PDB-6vd4: Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vd4

タイトル

Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor Iron(III) Mesoporphyrin IX and Substrate 4-bromo-ortho-cresol

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.954 Å

データ登録者

Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / Malewschik, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nonnative Heme Incorporation into Multifunctional Globin Increases Peroxygenase Activity an Order and Magnitude Compared to Native Enzyme
著者: McGuire, A.H. / Petit, A.R. / Kang, J. / Malewschik, T. / de Serrano, V. / Carey, L.M. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2019年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vd4.cif.gz	132.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vd4.ent.gz	101.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vd4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vd4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vd3C 6vd5C 6vd6C 6vdrC 6vdsC 6vdtC 6vduC 6vdvC 6vdwC 6vdxC 6vdyC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ch5-2 6onk-1 6onz-1 6vdu-1 6oo6-1 6onx-1 6onx-2 4kmv-2 6vd6-1 6vdv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
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ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
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エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
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#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.867, 68.078, 67.631
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Gold(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 126分子

#2: 化合物	ChemComp-MH0 / Mesoheme 分子量: 620.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₆FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MWJ / 4-bromo-2-methylphenol / 2-メチル-4-ブロモフェノ-ル分子量: 187.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇BrO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Sulphate, MPEG 2000, 29-33%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→30.42 Å / Num. obs: 20289 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 2.4 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.95→2.01 Å / Num. unique obs: 1361 / CC_1/2: 0.649

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.954→30.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 10.363 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.179 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2418	1013	5.022 %
R_work	0.1952	-	-
all	0.198	-	-
obs	-	19160	99.418 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.718 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.16 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.382 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.222 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.954→30.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2154	0	122	118	2394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2626
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.795	1.642	3598
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.435	1.576	5455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.107	5	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_1_deg	15.041	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.839	22.899	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	16.685	10	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.86	15	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.075	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	581
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.2	699
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.27	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.243	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.082	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.876	1.614	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.874	1.613	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.389	2.424	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.389	2.426	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.325	1.875	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.311	1.87	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.113	2.778	2009
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.097	2.769	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.002	20.379	3235
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.991	20.259	3219

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.954-2.005	0.283	62	0.274	1361	X-RAY DIFFRACTION	96.3439
2.005-2.059	0.298	68	0.243	1355	X-RAY DIFFRACTION	99.6499
2.059-2.119	0.261	60	0.231	1332	X-RAY DIFFRACTION	99.9282
2.119-2.184	0.288	75	0.224	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.184-2.256	0.249	60	0.188	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.256-2.335	0.237	56	0.191	1230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.335-2.423	0.238	54	0.196	1176	X-RAY DIFFRACTION	100
2.423-2.521	0.244	46	0.175	1129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.521-2.633	0.291	82	0.182	1067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.633-2.761	0.243	57	0.184	1033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.761-2.91	0.241	66	0.176	1000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.086	0.171	53	0.166	940	X-RAY DIFFRACTION	99.499
3.086-3.298	0.234	49	0.206	871	X-RAY DIFFRACTION	99.675
3.298-3.561	0.269	48	0.208	825	X-RAY DIFFRACTION	99.6575
3.561-3.898	0.19	45	0.177	760	X-RAY DIFFRACTION	98.652
3.898-4.355	0.253	32	0.164	692	X-RAY DIFFRACTION	98.6376
4.355-5.022	0.289	25	0.18	623	X-RAY DIFFRACTION	98.7805
5.022-6.133	0.326	24	0.249	547	X-RAY DIFFRACTION	99.651
6.133-8.604	0.218	29	0.185	428	X-RAY DIFFRACTION	99.5643
8.604-30.42	0.159	22	0.209	245	X-RAY DIFFRACTION	95.3571

