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- PDB-6v98: Crystal structure of Type VI secretion system effector, TseH (VCA0285) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v98
タイトルCrystal structure of Type VI secretion system effector, TseH (VCA0285)
要素Cysteine hydrolase
キーワードHYDROLASE / Effector / Type 6 secretion system / cysteine hydrolase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性metal ion binding / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Watanabe, N. / Hersch, S.J. / Dong, T.G. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Envelope stress responses defend against type six secretion system attacks independently of immunity proteins.
著者: Hersch, S.J. / Watanabe, N. / Stietz, M.S. / Manera, K. / Kamal, F. / Burkinshaw, B. / Lam, L. / Pun, A. / Li, M. / Savchenko, A. / Dong, T.G.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7493
ポリマ－22,6691
非ポリマー802
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.756, 63.645, 70.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cysteine hydrolase


分子量: 22668.592 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: C9J66_18215, ERS013186_03768, ERS013193_04941, ERS013197_05943, ERS013198_03598, ERS013200_03989, ERS013202_03729, ERS013206_03782, FPV63_00060
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H7IDZ2, UniProt: Q9KMN9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18% w/v PEG8000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月26日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 19339 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 28.12 Å2 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 858 / CC1/2: 0.691

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→32.85 Å / SU ML: 0.2003 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.2116
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2166 972 5.04 %
Rwork0.1737 18318 -
obs0.1759 19290 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1431 0 2 226 1659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00651460
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93631982
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0573223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.8833198
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.90.30121090.24052415X-RAY DIFFRACTION92.32
1.9-2.020.25581330.18952602X-RAY DIFFRACTION99.82
2.02-2.170.24111510.17652607X-RAY DIFFRACTION99.93
2.17-2.390.2391420.17352610X-RAY DIFFRACTION99.96
2.39-2.740.20861430.18692624X-RAY DIFFRACTION99.78
2.74-3.450.21511470.18512665X-RAY DIFFRACTION99.89
3.45-32.850.1981470.15522795X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 63.6005756148 Å / Origin y: 74.5883786496 Å / Origin z: 12.9821573624 Å
111213212223313233
T0.175094155588 Å2-0.0181785877197 Å2-0.00644046049913 Å2-0.190509773183 Å20.0138396307756 Å2--0.189782851252 Å2
L0.854094028066 °20.0928443135251 °20.053683814213 °2-1.3679072094 °20.0900806446806 °2--1.23230802354 °2
S0.0526535169451 Å °-0.00610530561422 Å °0.019291497708 Å °0.14198963923 Å °-0.0341497085667 Å °-0.0444542084633 Å °0.0629553391113 Å °-0.0472553402246 Å °-4.28917473309E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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