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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v5m | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Metallo Beta Lactamase from Hirschia baltica in Complex with Succinate | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / metallo beta lactamase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Maltseva, N. / Kim, Y. / Clancy, S. / Endres, M. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Metallo Beta Lactamase from Hirschia baltica in Complex with Succinate. 著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Clancy, S. / Endres, M. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 134.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 298.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 298 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6v54S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 25523.830 Da / 分子数: 1 / 変異: A257T / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() 参照: UniProt: C6XID6, beta-lactamase |
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-非ポリマー , 6種, 207分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SIN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SIN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-BTB / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.69 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0 M Succinic acid pH 7.0;0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月31日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 45429 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rsym value: 0.138 / Net I/σ(I): 31.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2116 / CC1/2: 0.494 / Rsym value: 0.933 / % possible all: 94.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6V54 解像度: 1.5→40.31 Å / SU ML: 0.1475 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.6231
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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