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- PDB-6v4o: Structure of human 2E01 Fab in complex with influenza virus neura... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v4o
タイトルStructure of human 2E01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from B/Phuket/3073/2013
要素
  • (Antibody Fab ...) x 2
  • Neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN / neuraminidase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Neuraminidase / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dai, Y.N. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2020
タイトル: Human Antibodies Targeting Influenza B Virus Neuraminidase Active Site Are Broadly Protective.
著者: Anders Madsen / Ya-Nan Dai / Meagan McMahon / Aaron J Schmitz / Jackson S Turner / Jessica Tan / Tingting Lei / Wafaa B Alsoussi / Shirin Strohmeier / Mostafa Amor / Bassem M Mohammed / ...著者: Anders Madsen / Ya-Nan Dai / Meagan McMahon / Aaron J Schmitz / Jackson S Turner / Jessica Tan / Tingting Lei / Wafaa B Alsoussi / Shirin Strohmeier / Mostafa Amor / Bassem M Mohammed / Philip A Mudd / Viviana Simon / Rebecca J Cox / Daved H Fremont / Florian Krammer / Ali H Ellebedy /
要旨: Influenza B virus (IBV) infections can cause severe disease in children and the elderly. Commonly used antivirals have lower clinical effectiveness against IBV compared to influenza A viruses (IAV). ...Influenza B virus (IBV) infections can cause severe disease in children and the elderly. Commonly used antivirals have lower clinical effectiveness against IBV compared to influenza A viruses (IAV). Neuraminidase (NA), the second major surface protein on the influenza virus, is emerging as a target of broadly protective antibodies that recognize the NA active site of IAVs. However, similarly broadly protective antibodies against IBV NA have not been identified. Here, we isolated and characterized human monoclonal antibodies (mAbs) that target IBV NA from an IBV-infected patient. Two mAbs displayed broad and potent capacity to inhibit IBV NA enzymatic activity, neutralize the virus in vitro, and protect against lethal IBV infection in mice in prophylactic and therapeutic settings. These mAbs inserted long CDR-H3 loops into the NA active site, engaging residues highly conserved among IBV NAs. These mAbs provide a blueprint for the development of improved vaccines and therapeutics against IBVs.
履歴
登録2019年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21043
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Neuraminidase
M: Neuraminidase
N: Neuraminidase
W: Neuraminidase
A: Antibody Fab heavy chain
C: Antibody Fab heavy chain
D: Antibody Fab heavy chain
H: Antibody Fab heavy chain
B: Antibody Fab light chain
E: Antibody Fab light chain
G: Antibody Fab light chain
L: Antibody Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,40624
ポリマ－400,82812
非ポリマー2,57912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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抗体 , 2種, 8分子 ACDHBEGL

#2: 抗体
Antibody Fab heavy chain


分子量: 26840.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
Antibody Fab light chain


分子量: 23327.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 8分子 IMNW

#1: タンパク質
Neuraminidase


分子量: 50038.824 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A0A4P8YQ63, UniProt: A0A1S5RAG6*PLUS, exo-alpha-sialidase
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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糖 , 2種, 8分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Structure of human 2E01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from B/Phuket/3073/2013COMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2Influenza virus neuraminidaseCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Human antibodyCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)11520B/Phuket/3073/2013
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
23Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 66 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
12RELION3.0-beta-2３次元再構成
13PHENIX1.15.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 459004
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150730 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 89 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: CORRELATION COEFFICIENT
原子モデル構築PDB-ID: 6V4N

6v4n


Accession code: 6V4N / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.8 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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