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- PDB-6v65: Crystal structure of KRAS(GMPPNP)-NF1(GRD)-SPRED1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v65
タイトルCrystal structure of KRAS(GMPPNP)-NF1(GRD)-SPRED1 complex
要素
  • GTPase KRas
  • Neurofibromin
  • Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 1
キーワードONCOPROTEIN / Neurofibromin / RAS / Legius syndrome / RasGAP / GAP / SPRED / K-Ras / EVH1 / GRD
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein deacetylation / negative regulation of lens fiber cell differentiation / stem cell factor receptor binding / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration ...regulation of protein deacetylation / negative regulation of lens fiber cell differentiation / stem cell factor receptor binding / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of mast cell proliferation / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / mast cell apoptotic process / Schwann cell proliferation / vascular associated smooth muscle cell proliferation / mast cell proliferation / glutamate secretion, neurotransmission / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of adenylate cyclase activity / forebrain morphogenesis / hair follicle maturation / regulation of cell-matrix adhesion / regulation of blood vessel endothelial cell migration / smooth muscle tissue development / camera-type eye morphogenesis / cell communication / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / peripheral nervous system development / sympathetic nervous system development / myeloid leukocyte migration / myelination in peripheral nervous system / phosphatidylcholine binding / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / metanephros development / negative regulation of Ras protein signal transduction / phosphatidylethanolamine binding / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / regulation of bone resorption / collagen fibril organization / regulation of long-term synaptic potentiation / neural tube development / endothelial cell proliferation / forebrain astrocyte development / artery morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / pigmentation / regulation of postsynapse organization / negative regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of epithelial cell differentiation / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of synaptic transmission, GABAergic / adrenal gland development / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of GTPase activity / type I pneumocyte differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / spinal cord development / Rac protein signal transduction / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of MAPK cascade / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / oligodendrocyte differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / negative regulation of astrocyte differentiation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / neuroblast proliferation / Signalling to RAS / negative regulation of MAPK cascade / SHC-related events triggered by IGF1R / phosphatase binding / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / glial cell proliferation / regulation of angiogenesis / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Schwann cell development
類似検索 - 分子機能
c-Kit-binding domain / SPRE, EVH1 domain / KBD domain profile. / Sprouty / Sprouty protein (Spry) / Sprouty (SPR) domain profile. / : / PH domain-like / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site ...c-Kit-binding domain / SPRE, EVH1 domain / KBD domain profile. / Sprouty / Sprouty protein (Spry) / Sprouty (SPR) domain profile. / : / PH domain-like / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Rho GTPase activation protein / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GTPase KRas / Neurofibromin / Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.763 Å
データ登録者Yan, W. / Simanshu, D.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HHSN261200800001E 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the SPRED1-Neurofibromin-KRAS Complex and Disruption of SPRED1-Neurofibromin Interaction by Oncogenic EGFR.
著者: Yan, W. / Markegard, E. / Dharmaiah, S. / Urisman, A. / Drew, M. / Esposito, D. / Scheffzek, K. / Nissley, D.V. / McCormick, F. / Simanshu, D.K.
履歴
登録2019年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 1
B: Neurofibromin
C: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,54910
ポリマ－69,7533
非ポリマー7967
水905
1
B: Neurofibromin
C: GTPase KRas
ヘテロ分子

A: Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,54910
ポリマ－69,7533
非ポリマー7967
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area28270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.556, 70.553, 80.311
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 1 / hSpred1


分子量: 12853.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPRED1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q7Z699
#2: タンパク質 Neurofibromin / Neurofibromatosis-related protein NF-1


分子量: 37570.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21359
#3: タンパク質 GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19328.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116

-
非ポリマー , 5種, 12分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 100 mM Tris pH7.8 100 mM ammonium sulfate 300 mM sodium formate 3% PEG3350, 3.5% PGA-LM 10% detergent ANAPOE-80

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→52.677 Å / Num. obs: 20234 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.346 % / Biso Wilson estimate: 75.724 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.929 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 87931
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.76-2.934.2790.6242.0213514331831580.8730.70995.2
2.93-3.134.3240.3333.6913353313730880.9590.37998.4
3.13-3.384.5640.2055.9713313293029170.9840.23299.6
3.38-3.74.4560.1139.9511796266426470.9930.12899.4
3.7-4.144.2880.07314.4710318244824060.9960.08298.3
4.14-4.784.1590.055208606215320690.9970.06396.1
4.78-5.854.4660.05322.688029183817980.9970.0697.8
5.85-8.254.1940.04823.765742143013690.9970.05595.7
8.25-52.6774.1690.03632.832608247820.9970.04194.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OB2, 3SYX

