[日本語] English
万見
- PDB-6vbn: Crystal Structure of hTDO2 bound to inhibitor GNE1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vbn
タイトルCrystal Structure of hTDO2 bound to inhibitor GNE1
要素Tryptophan 2,3-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/Inhibitor / TDO / IDO / cancer immunotherapy / heme / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to nitroglycerin / tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / tryptophan 2,3-dioxygenase / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding ...response to nitroglycerin / tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / tryptophan 2,3-dioxygenase / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan 2,3-dioxygenase / Tryptophan 2,3-dioxygenase / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-QVY / Tryptophan 2,3-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Harris, S.F. / Oh, A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Implementation of the CYP Index for the Design of Selective Tryptophan-2,3-dioxygenase Inhibitors.
著者: Parr, B.T. / Pastor, R. / Sellers, B.D. / Pei, Z. / Jaipuri, F.A. / Castanedo, G.M. / Gazzard, L. / Kumar, S. / Li, X. / Liu, W. / Mendonca, R. / Pavana, R.K. / Potturi, H. / Shao, C. / ...著者: Parr, B.T. / Pastor, R. / Sellers, B.D. / Pei, Z. / Jaipuri, F.A. / Castanedo, G.M. / Gazzard, L. / Kumar, S. / Li, X. / Liu, W. / Mendonca, R. / Pavana, R.K. / Potturi, H. / Shao, C. / Velvadapu, V. / Waldo, J.P. / Wu, G. / Yuen, P.W. / Zhang, Z. / Zhang, Y. / Harris, S.F. / Oh, A.J. / DiPasquale, A. / Dement, K. / La, H. / Goon, L. / Gustafson, A. / VanderPorten, E.C. / Mautino, M.R. / Liu, Y.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tryptophan 2,3-dioxygenase
B: Tryptophan 2,3-dioxygenase
C: Tryptophan 2,3-dioxygenase
D: Tryptophan 2,3-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,53412
ポリマ－182,0434
非ポリマー3,4918
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25330 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area57790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.475, 143.044, 147.236
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Tryptophan 2,3-dioxygenase / TDO / Tryptamin 2 / 3-dioxygenase / Tryptophan oxygenase / TRPO / Tryptophan pyrrolase / Tryptophanase


分子量: 45510.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDO2, TDO / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P48775, tryptophan 2,3-dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-QVY / 1,5-anhydro-2,3-dideoxy-3-[(5S)-5H-imidazo[5,1-a]isoindol-5-yl]-D-threo-pentitol


分子量: 256.300 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES pH 6.0, 16-19% PEG 6000, 0.2 M calcium chloride, 3% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→102.6 Å / Num. obs: 28850 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 105.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 380597 / Scaling rejects: 1
反射 シェル解像度: 3.17→3.34 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 1.464 / Num. measured all: 57447 / Num. unique obs: 4144 / CC1/2: 0.836 / Rpim(I) all: 0.403 / Rrim(I) all: 1.519 / Net I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.8データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PW8

4pw8


解像度: 3.18→39.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.49
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1383 4.85 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.199 28519 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 223.41 Å2 / Biso mean: 110.84 Å2 / Biso min: 38.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.4738 Å20 Å20 Å2
2--22.3572 Å20 Å2
3----12.8834 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.18→39.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11589 0 260 36 11885
Biso mean--108.49 71.34 -
残基数----1375
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4400SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes328HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1803HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12155HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1432SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13743SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12155HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16446HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.82
LS精密化 シェル解像度: 3.18→3.3 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 157 5.34 %
Rwork0.245 2782 -
all0.247 2939 -
obs--99.86 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る