PDB-6vc0: Crystal structure of the horse MLKL pseudokinase domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vc0

タイトル

Crystal structure of the horse MLKL pseudokinase domain

要素

Mixed lineage kinase domain like pseudokinase

キーワード

TRANSFERASE / Cell death / necroptosis / pseudokinase

機能・相同性

機能・相同性情報

execution phase of necroptosis / necroptotic signaling pathway / protein homotrimerization / necroptotic process / cell junction / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / protein kinase activity / protein-containing complex binding / protein kinase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.746 Å

データ登録者

Davies, K.A. / Czabotar, P.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Distinct pseudokinase domain conformations underlie divergent activation mechanisms among vertebrate MLKL orthologues.
著者: Davies, K.A. / Fitzgibbon, C. / Young, S.N. / Garnish, S.E. / Yeung, W. / Coursier, D. / Birkinshaw, R.W. / Sandow, J.J. / Lehmann, W.I.L. / Liang, L.Y. / Lucet, I.S. / Chalmers, J.D. / ...

履歴

登録	2019年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vc0.cif.gz	342.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vc0.ent.gz	280.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vc0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vc0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vbzC 4mwiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rfj-2 6rfi-2 5ng3-2 2w5a-d 5ng3-1 3qqu-4 6f3e-1 5uit-2 6ti8-1 3lmg-1 6qg7-d 6thx-1 7kl0-2 5yva-d 6d20-d 5k75-3 5n93-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mixed lineage kinase domain like pseudokinase

B: Mixed lineage kinase domain like pseudokinase

C: Mixed lineage kinase domain like pseudokinase

ヘテロ分子

100 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mixed lineage kinase domain like pseudokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mixed lineage kinase domain like pseudokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Mixed lineage kinase domain like pseudokinase

登録者が定義した集合体
33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.532, 124.775, 81.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.750, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Mixed lineage kinase domain like pseudokinase 分子量: 33337.098 Da / 分子数: 3 / 断片: pseudokinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: MLKL 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: F6S337
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.76 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.74→43.953 Å / Num. obs: 37172 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.912 % / B_iso Wilson estimate: 53.53 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.189 / R_rim(I) all: 0.204 / Χ²: 0.972 / Net I/σ(I): 8.93 / Num. measured all: 256927

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.74-2.9	6.392	1.403	1.11	35819	6072	5604	0.506	1.526	92.3
2.9-3.1	7.304	0.866	2.15	41611	5710	5697	0.789	0.932	99.8
3.1-3.35	7.072	0.484	4.08	37312	5285	5276	0.918	0.524	99.8
3.35-3.67	6.797	0.268	7.21	33155	4893	4878	0.971	0.291	99.7
3.67-4.1	6.56	0.173	11.21	28909	4421	4407	0.985	0.188	99.7
4.1-4.73	7.1	0.124	16.16	27797	3928	3915	0.994	0.134	99.7
4.73-5.77	7.368	0.12	16.76	24454	3328	3319	0.994	0.129	99.7
5.77-8.11	6.845	0.103	17.55	17757	2601	2594	0.994	0.112	99.7
8.11-43.953	6.824	0.057	28.94	10113	1502	1482	0.998	0.062	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4mwi

4mwi

解像度: 2.746→43.953 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2384	2000	5.43 %
R_work	0.1709	34832	-
obs	0.1747	36832	98.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 197.65 Å² / B_iso mean: 59.352 Å² / B_iso min: 21.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.746→43.953 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6585	0	12	48	6645
B_iso mean	-	-	65.59	45.13	-
残基数	-	-	-	-	812

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	6729
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.279	9060
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1004
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1146
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.199	4114

