PDB-6vbf: 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-terminal Domain o...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vbf

タイトル

1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-terminal Domain of Two-component System Response Regulator from Acinetobacter baumannii

要素

Two-component regulatory system response regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / two-component system response regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-terminal Domain of Two-component System Response Regulator from Acinetobacter baumannii
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2019年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vbf.cif.gz	111.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vbf.ent.gz	84.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vbf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vbf_validation.pdf.gz	423.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vbf_full_validation.pdf.gz	424.2 KB	表示
XML形式データ	6vbf_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	6vbf_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbf	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4hhg-2 5hm6-2 2h1g-d 6ont-1 2h1d-d 1su9-d 3c73-d 3gru-d 3ewl-d 2h1a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95894

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (10) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Two-component regulatory system response regulator

B: Two-component regulatory system response regulator

ヘテロ分子

29.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Two-component regulatory system response regulator

ヘテロ分子

A: Two-component regulatory system response regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.819, 51.819, 194.504
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Two-component regulatory system response regulator 分子量: 14501.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: rstA, NCTC13305_01717 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: A0A380UY17
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 7.6 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: PEGs II (H8), 0.2M Calcium acetate, 0.1M HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000. Cryo: 0.2M Calcium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 30 %(w/v) PEG 4000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月14日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 25198 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.077 / R_sym value: 0.071 / Χ²: 1.268 / Net I/σ(I): 28.2
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1210 / CC_1/2: 0.905 / CC star: 0.975 / R_pim(I) all: 0.318 / R_rim(I) all: 0.839 / R_sym value: 0.776 / Χ²: 1.001 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→29.394 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 6.047 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2161	1255	5.006 %
R_work	0.1778	-	-
all	0.18	-	-
obs	-	25072	99.952 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.519 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.662 Å²	0.331 Å²	0 Å²
2-	-	0.662 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.146 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.394 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1908	0	5	141	2054

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.424	1.661	2727
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.38	1.579	4619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.546	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.862	19.839	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.719	15	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.526	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.053	0.02	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.049	0.02	416
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	946
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.121	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.286	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.027	2.233	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.926	2.207	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.758	3.289	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.758	3.291	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.458	2.573	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.457	2.574	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.56	3.724	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.559	3.726	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.76	27.444	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.666	26.901	2150

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.289	89	0.263	1726	0.264	1816	0.796	0.836	99.9449	0.234
1.898-1.95	0.268	93	0.226	1708	0.228	1802	0.844	0.883	99.9445	0.198
1.95-2.006	0.202	96	0.21	1655	0.21	1751	0.928	0.916	100	0.188
2.006-2.067	0.22	88	0.183	1621	0.185	1709	0.927	0.938	100	0.164
2.067-2.135	0.257	59	0.186	1582	0.188	1641	0.901	0.934	100	0.168
2.135-2.209	0.25	94	0.178	1495	0.182	1589	0.923	0.941	100	0.165
2.209-2.292	0.182	64	0.172	1479	0.173	1543	0.949	0.952	100	0.161
2.292-2.385	0.21	68	0.156	1418	0.158	1486	0.944	0.96	100	0.146
2.385-2.491	0.164	69	0.163	1371	0.163	1440	0.959	0.956	100	0.156
2.491-2.611	0.201	73	0.16	1273	0.162	1346	0.95	0.953	100	0.159
2.611-2.751	0.236	72	0.191	1231	0.194	1303	0.927	0.939	100	0.19
2.751-2.916	0.221	52	0.172	1174	0.174	1226	0.943	0.953	100	0.177
2.916-3.116	0.222	54	0.185	1093	0.187	1147	0.922	0.943	100	0.197
3.116-3.362	0.218	60	0.186	1006	0.188	1066	0.934	0.942	100	0.2
3.362-3.678	0.196	68	0.172	935	0.174	1003	0.952	0.957	100	0.192
3.678-4.104	0.232	36	0.167	860	0.17	896	0.942	0.955	100	0.19
4.104-4.724	0.209	42	0.147	768	0.151	810	0.958	0.968	100	0.17
4.724-5.749	0.138	34	0.179	635	0.177	671	0.965	0.961	99.7019	0.205
5.749-7.979	0.365	27	0.219	485	0.224	513	0.927	0.944	99.8051	0.252
7.979-29.394	0.21	17	0.164	302	0.167	320	0.961	0.967	99.6875	0.194

