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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v0c | ||||||||||||||||||
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タイトル | Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Model 1 | ||||||||||||||||||
![]() | Intermembrane transport protein YebT | ||||||||||||||||||
![]() | LIPID TRANSPORT / bacterial cell envelope / MCE / YebT | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | : / Mce/MlaD / MlaD protein / intermembrane lipid transfer / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / plasma membrane / Intermembrane transport protein YebT![]() | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Isom, G.L. / Coudray, N. / MacRae, M.R. / McManus, C.T. / Ekiert, D.C. / Bhabha, G. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: LetB Structure Reveals a Tunnel for Lipid Transport across the Bacterial Envelope. 著者: Georgia L Isom / Nicolas Coudray / Mark R MacRae / Collin T McManus / Damian C Ekiert / Gira Bhabha / ![]() 要旨: Gram-negative bacteria are surrounded by an outer membrane composed of phospholipids and lipopolysaccharide, which acts as a barrier and contributes to antibiotic resistance. The systems that mediate ...Gram-negative bacteria are surrounded by an outer membrane composed of phospholipids and lipopolysaccharide, which acts as a barrier and contributes to antibiotic resistance. The systems that mediate phospholipid trafficking across the periplasm, such as MCE (Mammalian Cell Entry) transporters, have not been well characterized. Our ~3.5 Å cryo-EM structure of the E. coli MCE protein LetB reveals an ~0.6 megadalton complex that consists of seven stacked rings, with a central hydrophobic tunnel sufficiently long to span the periplasm. Lipids bind inside the tunnel, suggesting that it functions as a pathway for lipid transport. Cryo-EM structures in the open and closed states reveal a dynamic tunnel lining, with implications for gating or substrate translocation. Our results support a model in which LetB establishes a physical link between the two membranes and creates a hydrophobic pathway for the translocation of lipids across the periplasm. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 802.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 677 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 20993MC ![]() 6v0dC ![]() 6v0eC ![]() 6v0fC ![]() 6v0gC ![]() 6v0hC ![]() 6v0iC ![]() 6v0jC ![]() 6vciC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 928.6 Data #1: Aligned, dose-weighted and non-dose-weighted micrographs [micrographs - single frame] Data #2: Particle stacks for Model 1 (EMD-20993) [picked particles - single frame - processed] Data #3: Particle stacks for Model 2 (EMD-20994) [picked particles - single frame - processed] Data #4: Particle stacks for Model 3 (EMD-20995) [picked particles - single frame - processed] Data #5: Particle stacks for Model 4 (EMD-20996) [picked particles - single frame - processed] Data #6: Particle stacks for Model 5 (EMD-20997) [picked particles - single frame - processed] Data #7: Particle stacks for Model 6 (EMD-20998) [picked particles - single frame - processed] Data #8: Particle stacks for Model 7 (EMD-20999) [picked particles - single frame - processed] Data #9: Particle stacks for Model 8 (EMD-21000) [picked particles - single frame - processed]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 89744.031 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: yebT, b1834, JW1823 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 1, Model 1 タイプ: COMPLEX / 詳細: Cryo-EM reconstruction of full map, class 1.1 / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.56 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4906 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 731231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61618 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5UW2 PDB chain-ID: A / Accession code: 5UW2 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |