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万見
- PDB-6v3w: Human Poly(ADP-Ribose) Polymerase 12, Catalytic fragment with fou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v3w
タイトルHuman Poly(ADP-Ribose) Polymerase 12, Catalytic fragment with four point mutations in complex with RBN-2397
要素Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP12
キーワードTRANSFERASE / ADP-ribosyltransferase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein-cysteine ADP-ribosyltransferase activity / protein auto-ADP-ribosylation / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / PARP12 winged helix domain / WWE domain / : / WWE domain / WWE domain superfamily / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / WWE domain / WWE domain profile. / zinc finger ...: / PARP12 winged helix domain / WWE domain / : / WWE domain / WWE domain superfamily / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / WWE domain / WWE domain profile. / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QO4 / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Swinger, K.K. / Gozgit, J.M. / Vasbinder, M.M. / Wigle, T.J. / Kuntz, K.W.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2021
タイトル: PARP7 negatively regulates the type I interferon response in cancer cells and its inhibition triggers antitumor immunity.
著者: Gozgit, J.M. / Vasbinder, M.M. / Abo, R.P. / Kunii, K. / Kuplast-Barr, K.G. / Gui, B. / Lu, A.Z. / Molina, J.R. / Minissale, E. / Swinger, K.K. / Wigle, T.J. / Blackwell, D.J. / Majer, C.R. / ...著者: Gozgit, J.M. / Vasbinder, M.M. / Abo, R.P. / Kunii, K. / Kuplast-Barr, K.G. / Gui, B. / Lu, A.Z. / Molina, J.R. / Minissale, E. / Swinger, K.K. / Wigle, T.J. / Blackwell, D.J. / Majer, C.R. / Ren, Y. / Niepel, M. / Varsamis, Z.A. / Nayak, S.P. / Bamberg, E. / Mo, J.R. / Church, W.D. / Mady, A.S.A. / Song, J. / Utley, L. / Rao, P.E. / Mitchison, T.J. / Kuntz, K.W. / Richon, V.M. / Keilhack, H.
履歴
登録2019年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1743
ポリマ－22,6151
非ポリマー5592
水88349
1
A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP12
ヘテロ分子

A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3486
ポリマ－45,2312
非ポリマー1,1184
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area1630 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.466, 80.466, 142.648
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP12 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 12 / ARTD12 / Poly [ADP-ribose] polymerase 12 / PARP- ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 12 / ARTD12 / Poly [ADP-ribose] polymerase 12 / PARP-12 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 1


分子量: 22615.250 Da / 分子数: 1 / 変異: F570V,A573G,Q577H,Y607F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP12, ZC3HDC1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9H0J9, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-QO4 / 5-{[(2S)-1-(3-oxo-3-{4-[5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]piperazin-1-yl}propoxy)propan-2-yl]amino}-4-(trifluoromethyl)pyridazin-3(2H)-one / RBN-2397


分子量: 523.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23F6N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.27 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate pH 4, 15% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 63 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→69.78 Å / Num. obs: 18026 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 19.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.04→2.15 Å / 冗長度: 18.8 % / Rmerge(I) obs: 1.636 / Num. measured all: 47552 / Num. unique obs: 2534 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.384 / Rrim(I) all: 1.681 / Net I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.6.2データスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PQF

2pqf


解像度: 2.04→69.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 12.292 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.166
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2553 918 5.1 %RANDOM
Rwork0.2104 ---
obs0.2127 17084 98.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.69 Å2 / Biso mean: 61.258 Å2 / Biso min: 42.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20.49 Å20 Å2
2--0.97 Å2-0 Å2
3----3.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→69.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1497 0 37 49 1583
Biso mean--66.04 65.34 -
残基数----183
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0131680
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5921.6692287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3531.5943329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1065199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46222.81396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.24115256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.99158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02395
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.088 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 75 -
Rwork0.329 1212 -
obs--99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.02914.17864.61616.12310.59096.11070.1970.6073-0.0986-0.1526-0.2324-0.54740.03450.90140.03540.14190.0540.0750.20470.08190.1037-9.74917.048-21.151
22.7485-0.3871.15432.6112-0.75776.0995-0.1631-0.02990.44970.1157-0.1884-0.1904-0.58680.72170.35150.0809-0.0693-0.0370.11160.03070.0941-9.97820.241-6.167
34.78383.17193.48972.34450.66113.9813-0.063-0.1415-0.2553-0.1173-0.1441-0.22790.56370.19040.20720.13240.0050.03560.05760.02840.0767-12.4466.2374.363
42.37430.15280.35577.858-1.29338.7410.0053-0.1060.60660.1897-0.33440.4313-0.7958-0.75470.32920.09550.0381-0.02990.1321-0.04930.199-19.65324.325-10.851
510.0456-10.00333.63769.9952-3.65671.4597-0.0505-0.0912-0.16060.01680.15380.266-0.1065-0.4367-0.10320.39540.1688-0.01271.2863-0.10250.4814-33.47220.748-6.564
63.64990.40440.59613.0658-1.17310.25470.12920.14490.4842-0.3442-0.26420.1732-0.122-0.60630.1350.11950.03190.00540.1022-0.00250.0706-21.60918.86-17.521
711.8017-1.0115-2.32146.3073-1.1123.3481-0.02190.02340.01280.2359-0.09260.888-0.1336-0.68340.11450.2242-0.13470.02440.3095-0.09180.1634-29.42112.1580.585
81.84822.4713-4.38084.2455-6.987611.7407-0.16960.3258-0.2246-0.03910.12940.11150.1731-0.39640.04030.2025-0.20350.07890.3025-0.14310.2142-25.9948.3127.074
94.9894.28495.272711.47875.00855.6146-0.1665-0.09320.08-0.87020.09780.1222-0.2455-0.07890.06870.1395-0.08120.02730.1819-0.00370.0301-25.83310.853-6.345
102.06310.64980.30511.3736-1.02669.6932-0.03670.10460.1699-0.05-0.1311-0.0647-0.3810.36830.16780.0841-0.0037-0.01220.03680.03940.0773-15.28721.416-14.799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A496 - 524
2X-RAY DIFFRACTION2A525 - 551
3X-RAY DIFFRACTION3A552 - 558
4X-RAY DIFFRACTION4A559 - 583
5X-RAY DIFFRACTION5A584 - 594
6X-RAY DIFFRACTION6A595 - 623
7X-RAY DIFFRACTION7A624 - 639
8X-RAY DIFFRACTION8A640 - 652
9X-RAY DIFFRACTION9A653 - 665
10X-RAY DIFFRACTION10A666 - 680

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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