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- PDB-6v4t: MPER-TMD of HIV-1 Env bound with the entry inhibitor S2C3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v4t
タイトルMPER-TMD of HIV-1 Env bound with the entry inhibitor S2C3
要素Envelope glycoprotein gp160
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 Env / small-molecule / entry inhibitor / MPER
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QOJ / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Xiao, T. / Frey, G. / Fu, Q. / Lavine, C.L. / Scott, D.A. / Seaman, M.S. / Chou, J.J. / Chen, B.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI129721 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI127193 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI112489 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI141002 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI106488 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: HIV-1 fusion inhibitors targeting the membrane-proximal external region of Env spikes.
著者: Xiao, T. / Frey, G. / Fu, Q. / Lavine, C.L. / Scott, D.A. / Seaman, M.S. / Chou, J.J. / Chen, B.
履歴
登録2019年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.02024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein gp160
B: Envelope glycoprotein gp160
C: Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0646
ポリマ－18,5383
非ポリマー1,5263
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160


分子量: 6179.373 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74849
#2: 化合物 ChemComp-QOJ / 4,4'-(decane-1,10-diyl)bis(9-amino-2,3-dihydro-1H-cyclopenta[b]quinolin-4-ium)


分子量: 508.740 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H44N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
121isotropic12D 1H-15N TROSY-HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] MPER-TMD, 2 mM S2C3, 40 mM MOPS, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 90% H2O/10% D2O
Label: MPERTMD/S2C3 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMMPER-TMD[U-99% 13C; U-99% 15N]1
2 mMS2C3natural abundance1
40 mMMOPSnatural abundance1
50 mMDMPCnatural abundance1
100 mMDHPCnatural abundance1
試料状態イオン強度: 0.04 mM / Label: condition1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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