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- PDB-6v6w: Crystal structure of antibody 438-B11 DSS mutant (Cys98A-100aA) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v6w
タイトルCrystal structure of antibody 438-B11 DSS mutant (Cys98A-100aA) in complex with an uncleaved prefusion optimized (UFO) soluble BG505 trimer and Fab 35O22
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 2
  • 35O22 Fab Heavy chain
  • 35O22 Fab Light chain
  • B11 DSS Fab heavy chain
  • B11 Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 gp160 / glycan supersite / human antibody / immune system / viral-protein complex / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Kumar, S. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: A VH1-69 antibody lineage from an infected Chinese donor potently neutralizes HIV-1 by targeting the V3 glycan supersite
著者: Kumar, S. / Ju, B. / Shapero, B. / Lin, X. / Ren, L. / Zhang, L. / Li, D. / Zhou, Z. / Feng, Y. / Sou, C. / Mann, C.J. / Hao, Y. / Sarkar, A. / Hou, J. / Nunnally, C. / Hong, K. / Wang, S. / ...著者: Kumar, S. / Ju, B. / Shapero, B. / Lin, X. / Ren, L. / Zhang, L. / Li, D. / Zhou, Z. / Feng, Y. / Sou, C. / Mann, C.J. / Hao, Y. / Sarkar, A. / Hou, J. / Nunnally, C. / Hong, K. / Wang, S. / Ge, X. / Su, B. / Landais, E. / Sok, D. / Zwick, M.B. / He, L. / Zhu, J. / Wilson, I.A. / Shao, Y.
履歴
登録2019年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: 35O22 Fab Heavy chain
E: 35O22 Fab Light chain
G: Envelope glycoprotein gp120
I: B11 DSS Fab heavy chain
J: B11 Fab light chain
T: Envelope glycoprotein gp41
A: 35O22 Fab Heavy chain
B: 35O22 Fab Light chain
C: Envelope glycoprotein gp120
F: B11 DSS Fab heavy chain
H: B11 Fab light chain
K: Envelope glycoprotein gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,68342
ポリマ－335,20612
非ポリマー9,47730
水00
1
D: 35O22 Fab Heavy chain
E: 35O22 Fab Light chain
G: Envelope glycoprotein gp120
I: B11 DSS Fab heavy chain
J: B11 Fab light chain
T: Envelope glycoprotein gp41
ヘテロ分子

D: 35O22 Fab Heavy chain
E: 35O22 Fab Light chain
G: Envelope glycoprotein gp120
I: B11 DSS Fab heavy chain
J: B11 Fab light chain
T: Envelope glycoprotein gp41
ヘテロ分子

D: 35O22 Fab Heavy chain
E: 35O22 Fab Light chain
G: Envelope glycoprotein gp120
I: B11 DSS Fab heavy chain
J: B11 Fab light chain
T: Envelope glycoprotein gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)517,02563
ポリマ－502,81018
非ポリマー14,21545
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
2
A: 35O22 Fab Heavy chain
B: 35O22 Fab Light chain
C: Envelope glycoprotein gp120
F: B11 DSS Fab heavy chain
H: B11 Fab light chain
K: Envelope glycoprotein gp41
ヘテロ分子

A: 35O22 Fab Heavy chain
B: 35O22 Fab Light chain
C: Envelope glycoprotein gp120
F: B11 DSS Fab heavy chain
H: B11 Fab light chain
K: Envelope glycoprotein gp41
ヘテロ分子

A: 35O22 Fab Heavy chain
B: 35O22 Fab Light chain
C: Envelope glycoprotein gp120
F: B11 DSS Fab heavy chain
H: B11 Fab light chain
K: Envelope glycoprotein gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)517,02563
ポリマ－502,81018
非ポリマー14,21545
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.534, 148.534, 843.554
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
16
26

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A'A1 - 222
211chain 'D'D1 - 222
112chain 'B'B2 - 9
122chain 'B'B11 - 210
212chain 'E'E2 - 9
222chain 'E'E11 - 210
113chain 'C'C33 - 140
123chain 'C'C149 - 185
133chain 'C'C188 - 309
143chain 'C'C312 - 401
153chain 'C'C410 - 508
163chain 'C'C515 - 516
173chain 'C'C534 - 538
183chain 'C'C541 - 542
193chain 'C'C545
1103chain 'C'C547
1113chain 'C'C553
1123chain 'C'C588
1133chain 'C'C598
1143chain 'C'C611
1153chain 'C'C613
213chain 'G'G33 - 140
223chain 'G'G149 - 185
233chain 'G'G188 - 309
243chain 'G'G312 - 401
253chain 'G'G410 - 508
263chain 'G'G515 - 516
273chain 'G'G534 - 538
283chain 'G'G541 - 542
293chain 'G'G545
2103chain 'G'G547
2113chain 'G'G553
2123chain 'G'G588
2133chain 'G'G598
2143chain 'G'G611
2153chain 'G'G613
114chain 'F'F1 - 96
124chain 'F'F100 - 129
134chain 'F'F132 - 216
214chain 'I'I1 - 96
224chain 'I'I100 - 129
234chain 'I'I132 - 216
115chain 'H'H1 - 211
215chain 'J'J1 - 211
116chain 'K'K518 - 547
126chain 'K'K569 - 664
136chain 'K'K666 - 667
146chain 'K'K669
216chain 'T'T518 - 547
226chain 'T'T569 - 664
236chain 'T'T666 - 667
246chain 'T'T669

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
Envelope glycoprotein ... , 2種, 4分子 GCTK

#3: タンパク質 Envelope glycoprotein gp120


分子量: 53737.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6
#6: タンパク質 Envelope glycoprotein gp41 / Env polyprotein


分子量: 15702.743 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S9

-
抗体 , 4種, 8分子 DAEBIFJH

#1: 抗体 35O22 Fab Heavy chain


分子量: 26171.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 35O22 Fab Light chain


分子量: 23318.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 B11 DSS Fab heavy chain


分子量: 25227.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 B11 Fab light chain


分子量: 23444.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 4種, 30分子

#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.34 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12% 1-propanol, 0.1M MES (pH=6.5), 20% polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 25% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.5→50 Å / Num. obs: 13313 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 233.87 Å2 / CC1/2: 0.85 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 1
反射 シェル解像度: 6.5→6.62 Å / Num. unique obs: 638 / CC1/2: 0.62 / Rpim(I) all: 0.64

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000data processing
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UTK

6utk


解像度: 6.5→46.72 Å / SU ML: 1.3366 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 42.6069
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3552 666 5.02 %
Rwork0.3089 12592 -
obs0.3112 13258 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 279.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.5→46.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23434 0 0 0 23434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003423968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.642832614
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09363792
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00534126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.54958844
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.5-70.44421340.37062507X-RAY DIFFRACTION97.02
7-7.70.37291340.34552562X-RAY DIFFRACTION98.97
7.7-8.810.33011320.29462450X-RAY DIFFRACTION94.47
8.81-11.080.31871330.26422543X-RAY DIFFRACTION98.6
11.08-46.720.36151330.31932530X-RAY DIFFRACTION96.87

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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