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3203	-0.1306	0.3686	2.8176	-0.4473	5.886	-0.0522	0.0187	-0.2894	-0.006	-0.0541	-0.2156	0.4502	0.2039	0.1063	0.2121	0.1111	-0.007	0.0639	0.0098	0.079	27.6546	33.5871	16.8457
2	4.4787	1.1401	1.2017	3.3651	-1.0497	6.5764	-0.0971	-0.1542	0.0377	0.2838	-0.0187	-0.1997	0.2671	0.3125	0.1158	0.1548	0.1049	-0.0351	0.0867	-0.0124	0.0672	30.527	35.2768	23.4091
3	2.3561	-0.1044	0.8574	1.2042	0.5346	3.6116	0.0718	0.1455	-0.1214	-0.1176	0.0385	-0.0346	0.5548	0.1485	-0.1103	0.2295	0.0684	0.0082	0.0404	-0.001	0.0315	23.7802	32.258	7.4192
4	2.4314	0.054	0.405	1.4569	-0.7449	4.3517	0.0064	0.1634	-0.0343	-0.0938	0.0432	-0.0541	-0.0857	0.1056	-0.0496	0.1189	0.0403	-0.0054	0.0382	-0.0143	0.0086	20.5059	42.8005	6.1019
5	2.3578	0.58	0.5727	2.6083	0.489	4.2064	0.0564	-0.1075	-0.0412	-0.0247	0.0174	-0.0652	0.093	0.2629	-0.0738	0.1249	0.0589	-0.0234	0.0519	-0.0163	0.0426	23.4904	44.6655	19.8446
6	7.4614	-0.3886	3.4394	2.1193	-0.033	4.9438	-0.0785	0.2245	0.6151	0.2452	-0.1022	0.1942	-0.3933	-0.2656	0.1807	0.221	0.1155	-0.0387	0.1179	0.0135	0.1792	9.069	64.1853	11.6272
7	2.0674	-1.86	0.3278	2.323	0.012	6.8341	0.0248	0.116	0.2359	-0.2509	-0.1214	-0.1104	-0.3644	-0.0882	0.0966	0.2167	0.1005	-0.0294	0.0721	0.0091	0.0945	8.7	65.6355	9.9535
8	3.6467	-2.0812	0.1792	3.2908	-0.4837	3.5881	-0.3407	-0.3913	0.1207	0.4509	0.2912	-0.0476	-0.475	-0.2633	0.0495	0.237	0.1509	-0.0259	0.1115	-0.0141	0.0362	11.2808	59.9713	22.5698
9	2.8687	-0.3065	2.0415	1.1883	-1.5805	4.4486	-0.0141	0.0204	0.2268	0.136	-0.1266	-0.0455	-0.3269	0.2919	0.1408	0.1547	0.0387	-0.0017	0.0643	-0.0009	0.0643	22.3369	55.213	20.6785
10	3.409	0.5799	-0.5056	8.1723	-0.6659	2.4158	0.069	0.1726	0.03	-0.3262	-0.1018	0.1859	-0.2554	-0.1555	0.0328	0.108	0.0649	-0.012	0.0451	-0.0025	0.0292	13.5439	52.1261	7.8445

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	6 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	21 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	AAA	34 - 71
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	AAA	72 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	AAA	106 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	BBB	6 - 20
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	BBB	21 - 42
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	BBB	43 - 88
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	BBB	89 - 109
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	BBB	110 - 125

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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