PDB-6v3m: Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v3m

タイトル

Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase (IspF) Burkholderia pseudomallei in compomplex with ligand HGN-0961 (BSI110840)

要素

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

キーワード

LYASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Burkholderia pseudomallei / 2-C-methyl-D-erythritol 2 / 4-cyclodiphosphate synthase / HGN-0961

機能・相同性

機能・相同性情報

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase (IspF) Burkholderia pseudomallei in compomplex with ligand HGN-0961 (BSI110840)
著者: Abendroth, J. / Yano, J.K. / Pierce, P.G. / Horn, J.R. / Hagen, T.J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2019年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v3m.cif.gz	252.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v3m.ent.gz	167.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6v3m_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v3m_full_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示
XML形式データ	6v3m_validation.xml.gz	2 KB	表示
CIF形式データ	6v3m_validation.cif.gz	9.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/6v3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/6v3m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3qhdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mwj-d 3f0f-d 6mwf-d 3qhd-d 6mwi-d 3q8h-d 3p10-d 3jvh-d 3k2x-d 6mwk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BupsA.00122.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

ヘテロ分子

60.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.310, 67.550, 60.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.317, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-427- HOH
2	1	A-431- HOH
3	1	A-467- HOH
4	1	B-327- HOH

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS 分子量: 19487.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: ispF, BURPS1710b_2511 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q3JRA0, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

#1: タンパク質

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS

分子量: 19487.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: ispF, BURPS1710b_2511
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q3JRA0, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

-
非ポリマー , 6種, 480分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-QOG / 5-{[(propan-2-yl)carbamoyl]amino}-1,3,4-thiadiazole-2-sulfonamide 分子量: 265.313 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁N₅O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₆O₅
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.8 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Bups122_opt3 screen: 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.4, 200mM ammonium acetate, 27% (w/V) PEG 3350: BupsA.00122.a.A1.PW28612 at 14.33mg/ml plus 1mM ZnCl2 and 10mM compound HGN- ...詳細: Bups122_opt3 screen: 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.4, 200mM ammonium acetate, 27% (w/V) PEG 3350: BupsA.00122.a.A1.PW28612 at 14.33mg/ml plus 1mM ZnCl2 and 10mM compound HGN-0961/BSI110840: soaked over night with reservoir and 25mM compound: cryo: 20% EG + soak buffer: tray 310506a10: puck bno0-4. The ligand description was generated from a smiles string using phenix elbow. The ligand structure was minimized using GAMESS with the 3-21G basis. Restraints were extracted using phenix.elbow

結晶

マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.8 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Bups122_opt3 screen: 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.4, 200mM ammonium acetate, 27% (w/V) PEG 3350: BupsA.00122.a.A1.PW28612 at 14.33mg/ml plus 1mM ZnCl2 and 10mM compound HGN- ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月7日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 67221 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 11.388 % / B_iso Wilson estimate: 23.959 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.026 / R_rim(I) all: 0.027 / Χ²: 1.019 / Net I/σ(I): 49.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59	4.565	0.32	4.47	4704	0.941	0.36	93.2
1.59-1.63	7.721	0.276	7.16	4620	0.977	0.295	94.7
1.63-1.68	8.213	0.224	9.04	4581	0.986	0.239	95.9
1.68-1.73	8.488	0.191	10.54	4519	0.99	0.203	97.5
1.73-1.79	8.808	0.148	13.63	4407	0.994	0.157	98.4
1.79-1.85	9.189	0.118	17.51	4308	0.996	0.124	99.4
1.85-1.92	9.556	0.092	22.26	4201	0.997	0.097	99.8
1.92-2	9.973	0.07	29.49	4001	0.999	0.074	99.9
2-2.09	10.399	0.055	38.56	3873	0.999	0.057	100
2.09-2.19	10.714	0.045	47.36	3706	0.999	0.047	99.9
2.19-2.31	11.579	0.04	55.81	3526	1	0.042	100
2.31-2.45	12.691	0.035	66.79	3335	1	0.036	99.9
2.45-2.62	13.395	0.03	79.26	3146	1	0.031	99.9
2.62-2.83	14.596	0.027	89.29	2937	1	0.028	100
2.83-3.1	16.229	0.023	104.88	2681	1	0.024	99.8
3.1-3.47	19.241	0.021	129	2437	1	0.021	100
3.47-4	22.016	0.018	152.99	2174	1	0.019	100
4-4.9	21.884	0.017	164.59	1820	1	0.017	99.9
4.9-6.93	21.663	0.017	161.53	1439	1	0.018	100
6.93-50	20.552	0.016	167	806	0.999	0.016	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3qhd

3qhd

解像度: 1.55→44.39 Å / SU ML: 0.1343 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.4689
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1693	1897	2.82 %	0
R_work	0.1447	65311	-	-
obs	0.1454	67208	98.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→44.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3519	0	92	465	4076

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0104	3747
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1692	5105
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0764	583
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	684
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.1948	1356

