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- PDB-6v3m: Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v3m
タイトルCrystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase (IspF) Burkholderia pseudomallei in compomplex with ligand HGN-0961 (BSI110840)
要素2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
キーワードLYASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Burkholderia pseudomallei / 2-C-methyl-D-erythritol 2 / 4-cyclodiphosphate synthase / HGN-0961
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / Chem-QOG / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Analysis of Burkholderia pseudomallei IspF in complex with sulfapyridine, sulfamonomethoxine, ethoxzolamide and acetazolamide.
著者: Grote, D. / Stewart, C.G. / Daraji, D.G. / Enayati, P. / Braverman, K.N. / Romanaggi, C. / Bolejack, M.J. / Yano, J.K. / Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Pierce, P.G. / Lorimer, D.D. / Horanyi, ...著者: Grote, D. / Stewart, C.G. / Daraji, D.G. / Enayati, P. / Braverman, K.N. / Romanaggi, C. / Bolejack, M.J. / Yano, J.K. / Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Pierce, P.G. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Staker, B.L. / Edwards, T.E. / Myler, P.J. / Horn, J.R. / Hagen, T.J.
履歴
登録2019年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年4月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,16418
ポリマ－58,4613
非ポリマー1,70315
水8,377465
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8350 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.310, 67.550, 60.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.317, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-427-

HOH

21A-431-

HOH

31A-467-

HOH

41B-327-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS


分子量: 19487.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: ispF, BURPS1710b_2511
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q3JRA0, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

-
非ポリマー , 6種, 480分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-QOG / 5-{[(propan-2-yl)carbamoyl]amino}-1,3,4-thiadiazole-2-sulfonamide


分子量: 265.313 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11N5O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H6O5
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Bups122_opt3 screen: 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.4, 200mM ammonium acetate, 27% (w/V) PEG 3350: BupsA.00122.a.A1.PW28612 at 14.33mg/ml plus 1mM ZnCl2 and 10mM compound HGN- ...詳細: Bups122_opt3 screen: 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.4, 200mM ammonium acetate, 27% (w/V) PEG 3350: BupsA.00122.a.A1.PW28612 at 14.33mg/ml plus 1mM ZnCl2 and 10mM compound HGN-0961/BSI110840: soaked over night with reservoir and 25mM compound: cryo: 20% EG + soak buffer: tray 310506a10: puck bno0-4. The ligand description was generated from a smiles string using phenix elbow. The ligand structure was minimized using GAMESS with the 3-21G basis. Restraints were extracted using phenix.elbow

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月7日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 67221 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 11.388 % / Biso Wilson estimate: 23.959 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Rrim(I) all: 0.027 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 49.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.55-1.594.5650.324.4747040.9410.3693.2
1.59-1.637.7210.2767.1646200.9770.29594.7
1.63-1.688.2130.2249.0445810.9860.23995.9
1.68-1.738.4880.19110.5445190.990.20397.5
1.73-1.798.8080.14813.6344070.9940.15798.4
1.79-1.859.1890.11817.5143080.9960.12499.4
1.85-1.929.5560.09222.2642010.9970.09799.8
1.92-29.9730.0729.4940010.9990.07499.9
2-2.0910.3990.05538.5638730.9990.057100
2.09-2.1910.7140.04547.3637060.9990.04799.9
2.19-2.3111.5790.0455.81352610.042100
2.31-2.4512.6910.03566.79333510.03699.9
2.45-2.6213.3950.0379.26314610.03199.9
2.62-2.8314.5960.02789.29293710.028100
2.83-3.116.2290.023104.88268110.02499.8
3.1-3.4719.2410.021129243710.021100
3.47-422.0160.018152.99217410.019100
4-4.921.8840.017164.59182010.01799.9
4.9-6.9321.6630.017161.53143910.018100
6.93-5020.5520.0161678060.9990.01699.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3qhd

