17.4625424847-31.3683774267-20.5785631594
44.68211872076-2.219396986771.861633510113.99122902352-1.247040145455.4473807079-0.07361427295330.0732547374381-0.313590600016-0.04036503497750.1531173671420.574142312833-0.334076246319-0.820102457714-0.2007347119740.352164831294-0.02959849893390.0927680581940.421195480596-0.02297324892540.402530493312-39.4025033253-18.7963101698-25.1373371832
55.62137346598-1.1860080301-0.5284214568685.60558189783-0.07632283922132.563247403-0.2445699602280.535918672470.0964134745917-0.5065978297630.134029312720.49641405907-0.0796315655074-0.3776810939670.100372914610.403925770803-0.0476955665902-0.04030192733740.3669809050850.0100518644350.248154303642-39.4036318598-18.4166266207-27.4459542537
63.891422742881.4843145190.5309502481912.398023573030.2189273496912.483586659610.169431096382-0.07235076111740.246839161702-0.03299763093830.0575102256429-0.387327693313-0.2614932899330.550774702132-0.1700737734610.275010973049-0.1032309559220.1200733383510.36581990552-0.09540324363780.412825620586-16.5847823955-68.336683784-23.7833984772
72.10528500979-0.699664378423-0.894147426421.532693564580.4181062528090.932429590999-0.165608893869-0.0443968470247-0.4167437888010.08536305650830.03843111003830.1672212519240.2775193079680.08698441752640.09381781078120.303554015201-0.0625613373331-0.02806844452250.241331092302-0.02524754562680.293179545904-31.9610767034-100.531174678-15.8819805489
82.642405571360.454188183983-1.504155169792.904027246060.1282433428852.40334110321-0.503285139690.299809510773-0.193798467158-0.2247635279840.1987683062480.4082376854210.946943052188-0.2720402155290.3100173338230.692800538382-0.0942538339023-0.07146811675080.4137237618310.003644534309750.347956149313-52.4386225767-96.2955336553-28.530468546
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 321 through 475 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 476 through 670 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 671 through 908 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 11 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 7 through 20 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 322 through 498 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 499 through 707 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 708 through 811 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 812 through 908 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 1 through 11 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 8 through 20 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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