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- PDB-6v0m: Sterile alpha-motif from apoptosis signal-regulating kinase 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v0m
タイトルSterile alpha-motif from apoptosis signal-regulating kinase 3
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 15
キーワードTRANSFERASE / SAM / kinase / ASK
機能・相同性
機能・相同性情報


mitogen-activated protein kinase kinase kinase / MAP kinase kinase kinase activity / protein serine kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Trevelyan, S.J. / Mace, P.D.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Royal Society of New Zealand18-UOO-152 ニュージーランド
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2020
タイトル: Structure-based mechanism of preferential complex formation by apoptosis signal-regulating kinases.
著者: Trevelyan, S.J. / Brewster, J.L. / Burgess, A.E. / Crowther, J.M. / Cadell, A.L. / Parker, B.L. / Croucher, D.R. / Dobson, R.C.J. / Murphy, J.M. / Mace, P.D.
履歴
登録2019年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 15
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 15
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4873
ポリマ－24,4873
非ポリマー00
水2,108117
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1621
ポリマ－8,1621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1621
ポリマ－8,1621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1621
ポリマ－8,1621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.415, 53.558, 96.258
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 15 / Apoptosis signal-regulating kinase 3 / MAPK/ERK kinase kinase 15 / MEKK 15


分子量: 8162.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K15, ASK3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6ZN16, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5, 25 % (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537, 1.456
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
21.4561
反射解像度: 1.8→48.13 Å / Num. obs: 22425 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.985 / Num. unique obs: 1305 / CC1/2: 0.456 / Rpim(I) all: 0.787

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→48.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 7.745 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.14
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26307 1112 5 %RANDOM
Rwork0.21927 ---
obs0.22145 21264 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.716 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.21 Å2-0 Å2
3----1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1679 0 0 117 1796
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191699
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021652
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6571.9282284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2592.9383806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2635204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.56723.29485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.21615331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0531521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021863
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6372.015825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6292.014824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3633.0031026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3653.0041027
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.222.628874
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2132.629872
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2193.7231258
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.73525.9952102
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.64325.4162072
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.843 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 70 -
Rwork0.364 1550 -
obs--98.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2788-0.3121-0.30142.533-0.20891.3540.0607-0.04210.14720.0294-0.01240.0429-0.04110.0798-0.04830.0092-0.0072-0.02550.0406-0.00920.14652.9714.62366.471
25.41051.3237-1.00942.87040.57163.18680.1263-0.35740.14170.0851-0.14380.1286-0.161-0.16930.01740.01410.0053-0.00630.0616-0.00020.181529.469-1.21777.423
33.21290.20731.26642.72490.59084.8143-0.1018-0.13360.0270.0864-0.06880.0029-0.2840.1470.17060.02690.00210.0090.10020.0140.1620.7497.20297.291
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1238 - 1308
2X-RAY DIFFRACTION2B1238 - 1308
3X-RAY DIFFRACTION3C1240 - 1304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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