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.746-2.8144	0.3766	121	0.3158	2112	84
2.8144-2.8905	0.3558	143	0.2834	2497	99
2.8905-2.9755	0.3357	145	0.2448	2513	100
2.9755-3.0715	0.3048	142	0.2177	2485	100
3.0715-3.1813	0.3048	146	0.2188	2529	100
3.1813-3.3086	0.2981	143	0.2052	2516	100
3.3086-3.4591	0.2743	145	0.1748	2515	100
3.4591-3.6414	0.2346	143	0.164	2484	100
3.6414-3.8694	0.2153	145	0.1473	2534	100
3.8694-4.168	0.2338	144	0.1331	2512	100
4.168-4.587	0.1678	144	0.1193	2506	100
4.587-5.2498	0.2085	145	0.1388	2537	100
5.2498-6.6106	0.2092	146	0.1741	2528	100
6.6106-43.953	0.2102	148	0.1723	2564	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1929	-1.5197	0.019	4.5206	0.3751	2.2024	0.2544	-0.1483	-0.579	0.357	-0.5422	0.9335	0.1638	-0.2709	0.2063	0.351	-0.103	0.0146	0.6025	0.056	0.4776	-27.4002	-47.3505	49.6676
2	3.101	-0.0621	-0.3626	2.6821	-0.2688	1.4786	0.2096	-0.3616	-0.0785	0.4149	-0.3581	0.2911	-0.2259	-0.3667	0.081	0.3725	-0.0555	0.1146	0.4653	0.0204	0.3069	-25.3231	-43.3191	48.6501
3	1.5864	0.7286	0.7967	2.0221	0.2629	1.4976	0.2403	-0.1968	-0.0861	-0.0057	0.0224	0.2769	0.31	-0.1763	-0.113	0.3819	-0.017	-0.0205	0.3699	0.0314	0.3914	-29.2108	-52.0084	41.7447
4	3.3512	0.6066	1.0629	2.5776	-0.4296	2.3742	0.2149	-0.3359	0.0552	0.3856	-0.1866	-0.0081	-0.0177	-0.01	-0.0014	0.2756	-0.0364	0.0137	0.3263	0.0146	0.2689	-28.2703	-35.5144	30.9492
5	2.6122	0.2234	0.4188	1.8809	-0.0083	1.8085	-0.1413	0.1211	0.2396	-0.1601	0.0268	0.5195	0.0351	-0.0236	0.0811	0.3424	-0.0079	-0.0401	0.308	-0.0066	0.3868	-41.952	-33.7092	20.6425
6	2.256	-0.021	-0.3168	3.517	0.0846	1.9696	-0.071	0.6637	0.2679	-0.3989	-0.0405	-0.1589	-0.1013	0.5453	0.1545	0.4261	0.0249	-0.0123	0.5756	0.0689	0.3301	-29.0414	-33.6448	13.2126
7	2.9681	0.6548	0.1528	2.3437	-0.4972	3.3921	0.3245	-0.2207	0.4303	0.2093	-0.1334	0.0524	-0.4494	0.2625	-0.1141	0.3565	-0.0557	0.0617	0.3795	-0.0688	0.4028	-65.9424	-50.7989	27.4858
8	1.7124	0.8532	0.4564	2.141	-0.1375	1.1761	-0.0873	-0.0778	0.4892	0.4112	0.2223	0.1386	0.1465	0.042	-0.1245	0.2763	-0.0644	-0.0318	0.4787	0.0468	0.482	-51.1322	-51.5966	25.7766
9	1.5906	-0.6031	1.0185	2.2095	-0.6906	0.609	0.1585	-0.119	0.1022	0.0548	-0.0945	-0.0154	-0.1166	0.0001	-0.0721	0.3045	-0.0393	0.0387	0.2967	-0.0273	0.3031	-59.6786	-65.1345	32.753
10	3.5275	2.0752	-0.9684	1.6861	-0.5376	1.1218	0.3044	-0.4733	0.0321	0.2742	-0.4028	-0.2092	-0.1977	0.1926	0.1244	0.4084	-0.1073	-0.0312	0.4182	0.0647	0.3797	-46.9964	-67.4177	46.5881
11	2.3967	0.0538	-0.8517	1.9978	-0.2463	3.7631	0.1399	-0.0956	-0.9519	-0.023	-0.007	-0.0746	0.5338	0.0993	-0.2535	0.4694	0.0235	-0.0775	0.3634	0.0595	0.5646	-48.6629	-81.6473	40.6174
12	2.7305	-1.13	0.9125	1.9453	-0.6443	4.1382	0.1272	0.3793	-0.3941	-0.3744	0.0914	0.0176	0.3758	0.1502	-0.1508	0.3938	-0.0319	-0.0141	0.3027	-0.0359	0.3619	-64.6605	-75.9273	11.3068
13	2.2593	0.294	1.3701	1.8811	0.7405	3.4887	0.0788	0.0286	-0.0381	-0.092	0.1102	0.0104	0.2473	0.1205	-0.1041	0.2296	0.0006	-0.0005	0.2405	-0.0128	0.2529	-81.2211	-70.7353	20.6593
14	2.0504	0.5516	-0.2901	1.2862	-0.5161	3.1805	0.1522	-0.0548	0.1269	0.0499	0.1571	0.2227	-0.0944	-0.4157	-0.2202	0.2855	-0.0095	0.042	0.3793	0.0642	0.3253	-95.342	-66.0548	16.4559

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 189 through 211 )	A	189 - 211
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 212 through 229 )	A	212 - 229
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 230 through 281 )	A	230 - 281
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 282 through 370 )	A	282 - 370
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 371 through 435 )	A	371 - 435
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 436 through 467 )	A	436 - 467
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 189 through 229 )	B	189 - 229
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 230 through 253 )	B	230 - 253
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 254 through 345 )	B	254 - 345
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 346 through 435 )	B	346 - 435
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 436 through 468 )	B	436 - 468
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 189 through 281 )	C	189 - 281
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 282 through 370 )	C	282 - 370
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 371 through 471 )	C	371 - 471

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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