PDB-6vbz: Crystal structure of the rat MLKL pseudokinase domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vbz

タイトル

Crystal structure of the rat MLKL pseudokinase domain

要素

Mixed lineage kinase domain-like pseudokinase

キーワード

TRANSFERASE / Cell death / necroptosis / pseudokinase

機能・相同性

機能・相同性情報

execution phase of necroptosis / necroptotic signaling pathway / protein homotrimerization / necroptotic process / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP binding / metal ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.192 Å

データ登録者

Davies, K.A. / Czabotar, P.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Distinct pseudokinase domain conformations underlie divergent activation mechanisms among vertebrate MLKL orthologues.
著者: Davies, K.A. / Fitzgibbon, C. / Young, S.N. / Garnish, S.E. / Yeung, W. / Coursier, D. / Birkinshaw, R.W. / Sandow, J.J. / Lehmann, W.I.L. / Liang, L.Y. / Lucet, I.S. / Chalmers, J.D. / ...

履歴

登録	2019年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vbz.cif.gz	226.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vbz.ent.gz	180.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vbz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vc0C 4mwiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1agw-2 6tnc-d 4two-d 2yer-d 2wqm-d 3kyj-d 5nad-d 1xc1-8 5knj-1 4jt3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mixed lineage kinase domain-like pseudokinase

B: Mixed lineage kinase domain-like pseudokinase

ヘテロ分子

67 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mixed lineage kinase domain-like pseudokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mixed lineage kinase domain-like pseudokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.057, 190.057, 77.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-609- HOH

#1: タンパク質	Mixed lineage kinase domain-like pseudokinase / RCG51567 分子量: 33332.113 Da / 分子数: 2 / 断片: pseudokinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mlkl, rCG_51567 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: D3ZKP6
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.55 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: manganese chloride, polyethylene glycol 400, sodium MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→48.577 Å / Num. obs: 42719 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.2 % / B_iso Wilson estimate: 40.16 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 2.19→2.27 Å / R_merge(I) obs: 1.328 / Num. unique obs: 3608 / CC_1/2: 0.88 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
Aimless	0.7.1	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4mwi

4mwi

解像度: 2.192→48.577 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	4265	10 %
R_work	0.1809	38403	-
obs	0.1843	42668	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 131.11 Å² / B_iso mean: 51.3297 Å² / B_iso min: 19.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.192→48.577 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4093	0	6	184	4283
B_iso mean	-	-	91.83	52.53	-
残基数	-	-	-	-	512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.137	5674
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	628
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	728
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.957	2578

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1924-2.2174	0.2825	127	0.2406	1157	92
2.2174-2.2434	0.2988	138	0.2279	1253	100
2.2434-2.2708	0.2757	141	0.2213	1264	100
2.2708-2.2995	0.2483	140	0.2167	1260	100
2.2995-2.3298	0.2628	141	0.2111	1263	100
2.3298-2.3617	0.2466	140	0.2009	1270	100
2.3617-2.3955	0.268	138	0.2013	1246	100
2.3955-2.4312	0.2315	142	0.1966	1285	100
2.4312-2.4692	0.2552	139	0.2008	1256	100
2.4692-2.5097	0.2236	142	0.1969	1271	100
2.5097-2.553	0.2861	139	0.2122	1243	100
2.553-2.5994	0.2408	142	0.2051	1285	100
2.5994-2.6494	0.2152	139	0.1972	1255	100
2.6494-2.7034	0.2341	143	0.2014	1286	100
2.7034-2.7622	0.2557	141	0.1913	1267	100
2.7622-2.8265	0.2441	140	0.2048	1264	100
2.8265-2.8971	0.2078	143	0.1888	1286	100
2.8971-2.9755	0.2454	142	0.1953	1273	100
2.9755-3.063	0.2597	141	0.2023	1272	100
3.063-3.1619	0.253	143	0.2007	1283	100
3.1619-3.2748	0.2537	143	0.2111	1278	100
3.2748-3.4059	0.2313	142	0.1892	1283	100
3.4059-3.5609	0.1894	143	0.1833	1289	100
3.5609-3.7486	0.2069	144	0.1618	1291	100
3.7486-3.9833	0.2079	144	0.1608	1296	100
3.9833-4.2907	0.1687	145	0.1495	1304	100
4.2907-4.7222	0.163	145	0.1343	1311	100
4.7222-5.4047	0.1794	147	0.1602	1327	100
5.4047-6.8064	0.1913	150	0.194	1346	100
6.8064-48.577	0.2121	161	0.1779	1439	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -68.2933 Å / Origin y: 24.6757 Å / Origin z: 12.8966 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2441 Å²	-0.0369 Å²	0.0176 Å²	-	0.1618 Å²	0.0256 Å²	-	-	0.2073 Å²
L	0.2131 °²	-0.2473 °²	0.114 °²	-	1.2794 °²	0.5546 °²	-	-	0.6481 °²
S	-0.0044 Å °	-0.012 Å °	0.0148 Å °	0.0666 Å °	0.0212 Å °	-0.043 Å °	0.0188 Å °	-0.0143 Å °	0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	183 - 454
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	182 - 454
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 7
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 196

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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