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.2236	135	0.1964	4394	X-RAY DIFFRACTION	93.06
1.59-1.63	0.2186	123	0.1659	4452	X-RAY DIFFRACTION	94.66
1.63-1.68	0.1688	137	0.1534	4530	X-RAY DIFFRACTION	95.87
1.68-1.73	0.1765	135	0.1572	4593	X-RAY DIFFRACTION	97.4
1.73-1.8	0.19	122	0.1517	4638	X-RAY DIFFRACTION	98.49
1.8-1.87	0.1757	147	0.151	4682	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.87-1.95	0.1928	137	0.1532	4726	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.95-2.06	0.1642	136	0.1489	4739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.18	0.179	144	0.143	4722	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.18-2.35	0.1624	128	0.1457	4709	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.35-2.59	0.1635	145	0.1449	4738	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.59-2.96	0.159	145	0.1477	4744	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.96-3.73	0.1673	120	0.1365	4801	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-44.39	0.1582	143	0.1334	4843	X-RAY DIFFRACTION	99.88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.60355407613	-0.0260696639046	-0.117157275495	0.940617871673	0.417003393852	1.88816037739	0.0410750933111	0.189115607647	0.0983221110336	-0.428005750947	-0.070564586196	-0.0637102407607	-0.221246477573	-0.015477930473	-0.0180410406033	0.0841043883491	0.00629076581968	-0.00927961269106	0.0968708783433	0.025509856252	0.0849556717347	12.7275270157	-37.7974532968	-14.8959939068
2	1.03780026672	-0.0430820445987	-0.544118168557	3.19836001007	1.28551928614	0.87380990532	0.142329617168	-0.288700426948	0.777782019512	0.217638436003	-0.176284787874	0.426770905035	-0.193855691722	0.0253014076024	0.0390250578661	0.158122648427	-0.00865809580708	0.0238544363801	0.0931229357813	-0.0435088962038	0.276888468561	7.6722258619	-26.5090592466	-0.0892480579613
3	1.78616932806	0.0740646682382	0.0329926722211	1.9581694421	0.972826811149	1.57058459401	-0.0546061296219	0.15712454648	0.305355537902	-0.116139450394	0.016879193236	0.0897629828752	-0.199653625531	0.0036873346874	0.0507684704306	0.107938936888	0.00300542487547	0.00463613174479	0.0896894228029	0.0508943371582	0.117394524619	7.89920669307	-31.7576783338	-11.625550213
4	5.15420078596	-0.584520491846	0.315773610334	7.92654706095	-0.607618922508	5.49547067888	0.010158767566	0.455757365635	0.621608662161	-0.00635978405436	-0.0104819410603	0.0625605549088	-0.757658962731	-0.320914786814	0.0285030332839	0.213131998828	0.0131852457043	0.0092790145862	0.272502643899	0.0798911827418	0.153666304752	3.19503087741	-33.0846975498	-21.7067013655
5	1.05297570547	-2.26267621797	1.18511491769	4.92122224974	-2.43414451852	3.6973127162	-0.123470335237	0.853323831658	0.784294165129	-0.82701120683	0.180823186848	1.19584193673	-0.479567915318	-1.21155213924	-0.144808157835	0.399772821474	0.0962709545794	-0.0930789711774	0.397029192538	0.18238496858	0.448756117517	-2.98317448486	-25.6122439485	-12.962169147
6	1.82583565247	0.267767285285	-0.0563142912198	1.22114545747	0.224938495445	1.07023262948	0.0520983647593	0.127608663909	0.0278295243225	-0.0240017224311	0.00786228417215	-0.0424240401566	0.0271409701283	-0.103251817786	-0.0510075210715	0.0880018286817	-0.00239916328237	0.0049630963126	0.0650162882191	0.0197007186323	0.0442694608097	6.80867349097	-40.4663869268	-10.5129449138
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15	1.91576646833	0.03353592014	0.466123221397	1.47682391284	-0.0137332385177	1.31755463004	-0.0225850832604	0.683986920399	0.108113840691	-0.23153566307	0.0312539443695	-0.0154994943635	-0.0150529389182	0.23418596143	-0.0362380470141	0.137606340654	-0.00123532744075	0.0386135578141	0.386486549427	0.042635590042	0.0780655132941	19.7080787407	-39.5252000308	-29.4243580132
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19	8.42454557357	4.13657042694	1.64893322846	6.15954939948	0.704151069414	5.13347352389	-0.0767032224436	-0.473665230422	0.497055374596	0.423281238952	0.00316861094484	0.00656122037385	-0.29262388663	0.29391522167	0.0192146570438	0.22632127466	0.0334401764758	-0.0241114730174	0.145393364348	-0.0140975853158	0.159778438556	20.2947803651	-45.5344059634	1.65603226544
20	1.716974153	1.21392092036	0.176236619071	2.27389846725	-0.298089799752	3.19594958592	0.16850389028	-1.81953535439	0.285226761787	1.39671002604	-0.21128871442	-0.291057543538	-0.315072563044	0.545519388868	-0.0408600545519	0.550785117591	-0.0134639422142	-0.111374466583	0.570369255369	-0.0762848118788	0.449644075943	31.7391926437	-46.1273068348	8.83113896186
21	1.30632033668	0.122018647886	0.0114013981581	2.00653744592	-0.477122476957	1.09810846496	-0.017423430645	0.156619806349	-0.111919167352	-0.0953624240904	-0.00868887383876	-0.227121494637	0.0796183016312	0.155634543756	0.0392528823266	0.113761399134	0.0318137328544	0.00113175289227	0.123667974604	-0.0113718176426	0.13534262496	32.2837451886	-46.9003235185	-11.1760329816
22	6.81921842779	4.6997736373	1.19609956614	6.64700210094	1.07169649181	2.40720015545	-0.102997983863	0.137726846505	-0.253584517508	-0.0504015958384	0.157030017844	-0.0818260052216	0.149263206298	-0.0424028489061	-0.0532938808404	0.0695105444609	0.0454600194026	0.00647440195863	0.061938702205	-0.0160428199638	0.0852797936857	23.3193165274	-48.4234358403	-10.4844359046

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 30 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 31 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 54 through 67 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 68 through 74 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 75 through 107 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 108 through 122 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 123 through 128 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 129 through 139 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 140 through 146 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 147 through 159 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 0 through 27 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 28 through 53 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 54 through 67 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 68 through 146 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 147 through 159 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 0 through 33 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 34 through 53 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 54 through 62 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 63 through 74 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 75 through 146 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 147 through 159 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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