3qhd


解像度: 1.55→44.39 Å / SU ML: 0.1343 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.4689
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1693 1897 2.82 %0
Rwork0.1447 65311 --
obs0.1454 67208 98.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→44.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3519 0 92 465 4076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01043747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16925105
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0764583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066684
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.19481356
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.590.22361350.19644394X-RAY DIFFRACTION93.06
1.59-1.630.21861230.16594452X-RAY DIFFRACTION94.66
1.63-1.680.16881370.15344530X-RAY DIFFRACTION95.87
1.68-1.730.17651350.15724593X-RAY DIFFRACTION97.4
1.73-1.80.191220.15174638X-RAY DIFFRACTION98.49
1.8-1.870.17571470.1514682X-RAY DIFFRACTION99.44
1.87-1.950.19281370.15324726X-RAY DIFFRACTION99.92
1.95-2.060.16421360.14894739X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.180.1791440.1434722X-RAY DIFFRACTION99.96
2.18-2.350.16241280.14574709X-RAY DIFFRACTION99.98
2.35-2.590.16351450.14494738X-RAY DIFFRACTION99.88
2.59-2.960.1591450.14774744X-RAY DIFFRACTION99.98
2.96-3.730.16731200.13654801X-RAY DIFFRACTION100
3.74-44.390.15821430.13344843X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.60355407613-0.0260696639046-0.1171572754950.9406178716730.4170033938521.888160377390.04107509331110.1891156076470.0983221110336-0.428005750947-0.070564586196-0.0637102407607-0.221246477573-0.015477930473-0.01804104060330.08410438834910.00629076581968-0.009279612691060.09687087834330.0255098562520.084955671734712.7275270157-37.7974532968-14.8959939068
21.03780026672-0.0430820445987-0.5441181685573.198360010071.285519286140.873809905320.142329617168-0.2887004269480.7777820195120.217638436003-0.1762847878740.426770905035-0.1938556917220.02530140760240.03902505786610.158122648427-0.008658095807080.02385443638010.0931229357813-0.04350889620380.2768884685617.6722258619-26.5090592466-0.0892480579613
31.786169328060.07406466823820.03299267222111.95816944210.9728268111491.57058459401-0.05460612962190.157124546480.305355537902-0.1161394503940.0168791932360.0897629828752-0.1996536255310.00368733468740.05076847043060.1079389368880.003005424875470.004636131744790.08968942280290.05089433715820.1173945246197.89920669307-31.7576783338-11.625550213
45.15420078596-0.5845204918460.3157736103347.92654706095-0.6076189225085.495470678880.0101587675660.4557573656350.621608662161-0.00635978405436-0.01048194106030.0625605549088-0.757658962731-0.3209147868140.02850303328390.2131319988280.01318524570430.00927901458620.2725026438990.07989118274180.1536663047523.19503087741-33.0846975498-21.7067013655
51.05297570547-2.262676217971.185114917694.92122224974-2.434144518523.6973127162-0.1234703352370.8533238316580.784294165129-0.827011206830.1808231868481.19584193673-0.479567915318-1.21155213924-0.1448081578350.3997728214740.0962709545794-0.09307897117740.3970291925380.182384968580.448756117517-2.98317448486-25.6122439485-12.962169147
61.825835652470.267767285285-0.05631429121981.221145457470.2249384954451.070232629480.05209836475930.1276086639090.0278295243225-0.02400172243110.00786228417215-0.04242404015660.0271409701283-0.103251817786-0.05100752107150.0880018286817-0.002399163282370.00496309631260.06501628821910.01970071863230.04426946080976.80867349097-40.4663869268-10.5129449138
72.176724321710.5529094071040.1769278653542.566243671090.8620234193272.075942719810.044113439154-0.127670520436-0.1143741253790.1942264201450.0455120350335-0.1851795198490.06274352856730.172193394234-0.09243408997970.129978580850.01413450903850.003243441211860.1001634894820.007538240179540.0964644980077.56920184045-40.7414742953-0.206371428539
84.747783808351.56766727618-0.7343537513026.493566200570.05687782229293.130290034160.0385138938446-0.140471371473-0.4472746867770.1440734118630.1135519875190.1373442183970.397914150723-0.134565763114-0.09794646871840.177499254826-0.01293135906010.01159124121450.07460205049150.0180407499630.1089635554125.79521080153-50.958315024-4.31121108797
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 30 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 53 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 54 through 67 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 68 through 74 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 75 through 107 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 108 through 122 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 123 through 128 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 129 through 139 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 140 through 146 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 147 through 159 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 0 through 27 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 28 through 53 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 54 through 67 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 68 through 146 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 147 through 159 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 0 through 33 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 34 through 53 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 54 through 62 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 63 through 74 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 75 through 146 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 147 through 159 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る