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- PDB-6vd6: Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vd6
タイトルCrystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor Iron(III) Mesoporphyrin IX and Substrate 4-nitrophenol
要素Dehaloperoxidase B
キーワードOXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mesoheme / P-NITROPHENOL / Dehaloperoxidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Amphitrite ornata (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.563 Å
データ登録者Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / Malewschik, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nonnative Heme Incorporation into Multifunctional Globin Increases Peroxygenase Activity an Order and Magnitude Compared to Native Enzyme
著者: McGuire, A.H. / Petit, A.R. / Kang, J. / Malewschik, T. / de Serrano, V. / Carey, L.M. / Ghiladi, R.A.
履歴
登録2019年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehaloperoxidase B
B: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,66410
ポリマ-30,8292
非ポリマー1,8368
3,045169
1
A: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4286
ポリマ-15,4141
非ポリマー1,0145
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2364
ポリマ-15,4141
非ポリマー8223
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.138, 67.927, 67.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dehaloperoxidase B


分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Gold(DE3)plysS / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 177分子

#2: 化合物 ChemComp-MH0 / Mesoheme


分子量: 620.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C34H36FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL


分子量: 139.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H5NO3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Sulphate MPEG 2000, 29-33%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→37.3 Å / Num. obs: 35281 / % possible obs: 94.48 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 29.4
反射 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / Num. unique obs: 2132 / CC1/2: 0.741