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3695	0.39	-0.983	1.3451	-0.8322	0.9549	-0.0853	-0.0862	-0.0271	-0.0517	0.0188	-0.0781	0.0728	0.0438	0.0665	0.1148	-0.011	-0.0024	0.0736	0.0035	0.0974	-14.5909	6.9657	-15.2013
2	2.4508	1.3684	-3.1329	1.4034	-1.1385	4.5946	-0.0675	0.3235	0.1573	0.0926	0.2589	0.1197	0.2172	-0.3615	-0.1913	0.0336	-0.0026	-0.0126	0.1237	0.0876	0.1588	-30.447	-1.0089	-11.9838
3	0.0451	0.2044	-0.5559	0.9519	-2.585	7.0265	-0.0007	0.0215	0.0015	-0.0564	0.1005	0.0424	0.1618	-0.2808	-0.0998	0.1814	-0.0674	-0.0183	0.0771	-0.0497	0.0957	-26.357	-10.1089	-15.5145
4	1.5736	0.7442	-1.0719	0.3984	-0.9007	4.1597	-0.2134	-0.0305	-0.0263	-0.1327	-0.0193	-0.028	0.4621	0.104	0.2328	0.1849	0.0406	0.0477	0.0167	0.0266	0.0866	-17.3771	-6.2891	-11.6896
5	2.3834	-1.276	1.3345	2.2443	-1.1911	0.8959	0.2101	0.0618	-0.1466	-0.0806	-0.1087	0.1096	0.091	0.0575	-0.1014	0.135	0.0208	-0.005	0.0434	-0.0181	0.1232	-16.9602	8.2622	-29.571
6	3.6666	2.9893	-2.9892	2.9297	-4.5775	11.7382	-0.0846	-0.1775	0.5782	-0.2948	-0.2174	0.2938	1.0477	0.4598	0.302	0.3	-0.0217	-0.0524	0.0371	0.0347	0.23	-23.3554	-5.2706	-30.5657
7	1.7847	0.8945	2.1461	2.1314	-1.5052	6.5383	0.1475	-0.2131	-0.1211	0.0002	0.0509	-0.0253	0.2876	-0.5022	-0.1984	0.0575	-0.0487	-0.0479	0.1485	0.0516	0.1168	-30.3363	2.0339	-22.8044
8	2.5206	2.8842	1.5141	3.3067	1.6052	4.001	0.0187	0.1067	0.3089	0.0209	0.1286	0.3685	0.1676	0.126	-0.1473	0.0727	0.0339	0.0286	0.0846	0.011	0.1186	-23.0269	11.2058	-13.541
9	4.852	1.6219	5.5921	3.2894	2.6954	6.7416	0.0343	-0.2879	-0.0219	-0.1011	0.059	0.0007	-0.0392	-0.3166	-0.0933	0.074	0.0042	0.048	0.0826	0.0467	0.1189	-21.5694	15.2513	-20.0974
10	9.9733	-5.2526	-5.378	5.0215	2.6475	2.9836	-0.2963	0.6209	0.1447	0.1412	0.5122	0.3507	0.2298	-0.4803	-0.2159	0.112	-0.1029	-0.1195	0.4398	0.2803	0.2333	-29.8996	4.3308	-32.2451
11	1.3077	0.1696	0.3296	0.1888	-0.0755	0.4367	0.0027	-0.0483	-0.1481	-0.0534	0.0661	0.0085	-0.0345	-0.0106	-0.0687	0.0959	-0.0004	-0.0096	0.0669	0.0097	0.1229	2.5881	-1.9376	-23.7623
12	3.5079	0.2261	-3.4953	4.2171	1.9508	6.4278	0.0407	-0.3	0.0805	0.3499	-0.005	-0.4473	0.0827	0.3991	-0.0356	0.0369	-0.0109	-0.0602	0.0794	-0.0175	0.1637	12.9067	-3.9345	-9.1966
13	8.2708	-6.3195	0.1683	8.0024	-3.8458	4.3575	0.0335	-0.5335	-0.2191	0.0499	0.4816	0.6126	-0.0776	-0.0884	-0.5151	0.0671	0.006	0.0294	0.046	0.0552	0.1669	3.2046	-11.1894	-10.3669
14	2.4706	-0.5944	-1.7389	3.8486	-4.4747	8.4663	-0.0636	-0.1204	0.1047	0.2563	0.1549	0.0978	-0.0863	0.036	-0.0913	0.1135	0.0347	0.0044	0.0586	0.0193	0.0794	0.5123	0.5958	-13.3631
15	1.9686	1.8055	-2.0229	2.4668	-2.8648	3.3386	0.1316	-0.0031	0.1654	0.0931	0.0226	0.1466	-0.0971	-0.0152	-0.1542	0.1137	0.0011	0.0068	0.0467	-0.0048	0.122	2.722	12.1892	-27.0107
16	0.1217	0.7057	0.4816	4.2563	2.7897	1.9255	0.0037	-0.0131	-0.0248	0.0122	0.0769	-0.2386	-0.0449	-0.0458	-0.0807	0.1677	-0.0263	-0.0408	0.1681	-0.0575	0.0902	8.4534	15.5677	-18.1702
17	0.9706	-2.8104	-1.0739	8.2622	3.1955	1.2955	-0.0352	-0.0332	-0.0054	-0.0474	0.1342	-0.0115	-0.0673	0.1272	-0.0991	0.1886	-0.088	0.021	0.1749	-0.0804	0.1762	13.9084	9.169	-13.5254
18	5.1849	2.8781	4.4783	4.6874	3.5442	4.2388	0.0319	0.2331	0.205	0.0233	-0.1902	-0.0485	0.0313	0.0941	0.1583	0.0961	-0.009	0.0103	0.047	0.0406	0.1477	10.5886	-1.5153	-26.8774
19	4.8218	4.2526	1.6874	4.4661	2.2006	1.4555	-0.0334	0.166	-0.1696	-0.0575	0.0584	-0.2246	-0.0641	0.0596	-0.025	0.125	0.0053	-0.0231	0.0779	0.0473	0.1232	7.4631	3.4748	-32.8044
20	8.4435	-5.1232	2.4154	3.1209	-1.5817	4.5658	0.048	-0.2741	0.4422	0.0208	0.1521	-0.2767	0.1891	0.2178	-0.2001	0.2734	-0.0775	-0.1095	0.0622	-0.01	0.1762	16.66	14.066	-21.3973

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	27 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	34 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	38 - 60
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	61 - 83
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	A	84 - 90
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	A	91 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	A	100 - 111
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	A	112 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	A	129 - 137
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	B	1 - 30
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	B	31 - 39
13	X-RAY DIFFRACTION	13	ALL	B	40 - 50
14	X-RAY DIFFRACTION	14	ALL	B	51 - 60
15	X-RAY DIFFRACTION	15	ALL	B	61 - 77
16	X-RAY DIFFRACTION	16	ALL	B	78 - 86
17	X-RAY DIFFRACTION	17	ALL	B	87 - 94
18	X-RAY DIFFRACTION	18	ALL	B	95 - 111
19	X-RAY DIFFRACTION	19	ALL	B	112 - 128
20	X-RAY DIFFRACTION	20	ALL	B	129 - 137

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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