6ob2

3syx


解像度: 2.763→52.677 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 1008 5 %
Rwork0.2206 19164 -
obs0.2216 20172 97.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 213.39 Å2 / Biso mean: 96.2587 Å2 / Biso min: 35.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.763→52.677 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4555 0 46 5 4606
Biso mean--71.47 80.58 -
残基数----578
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.763-2.90820.43181400.4123265694
2.9082-3.09030.38731430.3248271298
3.0903-3.32890.29361460.2876277599
3.3289-3.66380.28241460.2589278299
3.6638-4.19380.20871440.2022273598
4.1938-5.2830.21881430.1789273097
5.283-52.6770.19391460.1844277496
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4114-0.4330.06060.7773-0.42660.40750.6571-0.13360.40310.5247-0.2717-0.5040.2927-1.078101.0669-0.30710.33151.311-0.04291.263332.83630.5627-0.7086
20.1687-0.0074-0.15520.10470.0360.14550.8846-0.46691.1001-0.1891-1.05841.0179-1.01090.14170.00011.2985-0.12630.45421.3407-0.12541.369630.346238.8458.0496
30.1040.03680.13980.01230.05050.18780.32560.3634-0.45070.7721-0.2855-0.2311-0.0983-0.4273-00.8499-0.18760.11251.26790.15470.993938.876829.2636-9.7974
40.1854-0.14630.10550.3273-0.31180.28820.81980.741-1.1821-1.4541-0.0610.6325-0.331-0.79120.00161.13650.03690.12511.10630.11791.475245.56830.1849-12.7099
50.00880.0071-0.01010.0263-0.01980.0166-0.29320.2857-0.1210.4396-0.1840.1341-1.29570.33990.00011.1450.24280.22341.84170.71791.780825.353337.935-9.5643
60.19740.08680.15380.18290.20860.25740.09490.0746-0.00930.2849-0.13650.0894-0.351-0.210900.8743-0.04560.15021.3670.26781.124241.057329.56892.3499
70.1445-0.0780.10680.09110.03130.2353-0.0816-0.26960.25470.989-0.6318-0.73620.23190.6802-0.00011.0813-0.38850.25741.3725-0.05441.325240.555232.68216.4622
80.4407-0.08970.23110.391-0.45950.5679-0.1202-0.5738-1.09930.0049-0.83-0.03510.48370.33101.0838-0.07460.40981.27750.20331.381937.963923.9556-0.0228
91.79940.10660.72121.99461.26611.03740.2755-0.85230.15660.7774-0.22410.3688-0.57560.4745-01.0288-0.06980.21191.2164-0.01861.157819.066727.871617.2731
104.27880.8014-0.3832.91480.12771.3078-0.13710.6008-0.0315-0.30110.1002-0.07250.17640.131800.74010.0132-0.02790.8601-0.00260.63162.71966.51211.2233
110.0887-0.1037-0.07040.14820.12940.12010.6641-0.88930.46092.3775-0.16760.8705-0.6797-0.33130.00011.6495-0.40590.36681.4394-0.41761.638519.794943.960122.8676
120.91540.2911-0.77345.03952.37764.37040.0833-0.2904-0.0608-0.4907-0.47041.30741.3494-0.6638-0.40430.4970.067-0.22230.4580.11080.6845-11.59095.464435.9911
130.00080.00490.0072.3572.01211.72130.1353-0.37180.36380.7589-0.4032-0.07590.60280.3145-0.14290.44630.0812-0.10540.71170.10950.62263.10935.807835.2368
140.2608-0.10230.0110.14780.15480.2321.13880.0717-0.87110.99390.05510.4262-0.27861.352200.98360.05100.84970.0761.18657.52992.527131.4069
150.10790.0509-0.0790.1164-0.06340.06120.12940.0724-0.23640.8605-0.40090.3425-1.4394-1.5443-0.03460.96920.0248-0.07910.7352-0.00760.491-7.3237-0.332635.676
160.50520.0350.62060.40780.21030.83130.21870.0625-0.16420.8713-0.26260.4837-0.4641-0.555300.7967-0.00260.07650.57130.02680.6944-8.08834.250236.2594
170.195-0.2025-0.14120.24940.01780.4550.3210.2582-0.6938-0.7314-0.2074-0.2191-0.8616-0.144300.91750.1149-0.06640.74990.03220.7469-6.616714.958923.5179
180.24830.24960.33480.70450.22362.070.47690.14461.19610.0061-0.26550.2109-0.2316-0.023400.80330.01760.02960.63620.04570.7953-4.360419.611635.2998
190.165-0.16270.05290.1789-0.0890.0794-0.1317-1.19940.2249-0.28910.0186-1.2798-0.07380.61750.00140.9382-0.0868-0.15250.81730.02160.972212.52616.548943.4753
200.06290.0890.0850.12670.10050.19850.2214-0.1650.0110.2003-0.33150.51320.05790.1974-01.0032-0.0230.16590.7484-0.04850.982-0.430524.387246.2057
210.1845-0.2686-0.10250.41360.03320.4159-0.231-0.64440.5881.54840.1776-0.2712-0.0361-0.0946-0.00210.89370.0169-0.18210.6373-0.01530.67383.111610.437245.1037
220.64820.29570.17240.43810.31650.71140.9309-2.06020.86810.3099-0.3721.3953-0.2309-0.53340.00810.8329-0.00320.09620.81660.01811.0229-10.67838.924344.5963
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 25 )A13 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 39 )A26 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 48 )A40 - 48
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 49 through 64 )A49 - 64
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 65 through 69 )A65 - 69
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 70 through 88 )A70 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 89 through 96 )A89 - 96
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 97 through 124 )A97 - 124
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1205 through 1279 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1280 through 1485 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1486 through 1528 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 11 through 24 )C11 - 24
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 25 through 36 )C25 - 36
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 37 through 46 )C37 - 46
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 47 through 61 )C47 - 61
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 62 through 74 )C62 - 74
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 75 through 116 )C75 - 116
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 117 through 126 )C117 - 126
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 127 through 137 )C127 - 137
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 138 through 151 )C138 - 151
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 152 through 168 )C152 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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