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IXF
解像度: 1.563→37.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.995 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2161 1951 5.24 %
Rwork0.1836 --
all0.185 --
obs-37232 94.483 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.272 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.891 Å20 Å2-0 Å2
2---0.444 Å20 Å2
3----0.447 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.563→37.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2159 0 124 169 2452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132627
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0011.6453607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6361.5765473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9625343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_1_deg0.579101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3423.333135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg11.6521015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.39115474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.4971516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1840.22142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.21264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.21051
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0580.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2970.231
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2910.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1350.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8721.3471242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8711.3471241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3112.0251588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3112.0261589
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5841.5731385
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5611.5691378
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.42.2972002
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3712.2891991
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.67116.5743207
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.63816.4413186
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.563-1.6030.3331460.2412132X-RAY DIFFRACTION78.9875
1.603-1.6470.2751170.2142426X-RAY DIFFRACTION90.9514
1.647-1.6950.2581260.2092469X-RAY DIFFRACTION95.2993
1.695-1.7470.2271190.1942479X-RAY DIFFRACTION98.0747
1.747-1.8040.2161180.1682379X-RAY DIFFRACTION97.9984
1.804-1.8680.2111340.1692309X-RAY DIFFRACTION98.0337
1.868-1.9380.211480.1752192X-RAY DIFFRACTION97.622
1.938-2.0170.2061290.1652119X-RAY DIFFRACTION97.3582
2.017-2.1060.2331000.172064X-RAY DIFFRACTION96.91
2.106-2.2090.194950.1671985X-RAY DIFFRACTION96.8343
2.209-2.3280.2261000.1741844X-RAY DIFFRACTION96.4764
2.328-2.4690.1581000.1611748X-RAY DIFFRACTION95.0617
2.469-2.6390.199960.1671632X-RAY DIFFRACTION95.8935
2.639-2.850.225720.1821545X-RAY DIFFRACTION95.2297
2.85-3.1210.239800.1931416X-RAY DIFFRACTION94.8036
3.121-3.4870.227750.2061266X-RAY DIFFRACTION94.0393
3.487-4.0230.204770.1851125X-RAY DIFFRACTION93.9797
4.023-4.9190.167530.167957X-RAY DIFFRACTION92.3218
4.919-6.920.242390.223766X-RAY DIFFRACTION92.4225
6.92-37.30.272270.212428X-RAY DIFFRACTION87.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3019-0.0255-0.03470.3449-0.1190.1878-0.0285-0.0704-0.002-0.00270.0048-0.05060.00080.00460.02370.0376-0.00830.00320.0457-0.00110.0333-14.76827.0724-15.3554
21.67251.08410.31633.08042.07471.5406-0.08880.089-0.0870.00010.1029-0.01160.02160.0238-0.0140.00950.01390.0240.10960.07130.1043-31.1903-1.473-12.4194
31.7491-1.13892.9519.2222-4.85975.99720.15040.1167-0.1527-0.09590.10920.08860.25620.1297-0.25960.0484-0.0181-0.0010.0507-0.00780.0457-26.861-9.8607-15.9902
40.92410.1828-0.51490.3911-0.19280.9591-0.07630.0065-0.0617-0.0122-0.0079-0.02660.07830.02640.08420.05320.00880.00570.0273-0.00290.0264-17.4249-6.1293-11.8206
50.3887-0.3366-0.0510.5059-0.38050.86250.05620.03010.0011-0.0666-0.0555-0.00230.03130.0286-0.00080.04090.0049-0.00220.0519-0.00510.0334-17.10358.2989-29.734
61.8409-1.4871-0.61682.9864-0.39650.65510.0590.03-0.106-0.2553-0.06370.17090.09340.01460.00470.1265-0.0241-0.05980.0289-0.00470.0458-23.4439-5.1814-30.668
71.7196-1.5659-1.00343.78852.36041.47410.0090.009-0.0532-0.0450.0083-0.0091-0.0173-0.007-0.01740.0446-0.0528-0.03910.07520.04610.0493-30.39252.0498-22.9476
81.17110.81230.01922.37871.9262.0311-0.0128-0.03950.1585-0.00610.04440.08710.00580.0398-0.03160.0320.00310.00330.08610.01340.0402-23.028111.2459-13.6794
91.22340.28211.08121.06620.91921.55860.0718-0.08470.07370.0003-0.03250.02630.0574-0.1006-0.03930.0216-0.00970.00220.06040.00040.0827-21.66315.3899-20.2398
100.650.22641.08220.39221.2744.37230.0902-0.0612-0.0377-0.0074-0.0810.00730.0498-0.2792-0.00920.0718-0.0201-0.0340.07620.00190.0171-30.16674.359-32.227
110.1878-0.00670.14490.0887-0.1370.47280.0030.0038-0.06360.00030.025-0.0146-0.0274-0.0443-0.0280.03260.0029-0.00920.04090.00960.04762.5499-1.8949-23.8556
120.2773-1.1213-0.354.99640.91610.9948-0.02550.01270.00960.0996-0.148-0.18710.04130.06270.17350.02910.0024-0.0150.073-0.01260.095313.0294-3.0864-9.5569
132.0837-2.86461.16814.5016-0.48893.01610.0443-0.1737-0.2742-0.01990.20360.30750.0697-0.0699-0.24790.0175-0.032-0.01160.0810.05270.08253.2295-10.9524-10.161
141.4492-0.0495-0.48361.4005-0.66341.7301-0.0841-0.03-0.02230.08080.0361-0.03150.0251-0.06760.0480.02920.00970.00220.0460.01580.03550.43590.7882-13.311
150.58390.6202-0.40531.0846-0.9080.81840.0281-0.02090.04890.04150.01130.061-0.04-0.0175-0.03950.0475-0.00080.00040.0410.00910.04292.512.2381-27.2515
160.13740.58190.60822.49982.5592.69850.0297-0.01430.00510.1502-0.0858-0.03250.0703-0.050.05620.124-0.0925-0.06580.08490.01690.10318.143115.7834-18.3951
176.1467-2.1679-3.48340.80241.58695.37820.1574-0.36990.0894-0.0530.1186-0.0543-0.04470.0901-0.2760.0764-0.054-0.03310.05360.020.033213.17399.9764-12.9897
182.48050.52651.50941.56180.97081.21170.0720.11840.00320.0872-0.0648-0.05050.07010.0326-0.00710.0382-0.0035-0.0190.03530.02290.066710.4683-1.3486-26.8728
192.69842.4771.35022.86151.37821.01490.0050.1035-0.04290.03160.038-0.09560.01680.0517-0.04290.03510.0011-0.00890.02820.0010.04277.29813.525-32.926
200.4497-0.5010.01584.89742.13691.07510.0823-0.0081-0.1148-0.02010.1012-0.25730.01560.052-0.18340.1005-0.0483-0.04930.0416-0.00010.074815.761114.7125-22.386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA1 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2ALLA27 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3ALLA34 - 37
4X-RAY DIFFRACTION4ALLA38 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5ALLA61 - 83
6X-RAY DIFFRACTION6ALLA84 - 90
7X-RAY DIFFRACTION7ALLA91 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8ALLA100 - 111
9X-RAY DIFFRACTION9ALLA112 - 128
10X-RAY DIFFRACTION10ALLA129 - 137
11X-RAY DIFFRACTION11ALLB1 - 30
12X-RAY DIFFRACTION12ALLB31 - 39
13X-RAY DIFFRACTION13ALLB40 - 50
14X-RAY DIFFRACTION14ALLB51 - 60
15X-RAY DIFFRACTION15ALLB61 - 77
16X-RAY DIFFRACTION16ALLB78 - 86
17X-RAY DIFFRACTION17ALLB87 - 94
18X-RAY DIFFRACTION18ALLB95 - 111
19X-RAY DIFFRACTION19ALLB112 - 128
20X-RAY DIFFRACTION20ALLB129 - 137

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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