PDB-6v1c: Crystal structure of human trefoil factor 3 in complex with its c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v1c

タイトル

Crystal structure of human trefoil factor 3 in complex with its cognate ligand

要素

Trefoil factor 3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Trefoil factor / lectin / mucin binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of gastrointestinal epithelium / regulation of glucose metabolic process / secretory granule / Estrogen-dependent gene expression / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Jarva, M.A. / Lingford, J.P. / John, A. / Scott, N.E. / Goddard-Borger, E.D.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Trefoil factors share a lectin activity that defines their role in mucus.
著者: Jarva, M.A. / Lingford, J.P. / John, A. / Soler, N.M. / Scott, N.E. / Goddard-Borger, E.D.

履歴

登録	2019年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v1c.cif.gz	48.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v1c.ent.gz	31.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/6v1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/6v1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6v1dC 2pspS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2lk7-d 1agg-d 1msz-d 2pnx-1 4wo3-2 4he7-d 2rk2-d 4w4m-2 2brz-d 6kh9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Trefoil factor 3

ヘテロ分子

7.29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.588, 37.588, 87.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-238- HOH

#1: タンパク質

Trefoil factor 3 / Intestinal trefoil factor / hITF / Polypeptide P1.B / hP1.B

分子量: 6903.853 Da / 分子数: 1 / 変異: C57S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFF3, ITF, TFI / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07654

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAca1-4DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.04 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2 M NH4SO4, 0.2 M potassium sodium tartrate, and 0.1 M trisodium citrate-citric acid, pH 5.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9536 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→43.74 Å / Num. obs: 9760 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 112139 / Scaling rejects: 1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.55-1.58	11.5	2.021	5477	478	0.526	0.622	2.117	1.3	100
8.49-43.74	6.4	0.031	581	91	0.999	0.012	0.034	42.5	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PSP

2psp

解像度: 1.55→34.535 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1882	464	4.78 %
R_work	0.1738	-	-
obs	0.1745	9706	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.37 Å² / B_iso mean: 30.5421 Å² / B_iso min: 17.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→34.535 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	404	0	51	38	493
B_iso mean	-	-	29.07	37.51	-
残基数	-	-	-	-	53

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.5502-1.7745	0.2617	143	0.1748	3006
1.7745-2.2356	0.1556	165	0.1718	3015
2.2356-34.535	0.1926	156	0.1742	3221

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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