PDB-6vc5: 1.6 Angstrom Resolution Crystal Structure of endoglucanase from K...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vc5

タイトル

1.6 Angstrom Resolution Crystal Structure of endoglucanase from Komagataeibacter sucrofermentans

要素

Endoglucanase

キーワード

HYDROLASE / endoglucanase

機能・相同性

Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / cellulase / cellulase activity / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / carbohydrate metabolic process / Cellulase

機能・相同性情報

生物種

Komagataeibacter sucrofermentans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Wu, R. / Kim, Y. / Jedrzrjczak, R. / Joachimiak, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.6 Angstrom Resolution Crystal Structure of endoglucanase from Komagataeibacter sucrofermentans
著者: Wu, R. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2019年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vc5.cif.gz	147.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vc5.ent.gz	112.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vc5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vc5_validation.pdf.gz	264.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vc5_full_validation.pdf.gz	264.1 KB	表示
XML形式データ	6vc5_validation.xml.gz	1.3 KB	表示
CIF形式データ	6vc5_validation.cif.gz	6.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vc5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wzzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ur7-1 6yjy-2 2z2o-3 5czl-d 1ygj-d 1k8q-1 2zee-1 1yhj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Endoglucanase

ヘテロ分子

35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.520, 120.520, 47.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Endoglucanase 分子量: 35529.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Komagataeibacter sucrofermentans (バクテリア) 遺伝子: CMCase / プラスミド: PLASMID / 詳細 (発現宿主): pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: O82857
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.6M NaCl, 0.1M MES.NaOH, pH6.5, 20% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.495→50 Å / Num. obs: 55405 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 12.13 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.103 / Χ²: 0.833 / Net I/σ(I): 9.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.5-1.53	3.1	1.306	2744	0.216	0.834	1.557	0.886	99.3
1.53-1.55	3.5	1.373	2741	0.26	0.827	1.61	0.94	99.6
1.55-1.58	4	1.396	2760	0.31	0.782	1.607	0.923	99.7
1.58-1.62	4.5	1.488	2749	0.307	0.781	1.687	0.908	99.9
1.62-1.65	5	1.301	2732	0.505	0.647	1.458	0.913	99.9
1.65-1.69	4.9	1.122	2785	0.554	0.558	1.257	0.927	99.9
1.69-1.73	5.2	0.965	2719	0.636	0.472	1.077	0.922	100
1.73-1.78	5.6	0.724	2793	0.795	0.34	0.801	0.952	100
1.78-1.83	5.6	0.556	2746	0.862	0.261	0.616	0.945	100
1.83-1.89	5.5	0.41	2781	0.903	0.194	0.455	0.941	99.9
1.89-1.96	5.3	0.286	2746	0.945	0.137	0.318	0.944	100
1.96-2.04	5	0.203	2752	0.957	0.101	0.227	0.937	99.5
2.04-2.13	5.6	0.158	2774	0.978	0.073	0.174	0.859	99.9
2.13-2.24	5.7	0.116	2751	0.984	0.054	0.128	0.793	100
2.24-2.38	5.6	0.091	2801	0.988	0.042	0.1	0.714	99.9
2.38-2.56	5.4	0.077	2763	0.988	0.036	0.086	0.715	100
2.56-2.82	5.5	0.067	2784	0.991	0.031	0.074	0.691	100
2.82-3.23	5.8	0.062	2794	0.993	0.028	0.068	0.696	100
3.23-4.07	5.3	0.056	2816	0.994	0.026	0.062	0.68	99.7
4.07-50	5.6	0.056	2874	0.991	0.025	0.062	0.572	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1-2575_1309	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1wzz

1wzz

解像度: 1.5→38.112 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.32

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1756	2465	4.95 %
R_work	0.1553	-	-
obs	0.1564	49781	89.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.85 Å² / B_iso mean: 16.1254 Å² / B_iso min: 3.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→38.112 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2497	0	24	377	2898
B_iso mean	-	-	31.42	31.72	-
残基数	-	-	-	-	318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2643
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.079	3608
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	377
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	460
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.731	922

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5-1.5236	0.3128	40	0.2416	616	21
1.5236-1.5547	0.2337	63	0.1901	1376	48
1.5547-1.5885	0.2232	121	0.1811	2169	74
1.5885-1.6255	0.2267	121	0.1737	2545	88
1.6255-1.6661	0.2113	123	0.1659	2732	93
1.6661-1.7112	0.2002	142	0.1591	2748	95
1.7112-1.7615	0.1889	165	0.1527	2884	99
1.7615-1.8184	0.1883	161	0.1489	2853	99
1.8184-1.8834	0.1794	158	0.1428	2930	100
1.8834-1.9588	0.1847	171	0.1364	2862	100
1.9588-2.0479	0.1663	158	0.135	2915	99
2.0479-2.1559	0.1745	120	0.1413	2968	100
2.1559-2.2909	0.1446	157	0.1415	2896	100
2.2909-2.4678	0.1761	144	0.1507	2950	100
2.4678-2.7161	0.1923	165	0.1661	2919	100
2.7161-3.1089	0.1724	152	0.1639	2956	100
3.1089-3.9163	0.1674	146	0.1548	2966	100
3.9163-38.112	0.1566	158	0.162	3031	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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