PDB-6vbb: 2.60 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidase S41 from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vbb

タイトル

2.60 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidase S41 from Acinetobacter baumannii

要素

Peptidase S41

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / peptidase S41

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type peptidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.60 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidase S41 from Acinetobacter baumannii
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2019年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vbb.cif.gz	286.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vbb.ent.gz	241.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vbb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vbb_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vbb_full_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示
XML形式データ	6vbb_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	6vbb_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5dqj-d 5g3u-d 5g3s-d 6ltg-d 3m6v-d 6esd-d 6g2p-d 5xm2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95895

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptidase S41

B: Peptidase S41

ヘテロ分子

85.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.311, 102.525, 68.035
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.280, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-403- CL

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	50 - 393
2	0	1	0	B	50 - 393

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Peptidase S41 分子量: 42336.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: BGC29_18875, CPI82_16465 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: A0A1E3M7A1

-
非ポリマー , 5種, 125分子

#2: 化合物	ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド分子量: 75.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉NO
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein: 12.5 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: Classics II (F2), 0.2M Trimethylamine N-oxide, 0.1M Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 2000 MME.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月17日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 26039 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 52.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.114 / R_sym value: 0.1 / Χ²: 1.182 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1279 / CC_1/2: 0.804 / CC star: 0.944 / R_pim(I) all: 0.412 / R_rim(I) all: 0.864 / R_sym value: 0.757 / Χ²: 1.006 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→29.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 25.216 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.747 / ESU R Free: 0.299
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2374	1301	5 %	RANDOM
R_work	0.1831	-	-	-
obs	0.1859	24565	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.75 Å² / B_iso mean: 58.936 Å² / B_iso min: 31.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.21 Å²	0 Å²	0.63 Å²
2-	-	-6.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→29.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5407	0	24	117	5548
B_iso mean	-	-	81.41	50.17	-
残基数	-	-	-	-	686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	5531
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.336	1.641	7461
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.358	1.574	12091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.078	5	685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	21.972	23.746	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.257	15	967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.218	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	716
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.053	0.02	6141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.05	0.02	1057

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10191 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	91	-
R_work	0.313	1818	-
all	-	1909	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9914	-0.4192	-0.5224	1.5393	-1.6212	2.2748	0.0193	0.0417	-0.0167	-0.0848	-0.0893	-0.0411	-0.0042	-0.0583	0.07	0.2458	0.1127	-0.1223	0.2439	-0.0276	0.1663	-25.6318	-4.3393	20.9176
2	4.8576	0.36	3.3627	4.2422	1.9966	3.8166	-0.3837	0.0318	0.2665	-0.4087	0.1633	0.5506	-0.2304	-0.2359	0.2204	0.1858	-0.0188	-0.1297	0.2699	0.083	0.2675	-46.4281	-5.408	-10.0914
3	3.3605	1.381	0.1538	6.6972	0.0221	3.6187	-0.0818	-0.0776	0.2662	0.3354	-0.0437	0.3999	-0.0349	-0.4497	0.1255	0.0304	-0.0007	0.0021	0.0905	-0.0042	0.0525	-45.6068	-7.0693	-3.6223
4	1.6417	0.7351	0.0841	3.3136	-1.3725	2.141	-0.0349	0.01	-0.0128	-0.1529	-0.0456	0.0404	-0.0742	-0.1169	0.0806	0.0224	0.026	-0.0145	0.0914	-0.018	0.0127	-35.1272	19.0455	-11.7779
5	1.6631	-0.7951	0.2331	2.592	-1.1113	4.0542	0.0169	0.0639	0.0829	0.3854	0.0191	0.242	-0.291	-0.1405	-0.036	0.1007	0.0238	0.0195	0.1041	-0.002	0.0728	-38.7898	21.1186	-4.1863
6	0.1107	-0.4035	-0.226	3.4506	-0.5162	2.8334	-0.1203	-0.0889	-0.0011	0.5484	0.1339	-0.0168	-0.0313	-0.0894	-0.0136	0.2734	0.0258	0.0062	0.2762	0.0384	0.1287	-36.1654	13.1922	4.1605
7	2.2431	2.8804	0.879	11.1216	-0.3311	1.051	0.0404	0.185	-0.0016	0.3187	0.1402	0.4062	-0.1432	-0.2334	-0.1806	0.0438	0.0736	0.0213	0.2929	0.0623	0.203	-53.6137	23.3625	-11.5178
8	1.3424	1.5204	-0.0935	2.5068	-1.8092	4.1685	0.0106	0.1014	0.2112	0.2933	-0.0219	0.2285	-0.6201	-0.1167	0.0112	0.3015	0.0577	-0.154	0.3413	-0.0527	0.2278	-27.9199	1.4541	26.1821
9	4.6224	-2.1664	-1.921	9.1045	0.2765	0.8485	-0.1606	0.0604	-0.1643	-0.0236	0.0881	0.107	0.0616	-0.0382	0.0725	0.0818	-0.0301	-0.0709	0.119	-0.0555	0.1617	-62.5556	4.3768	29.4639
10	4.3511	0.1768	-0.3424	7.4858	1.7708	4.2	0.1453	0.4904	-0.1757	-0.8989	-0.076	-0.3056	-0.2451	-0.3397	-0.0692	0.1192	0.0145	0.0306	0.1226	-0.0161	0.0191	-58.7313	5.7305	24.9461
11	4.1333	-1.7582	-0.2994	3.9015	-0.7605	4.7097	-0.1028	-0.0724	-0.3889	0.354	0.1649	0.4883	0.382	-0.6128	-0.0621	0.0816	-0.0512	0.0422	0.1584	0.0121	0.0706	-64.3023	-20.3282	35.9061
12	10.0428	3.8334	-0.2236	4.2882	-1.1298	1.0755	0.1789	-0.7863	-0.8784	0.2918	-0.2115	-0.1554	0.3393	0.1919	0.0326	0.3319	0.0698	0.0808	0.2066	0.032	0.1547	-51.0218	-28.2777	39.2744
13	3.1416	0.9536	-0.106	1.1631	0.7224	2.7104	-0.1285	0.1358	-0.2137	0.0976	0.0867	-0.0165	0.3415	0.0596	0.0417	0.0748	0.0311	-0.013	0.0508	-0.024	0.0642	-49.9149	-17.9246	29.3221
14	8.8819	-2.1818	-0.3099	3.2647	-1.4395	1.9936	-0.1169	0.4341	-0.0714	-0.449	0.2039	0.2764	0.4387	-0.6709	-0.087	0.1354	-0.087	-0.0893	0.3414	-0.0915	0.1395	-68.3617	-19.8125	19.0914

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	50 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	108 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	132 - 194
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	195 - 286
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	287 - 335
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	336 - 378
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	379 - 394
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	50 - 106
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	107 - 131
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	132 - 196
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	197 - 273
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	274 - 293
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	294 - 362
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	363 - 393

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関連情報:EMDBヘッダ

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